Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki

Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej

Wielkopolskie Centrum Zaawansowanych Technologii

Zakład Biochemii Produktów Naturalnych

Prof. dr hab. Maciej Stobiecki

Kierownik Zakładu

maciej.stobiecki@ibch.poznan.pl
tel. 61 8528503 w .1192

• niekodujące RNA,
• fragmenty RNA,
• modyfikacje RNA,
• oddziaływania RNA-białko,
• rybonukleazy,
• zewnątrzkomórkowe pęcherzyki błonowe,
• transport RNA,
• deaminazy ,
• edytowanie RNA,
• chromatyna
• genomika,
• epigenetyka,
• transkryptomika,
• epitranskryptomika,
• metagenomika,
• archeogenomika,
• genetyka populacyjna,
• starzenie i regeneracja,
• choroby człowieka.

Udział RNA w procesach regeneracji i wymiany komórek

• RNA jako regulator różnicowania i regeneracji,
• niekodujące RNA jako sygnały molekularne,
• rybonukleazy zaangażowane w metabolizm niekodujących RNA,
• biogeneza i funkcje zewnątrzkomórkowych pęcherzyków błonowych,
• białka zaangażowane w transport RNA między komórkami,
• edycja RNA w procesach regulacyjnych i sygnalnych .

Genomika

• Archeogenomika – historia biologiczna populacji zamieszkujących Europę Centralną i Wschodnią,
• zmienność genetyczna współczesnej populacji zamieszkującej na terenie Polski,
• związek pomiędzy genotypem a osobniczymi cechami fizycznymi,
• struktura chromatyny w procesach starzenia, nowotworzenia i regeneracji,
• genomika w badaniach chorób człowieka,
• mienność mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka,
• polimorfizm liczby kopii DNA u roślin.

• LIDER/30/0111/L-9/17NCBR/2018 Wykorzystanie enzymów AlD/APOBEC w mapowaniu modyfikacji cytozyny w kwasach nukleinowych

• NCBiR – LIDER 9

• POIR.04.01.02-00-0025/17-00 Mapa Mikrobiomu PolskiPO IR – Działanie 4.1 Badania naukowe i prace rozwojowe, Poddziałanie 4.1.2Regionalne agendy naukowo-badawcze

• POIR.04.02.00-30-A004/16 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – Genomiczna Mapa PolskiPO IR – Działanie 4.2. Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki

• 820431 LifeTime – Rewolucja w opiece zdrowotnej dzięki zrozumieniu zachowania ludzkich komórek podczas chorobyKomisja Europejska

• 2016/21/D/NZ3/00641 Demetylaza histonów JMJD3 jako epigenetyczny regulator procesów senescencji oraz nowotworzenia 
  NCN SONATA 11

• 2014/13/B/NZ2/03837 Poszukiwanie mechanizmów indukujących polimorfizm liczby kopii dużych fragmentów genomu oraz związków tego zjawiska z tworzeniem i ewolucją metabolicznych klastrów genówNCN – OPUS 7

• 2014/12/W/NZ2/00466 Dynastia i społeczeństwo państwa Piastów w świetle zintegrowanych badań historycznych, antropologicznych i genomicznych
  NCN SYMFONIA 2

• Projekt Polskiej Platformy Infrastruktury Skriningowej dla Chemii Biologicznej (POL-OPENSCREEN) będącej częścią europejskiego konsorcjum EU-OPENSCREEN (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology European Research Infrastructure Consortium)Dotacja MNiSW.

dr Magdalena Alejska

starszy specjalista biolog

mgr Małgorzata Marszałek-Zeńczak

doktorant / biolog

• niekodujące RNA,
• fragmenty RNA,
• modyfikacje RNA,
• oddziaływania RNA-białko,
• rybonukleazy,
• zewnątrzkomórkowe pęcherzyki błonowe,
• transport RNA,
• deaminazy ,
• edytowanie RNA,
• chromatyna
• genomika,
• epigenetyka,
• transkryptomika,
• epitranskryptomika,
• metagenomika,
• archeogenomika,
• genetyka populacyjna,
• starzenie i regeneracja,
• choroby człowieka.

Udział RNA w procesach regeneracji i wymiany komórek

• RNA jako regulator różnicowania i regeneracji,
• niekodujące RNA jako sygnały molekularne,
• rybonukleazy zaangażowane w metabolizm niekodujących RNA,
• biogeneza i funkcje zewnątrzkomórkowych pęcherzyków błonowych,
• białka zaangażowane w transport RNA między komórkami,
• edycja RNA w procesach regulacyjnych i sygnalnych .

Genomika

• Archeogenomika – historia biologiczna populacji zamieszkujących Europę Centralną i Wschodnią,
• zmienność genetyczna współczesnej populacji zamieszkującej na terenie Polski,
• związek pomiędzy genotypem a osobniczymi cechami fizycznymi,
• struktura chromatyny w procesach starzenia, nowotworzenia i regeneracji,
• genomika w badaniach chorób człowieka,
• mienność mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka,
• polimorfizm liczby kopii DNA u roślin.

• LIDER/30/0111/L-9/17NCBR/2018 Wykorzystanie enzymów AlD/APOBEC w mapowaniu modyfikacji cytozyny w kwasach nukleinowych

• NCBiR – LIDER 9

• POIR.04.01.02-00-0025/17-00 Mapa Mikrobiomu PolskiPO IR – Działanie 4.1 Badania naukowe i prace rozwojowe, Poddziałanie 4.1.2Regionalne agendy naukowo-badawcze

• POIR.04.02.00-30-A004/16 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – Genomiczna Mapa PolskiPO IR – Działanie 4.2. Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki

• 820431 LifeTime – Rewolucja w opiece zdrowotnej dzięki zrozumieniu zachowania ludzkich komórek podczas chorobyKomisja Europejska

• 2016/21/D/NZ3/00641 Demetylaza histonów JMJD3 jako epigenetyczny regulator procesów senescencji oraz nowotworzenia 
  NCN SONATA 11

• 2014/13/B/NZ2/03837 Poszukiwanie mechanizmów indukujących polimorfizm liczby kopii dużych fragmentów genomu oraz związków tego zjawiska z tworzeniem i ewolucją metabolicznych klastrów genówNCN – OPUS 7

• 2014/12/W/NZ2/00466 Dynastia i społeczeństwo państwa Piastów w świetle zintegrowanych badań historycznych, antropologicznych i genomicznych
  NCN SYMFONIA 2

• Projekt Polskiej Platformy Infrastruktury Skriningowej dla Chemii Biologicznej (POL-OPENSCREEN) będącej częścią europejskiego konsorcjum EU-OPENSCREEN (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology European Research Infrastructure Consortium)Dotacja MNiSW.

dr Magdalena Alejska

starszy specjalista biolog

mgr Małgorzata Marszałek-Zeńczak

doktorant / biolog

dr Marta Sikora

adiunkt

mgr Marta Nolka-Szaszner

doktorant

• Baranek M., Belter A., Naskręt-Barciszewska MZ., Stobiecki M., Markiewicz WT., Barciszewski J.Effect of small molecules on cell reprogramming.Molecular BioSystems 13, 277-313 (2017)
• Swarcewicz, B., Sawikowska, A., Marczak, Ł., Luczak, M., Ciesiolka, D.,Krystkowiak, K., Kuczynska, A., Krajewski, P., Stobiecki, M.Effect of drought stress on metabolite contents in barley recombinant inbred line population revealed by untargeted GC-MS profiling.Acta Physiologiae Plantarum 39, Artic. No 158 (2017)
• Gedher, SJ; Marczak, L, Luczak, M; Stobiecki, M; Widlak, P; Kovarova, H.Proteomic landscape in Central and Eastern Europe: the 9th Central and Eastern European Proteomic Conference, Poznan, Poland.Expert Review of Proteomics, 13, 5-7 (2016)
• Chmielewska K., Rodziewicz P., Swarcewicz B., Sawikowska A., Krajewski P.,Marczak Ł., Ciesiołka D., Kuczyńska A., Mikołajczak K., Ogrodowicz P., Krystkowiak K., Surma M., Adamski T., Bednarek P., Stobiecki M.Analysis of drought-induced proteomic and metabolomic changes in barley (Hordeumvulgare L.) leaves and roots unravels some aspects of biochemical mechanisms involvedin drought tolerance.Front. Plant Sci. 7, Article no 1108 (2016)
• Ostrowski W., Swarcewicz B., Nolka M., Stobiecki M.Differentiation of phenylpropanoid acids cyclobutane and dehydrodimers isomers in barley leaf cell walls with LC/MS/MS system.International Journal of Mass Spectrometry 407, 77-85 (2016)
• Luczak, M., Suszynska-Zajczyk, J., Marczak, L., Formanowicz, D., Pawliczak, E.,Wanic-Kossowska, M., Stobiecki, M.Label-Free Quantitative Proteomics Reveals Differences in Molecular Mechanism of Atherosclerosis Related and Non-Related to Chronic Kidney Disease.International Journal of Molecular Sciences 17, art no 631 (2016)
• Łuczak M, Formanowicz D, Marczak Ł, Suszyńska-Zajczyk J, Pawliczak E,Wanic-Kossowska M, Stobiecki M.iTRAQ-based proteomic analysis of plasma reveals abnormalities in lipid metabolism proteins in chronic kidney disease-related atherosclerosis.Scientific Reports 6, 32 511 (2016)
• 8. Kachlicki P, Piasecka A, Stobiecki M, Marczak Ł.Structural characterization of flavonoid 2 glycoconjugates and their derivatives with mass spectrometric techniques.Molecules 21, 1494 (2016)
• Perła-Kajan, J, Utyro, O, Rusek, M, Malinowska, A, Sitkiewicz, E, Jakubowski, H.N-Homocysteinylation impairs collagen cross-linking in cystathionine β-synthase-deficient mice: a novel mechanism of connective tissue abnormalities.The FASEB Journal 30, 3810-3821 (2016)
• Bocian A, Zwierzykowski Z, Rapacz M, Koczyk G, Ciesiolka D, Kosmala A.Metabolite profiling during cold acclimation of Lolium perenne genotypes distinct in the level of frost tolerance.Journal of Applied Genetics 56, 439-449 (2015)
• Stobiecki M, Kachlicki P, Wojakowska A, Marczak L.Application of LC/MS systems to structural characterization of flavonoid glycoconjugates. Phytochemistry Letters 11, 358–367 (2015)
• Luczak M, Formanowicz D, Marczak L, Pawliczak E, Wanic-Kossowska M, Figlerowicz M, Stobiecki M.Deeper insight into chronic kidney disease-related atherosclerosis: comparative proteomic studies of blood plasma using 2DE and mass spectrometry.Journal of Translational Medicine 13: art. no. 20 (2015)
• Wojakowska A, Kułak K, Jasiński M, Kachlicki P, Stawińki S Stobiecki M.Metabolic response of narrow leaf lupine (Lupinus angustifolius) plants to elicitation and infection with Colletotrichum lupine under field conditions.Acta Physiologiae Plantarum 37:152 (2015)

• Niskocząsteczkowe modulatory epigenetyczne jako aktywatory pluripotencji komórek dla potrzeb medycyny regeneracyjnej – EPICELL.NCBR – Strategmed
• Poszukiwanie molekularnych mechanizmów progresji miażdżycy w przewlekłej chorobie nerek.NCN – OPUS 10

• Hordeum vulgare,
• genus Hypericum,
• genus Lupinus,
• metabolomika,
• metabolity pierwotne i wtórne,
• profilowanie metabolitów,
• produkty naturalne,
• proteomika,
• biomarkery stanów chorobowych,
• surowica krwi,
• stres abiotyczny,
• spektrometria mas,
• analiza mieszanin,
• techniki GC/MS, LC/MS, CID MS/MS,
• analiza strukturalna,
• biomedycyna,
• biotechnologia.

Prace prowadzone na układach zwierzęcych i roślinnych, oparte na analizie proteomicznej           oraz metabolomicznej badanych organizmów oraz charakterystyce strukturalnej metodami spektrometrii mas produktów naturalnych pochodzenia roślinnego:

• analiza proteomu siewek jęczmienia w odmianach oraz populacji mapującej poddawanych stresowi suszy pod kątem odporności poszczególnych linii na tego rodzaju stres,
• poszukiwania białkowych biomarkerów chorób człowieka w surowicy/osoczu krwi, z wykorzystaniem metod 2D E/MS,
• systemy aktywnego transportu w dystrybucji produktów naturalnych,
• badania nad procesem homocysteinylacji białek krwi oraz rolą biologiczną tych modyfikacji      w chorobach układu krążenia,
• zastosowanie spektrometrii mas do analizy miejsc N-homocysteinylacji białek,
• ocena molekularna (proteomiczna i lipidomiczna) w układach in vitro kardiomiocytów pozyskanych z komorek iPS z wykorzystaniem protokołu wynikającego z działań Algorytmu Genetycznego.