Department of Natural Products Biochemistry

Prof. Maciej Stobiecki

Head of Department: 
maciej.stobiecki@ibch.poznan.pl

Phone: 61 8528503 ext .1192

Wybrane publikacje

  • niekodujące RNA,
  • fragmenty RNA,
  • modyfikacje RNA,
  • oddziaływania RNA-białko,
  • rybonukleazy,
  • zewnątrzkomórkowe pęcherzyki błonowe,
  • transport RNA,
  • deaminazy ,
  • edytowanie RNA,
  • chromatyna
  • genomika,
  • epigenetyka,
  • transkryptomika,
  • epitranskryptomika,
  • metagenomika,
  • archeogenomika,
  • genetyka populacyjna,
  • starzenie i regeneracja,
  • choroby człowieka.

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Udział RNA w procesach regeneracji i wymiany komórek

  • RNA jako regulator różnicowania i regeneracji,
  • niekodujące RNA jako sygnały molekularne,
  • rybonukleazy zaangażowane w metabolizm niekodujących RNA,
  • biogeneza i funkcje zewnątrzkomórkowych pęcherzyków błonowych,
  • białka zaangażowane w transport RNA między komórkami,
  • edycja RNA w procesach regulacyjnych i sygnalnych .


Genomika

  • Archeogenomika – historia biologiczna populacji zamieszkujących Europę Centralną i Wschodnią,
  • zmienność genetyczna współczesnej populacji zamieszkującej na terenie Polski,
  • związek pomiędzy genotypem a osobniczymi cechami fizycznymi,
  • struktura chromatyny w procesach starzenia, nowotworzenia i regeneracji,
  • genomika w badaniach chorób człowieka,
  • mienność mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka,
  • polimorfizm liczby kopii DNA u roślin.


 

Działalność badawcza

  • LIDER/30/0111/L-9/17NCBR/2018 Wykorzystanie enzymów AlD/APOBEC w mapowaniu modyfikacji cytozyny w kwasach nukleinowych

  • NCBiR – LIDER 9

  • POIR.04.01.02-00-0025/17-00 Mapa Mikrobiomu PolskiPO IR – Działanie 4.1 Badania naukowe i prace rozwojowe, Poddziałanie 4.1.2Regionalne agendy naukowo-badawcze

  • POIR.04.02.00-30-A004/16 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – Genomiczna Mapa PolskiPO IR – Działanie 4.2. Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki

  • 820431 LifeTime – Rewolucja w opiece zdrowotnej dzięki zrozumieniu zachowania ludzkich komórek podczas chorobyKomisja Europejska

  • 2016/21/D/NZ3/00641 Demetylaza histonów JMJD3 jako epigenetyczny regulator procesów senescencji oraz nowotworzenia 
    NCN SONATA 11

  • 2014/13/B/NZ2/03837 Poszukiwanie mechanizmów indukujących polimorfizm liczby kopii dużych fragmentów genomu oraz związków tego zjawiska z tworzeniem i ewolucją metabolicznych klastrów genówNCN – OPUS 7

  • 2014/12/W/NZ2/00466 Dynastia i społeczeństwo państwa Piastów w świetle zintegrowanych badań historycznych, antropologicznych i genomicznych
    NCN SYMFONIA 2

  • Projekt Polskiej Platformy Infrastruktury Skriningowej dla Chemii Biologicznej (POL-OPENSCREEN) będącej częścią europejskiego konsorcjum EU-OPENSCREEN (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology European Research Infrastructure Consortium)Dotacja MNiSW.

Projekty badawcze

dr Magdalena Alejska

starszy specjalista biolog

Pracownicy techniczni

mgr Małgorzata Marszałek-Zeńczak

doktorant / biolog

Doktoranci

Wybrane publikacje

  • niekodujące RNA,
  • fragmenty RNA,
  • modyfikacje RNA,
  • oddziaływania RNA-białko,
  • rybonukleazy,
  • zewnątrzkomórkowe pęcherzyki błonowe,
  • transport RNA,
  • deaminazy ,
  • edytowanie RNA,
  • chromatyna
  • genomika,
  • epigenetyka,
  • transkryptomika,
  • epitranskryptomika,
  • metagenomika,
  • archeogenomika,
  • genetyka populacyjna,
  • starzenie i regeneracja,
  • choroby człowieka.

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Udział RNA w procesach regeneracji i wymiany komórek

  • RNA jako regulator różnicowania i regeneracji,
  • niekodujące RNA jako sygnały molekularne,
  • rybonukleazy zaangażowane w metabolizm niekodujących RNA,
  • biogeneza i funkcje zewnątrzkomórkowych pęcherzyków błonowych,
  • białka zaangażowane w transport RNA między komórkami,
  • edycja RNA w procesach regulacyjnych i sygnalnych .


Genomika

  • Archeogenomika – historia biologiczna populacji zamieszkujących Europę Centralną i Wschodnią,
  • zmienność genetyczna współczesnej populacji zamieszkującej na terenie Polski,
  • związek pomiędzy genotypem a osobniczymi cechami fizycznymi,
  • struktura chromatyny w procesach starzenia, nowotworzenia i regeneracji,
  • genomika w badaniach chorób człowieka,
  • mienność mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka,
  • polimorfizm liczby kopii DNA u roślin.


 

Działalność badawcza

  • LIDER/30/0111/L-9/17NCBR/2018 Wykorzystanie enzymów AlD/APOBEC w mapowaniu modyfikacji cytozyny w kwasach nukleinowych

  • NCBiR – LIDER 9

  • POIR.04.01.02-00-0025/17-00 Mapa Mikrobiomu PolskiPO IR – Działanie 4.1 Badania naukowe i prace rozwojowe, Poddziałanie 4.1.2Regionalne agendy naukowo-badawcze

  • POIR.04.02.00-30-A004/16 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – Genomiczna Mapa PolskiPO IR – Działanie 4.2. Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki

  • 820431 LifeTime – Rewolucja w opiece zdrowotnej dzięki zrozumieniu zachowania ludzkich komórek podczas chorobyKomisja Europejska

  • 2016/21/D/NZ3/00641 Demetylaza histonów JMJD3 jako epigenetyczny regulator procesów senescencji oraz nowotworzenia 
    NCN SONATA 11

  • 2014/13/B/NZ2/03837 Poszukiwanie mechanizmów indukujących polimorfizm liczby kopii dużych fragmentów genomu oraz związków tego zjawiska z tworzeniem i ewolucją metabolicznych klastrów genówNCN – OPUS 7

  • 2014/12/W/NZ2/00466 Dynastia i społeczeństwo państwa Piastów w świetle zintegrowanych badań historycznych, antropologicznych i genomicznych
    NCN SYMFONIA 2

  • Projekt Polskiej Platformy Infrastruktury Skriningowej dla Chemii Biologicznej (POL-OPENSCREEN) będącej częścią europejskiego konsorcjum EU-OPENSCREEN (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology European Research Infrastructure Consortium)Dotacja MNiSW.

Projekty badawcze

dr Magdalena Alejska

starszy specjalista biolog

Pracownicy techniczni

mgr Małgorzata Marszałek-Zeńczak

doktorant / biolog

Doktoranci

Researchers:

PhD students:

Dr. Marta Sikora

adiunkt

Marta Nolka-Szaszner MSc

PhD student

  • Baranek M., Belter A., Naskręt-Barciszewska MZ., Stobiecki M., Markiewicz WT., Barciszewski J.Effect of small molecules on cell reprogramming.Molecular BioSystems 13, 277-313 (2017)
  • Swarcewicz, B., Sawikowska, A., Marczak, Ł., Luczak, M., Ciesiolka, D.,Krystkowiak, K., Kuczynska, A., Krajewski, P., Stobiecki, M.Effect of drought stress on metabolite contents in barley recombinant inbred line population revealed by untargeted GC-MS profiling.Acta Physiologiae Plantarum 39, Artic. No 158 (2017)
  • Gedher, SJ; Marczak, L, Luczak, M; Stobiecki, M; Widlak, P; Kovarova, H.Proteomic landscape in Central and Eastern Europe: the 9th Central and Eastern European Proteomic Conference, Poznan, Poland.Expert Review of Proteomics, 13, 5-7 (2016)
  • Chmielewska K., Rodziewicz P., Swarcewicz B., Sawikowska A., Krajewski P.,Marczak Ł., Ciesiołka D., Kuczyńska A., Mikołajczak K., Ogrodowicz P., Krystkowiak K., Surma M., Adamski T., Bednarek P., Stobiecki M.Analysis of drought-induced proteomic and metabolomic changes in barley (Hordeumvulgare L.) leaves and roots unravels some aspects of biochemical mechanisms involvedin drought tolerance.Front. Plant Sci. 7, Article no 1108 (2016)
  • Ostrowski W., Swarcewicz B., Nolka M., Stobiecki M.Differentiation of phenylpropanoid acids cyclobutane and dehydrodimers isomers in barley leaf cell walls with LC/MS/MS system.International Journal of Mass Spectrometry 407, 77-85 (2016)
  • Luczak, M., Suszynska-Zajczyk, J., Marczak, L., Formanowicz, D., Pawliczak, E.,Wanic-Kossowska, M., Stobiecki, M.Label-Free Quantitative Proteomics Reveals Differences in Molecular Mechanism of Atherosclerosis Related and Non-Related to Chronic Kidney Disease.International Journal of Molecular Sciences 17, art no 631 (2016)
  • Łuczak M, Formanowicz D, Marczak Ł, Suszyńska-Zajczyk J, Pawliczak E,Wanic-Kossowska M, Stobiecki M.iTRAQ-based proteomic analysis of plasma reveals abnormalities in lipid metabolism proteins in chronic kidney disease-related atherosclerosis.Scientific Reports 6, 32 511 (2016)
  • 8. Kachlicki P, Piasecka A, Stobiecki M, Marczak Ł.Structural characterization of flavonoid 2 glycoconjugates and their derivatives with mass spectrometric techniques.Molecules 21, 1494 (2016)
  • Perła-Kajan, J, Utyro, O, Rusek, M, Malinowska, A, Sitkiewicz, E, Jakubowski, H.N-Homocysteinylation impairs collagen cross-linking in cystathionine β-synthase-deficient mice: a novel mechanism of connective tissue abnormalities.The FASEB Journal 30, 3810-3821 (2016)
  • Bocian A, Zwierzykowski Z, Rapacz M, Koczyk G, Ciesiolka D, Kosmala A.Metabolite profiling during cold acclimation of Lolium perenne genotypes distinct in the level of frost tolerance.Journal of Applied Genetics 56, 439-449 (2015)
  • Stobiecki M, Kachlicki P, Wojakowska A, Marczak L.Application of LC/MS systems to structural characterization of flavonoid glycoconjugates. Phytochemistry Letters 11, 358–367 (2015)
  • Luczak M, Formanowicz D, Marczak L, Pawliczak E, Wanic-Kossowska M, Figlerowicz M, Stobiecki M.Deeper insight into chronic kidney disease-related atherosclerosis: comparative proteomic studies of blood plasma using 2DE and mass spectrometry.Journal of Translational Medicine 13: art. no. 20 (2015)
  • Wojakowska A, Kułak K, Jasiński M, Kachlicki P, Stawińki S Stobiecki M.Metabolic response of narrow leaf lupine (Lupinus angustifolius) plants to elicitation and infection with Colletotrichum lupine under field conditions. Acta Physiologiae Plantarum 37:152 (2015)

Selected publications 

  • Low molecular epigenetic modulators as cell pluripotency activators for the needs of regenerative medicine. - EPICELL, NCBR – Strategmed

  • Search for molecular mechanisms of vascular diseases progress in chronic kidney disease. NSC – OPUS 10

Research activity

  • Hordeum vulgare,

  • genus Hypericum,

  • genus Lupinus,

  • metabolomics,

  • primary and secondary metabolites,

  • metabolites profiling, natural products, proteomics,

  • biomarkers of diseases,

  • abiotic and biotic stresses,

  • mass spectrometry,

  • mixture analysis,

  • GC/MS, LC/MS,

  • CID MS/MS techniques, structural analysis,

  • biomedicine,

  • biotechnology

Research area

Keywords:

At the Department of Natural Products Biochemistry, there are conducted researches on plant and animal systems. The studies are based on the analyses of proteomes and metabolome of organisms and structural characteristics of low molecular compounds during metabolites’ profiling with GC/MS and LC/MS: 

  • Proteomic and metabolomic analyses of barley seedlings exposed to drought stress in varieties of mapping population (RIL) in order to determine  protein or natural products’ biomarkers of barley’s resistance to drought.
  • Searching for protein biomarkers of human diseases in blood plasma or serum with mass spectrometric methods;
  • Studies on homocysteinylation of blood proteins and a role of these modifications in vascular diseases;
  • Molecular evaluation (lipidomic and proteomic) in in vitro system cardiomiocytes obtained from stem cells.

 

Research Projects

Media Społecznościowe

Strona zrobiona w kreatorze stron internetowych WebWave

Cooperation

Institute of Bioorganic Chemistry,
Polish Academy of Sciences
Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adress