Pracownia Testów Molekularnych

dr Magdalena Otrocka

Kierownik Pracowni

motrocka@ibch.poznan.pl
tel. _ _ _ _ _ _ _ _ _

 

  • Fritzell K,  Xu LD,  Otrocka M,  Andréasson C,  Öhman M. Sensitive ADAR editing reporter in cancer cells enables high-throughput screening of small molecule libraries. Nucleic acids research 2019 47;1-11 https://doi.org/10.1093/nar/gky1228

  • Tenland E,  Krishnan N,  Rönnholm A,  Kalsum S,  Puthia M,  Mörgelin M,  Davoudi M,  Otrocka M,  Alaridah N,  Glegola-Madejska I,  Sturegård E,  Schmidtchen A,  Lerm M,  Robertson BD,  Godaly G. A novel derivative of the fungal antimicrobial peptide plectasin is active against Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) 2018 113; 231-238

  • Axelsson H,  Almqvist H,  Otrocka M,  Vallin M,  Lundqvist S,  Hansson P,  Karlsson U,  Lundbäck T,  Seashore-Ludlow B. In Situ Target Engagement Studies in Adherent Cells. ACS chemical biology 2018 13;4 942-950 https://doi.org/10.1021/acschembio.7b01079

  • Pettersson-Klein AT,  Izadi M,  Ferreira DMS,  Cervenka I,  Correia JC,  Martinez-Redondo V,  Southern M,  Cameron M,  Kamenecka T,  Agudelo LZ,  Porsmyr-Palmertz M,  Martens U,  Lundgren B,  Otrocka M,  Jenmalm-Jensen A,  Griffin PR,  Ruas JL. Small molecule PGC-1α1 protein stabilizers induce adipocyte Ucp1 expression and uncoupled mitochondrial respiration. Molecular metabolism 2018 9; 28-42 https://doi.org/10.1016/j.molmet.2018.01.017

  • Dyczynski M,  Yu Y,  Otrocka M,  Parpal S,  Braga T,  Henley AB,  Zazzi H,  Lerner M,  Wennerberg K,  Viklund J,  Martinsson J,  Grandér D,  De Milito A,  Pokrovskaja Tamm K. Targeting autophagy by small molecule inhibitors of vacuolar protein sorting 34 (Vps34) improves the sensitivity of breast cancer cells to Sunitinib. Cancer letters 2018 435; 32-43 https://doi.org/10.1016/j.canlet.2018.07.028

  • Pinheiro T,  Otrocka M,  Seashore-Ludlow B,  Rraklli V,  Holmberg J,  Forsberg-Nilsson K,  Simon A,  Kirkham M. A chemical screen identifies trifluoperazine as an inhibitor of glioblastoma growth. Biochemical and biophysical research communications 2017 494;3-4 477-483

 

Wybrane publikacje

  • „TMPRSS2- potencjalny cel dla nowych leków oraz wyznacznik przebiegu COVID19”- NCN Szybka ścieżka przebiegu COVID19 kierownik projektu, dr Paweł Zmora, IBCH/PAN

  • „Inhibition of biocalcification” – EU/OPENSCREEN DRVIE, kierownik projektu Prof. Ingvar Jarle Vaage, Uniwersytet w Oslo   

Projekty badawcze

Wspólne dla CWBP

  • Opera Phenix (Perkin Elmer) High Content Screening System – fluorescencyjny mikroskop wysokoprzepustowy sprzężony z oprogramowaniem pozwalającym na analizę obrazu i uzyskanie informacji na poziomie pojedynczej komórki.
  • CLARIOstar Plus (BMGLabtech) multimode plate reader – umożliwiający detekcję absorbancji, fluorescencji i luminescencji oraz pochodnych, FRET, BRET, AlphaScreen
  •  Liquid handling- pozwalający na precyzyjne przenoszenie płynów w małych (nanolitry) objętościach oraz pełną automatyzację procesów
    • Bravo Pipetting station (Agilent)
    • Tempest liquid handlers (Formulatrix)
    • Robotic arm (Mitsubishi)

Wyposażenie

Celem Laboratorium Testów Molekularnych jest wspieranie naukowców z różnych dziedzin w badaniach prowadzących do identyfikacji aktywnych biologicznie małocząsteczkowych związków chemicznych, które mogą być używane jako narzędzia w badaniach podstawowych bądź służyć jako punkty wyjściowe w procesie poszukiwania nowych leków lub do innych celów komercyjnych.  
Pracownia stanowi część Centrum Wysokoprzepustowych Badań Przesiewowych (CWBP) zlokalizowanego w Wielkopolskim Centrum Zaawansowanych Technologii i oferuje know-how oraz praktyczną pomoc w dziedzinie rozwoju testów molekularnych o standardzie komercyjnym a także przeprowadzanie kampanii skriningowych. Realizujemy projekty zarówno na bazie testów biochemicznych jak i technologii komórkowych włączając skrining fenotypowy a także mikroskopię wysokoprzepustową i analizę obrazu.
Pracownia Testów Molekularnych współpracuje ściśle z Pracownią Skriningu Wysokoprzepustowego i razem tworzy jedno z centrów skriningowych EU-OPENSCREEN (https://www.eu-openscreen.eu), którego członkiem jest polskie konsorcjum POL-OPENSCREEN. Należy podkreślić, że CWBP jako jedyny ośrodek w Polsce i to zarówno wśród laboratoriów akademickich jak i komercyjnych, posiada odpowiednie doświadczenie i wyposażenie pozwalające na przeprowadzanie badań przesiewowych o przepustowości setek tysięcy związków w przeciągu dni. Jako partner EU-OPENSCREEN posiadamy dostęp do biblioteki chemicznej konsorcjum a także jesteśmy w trakcie rozszerzania kolekcji o dodatkowe związki komercyjne.
Naszą ambicją jest także popularyzacja przesiewowych badań wysokoprzepustowych jako narzędzia do badań z zakresu chemii biologicznej, wciąż jeszcze niedocenianego przez środowisko akademickie w Polsce.
Dlatego zapraszamy do współpracy wszystkich naukowców, zarówno prowadzących badania podstawowe jak i komercyjne, którzy poszukują aktywnych cząsteczek i chcieliby użyć swojego modelu badawczego do testowania unikatowej kolekcji związków chemicznych. Pomożemy zminiaturyzować model do formatu płytek 96, 384 lub 1536 - dołkowych, znaleźć optymalne warunki testu, odpowiednie kontrole a także zautomatyzować procedurę, tak aby była odpowiednia do realizacji badań wysokoprzepustowych. Następnie przeprowadzimy kampanię skriningową od skriningu pierwszorzędowego, poprzez testy potwierdzające i ortogonalne, aż do oszacowania wartości IC50 dla zidentyfikowanych hitów, a nawet wstępnych testów cytotoksyczności.

Oferta

  • Rozwój Testu Molekularnego,
  • Miniaturyzacja,
  • Skrining Wysokoprzepustowy,
  • Mikroskopia Wysokoprzepustowa,
  • Skrining Fenotypowy,
  • Test biochemiczny,
  • Analiza Obrazu,
  • Analiza Danych,
  • Biblioteki Związków Chemicznych

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres