Zakład Biochemii RNA

prof. dr hab. Jerzy Ciesiołka

Kierownik Zakładu

jerzy.ciesiolka@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1198

dr hab. Jan Wrzesiński

profesor instytutu

dr Agata Świątkowska

adiunkt

dr Paulina Żydowicz-Machtel

asystent

dr Damian Janecki

asystent

Pracownicy naukowi

Działalność badawcza

dr hab. Mariola Dutkiewicz

starszy specjalista biolog

mgr Martyna Kabacińska

biolog

Pracownicy techniczni

mgr Joanna Szpotkowska

doktorant

mgr Marek  Kazimierczyk

doktorant

Doktoranci

  • mRNA, p53,
  • region niekodujący RNA,
  • UTR,
  • regulacja translacji,
  • translacja zależna od IRES,
  • wirus Coxsackie B3,
  • CVB-3,
  • oligonukleotydy antysensowe,
  • siRNA, komórki nerek,
  • niekodujące RNA,
  • oddziaływania komórkowe niekodujących RNA.

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Analiza strukturalno-funkcjonalna wariantów sekwencyjnych regionu niekodującego 5′ mRNA p53: scharakteryzowanie struktury tego regionu oraz jego roli w procesie translacji; poznanie znaczenia syntetyzowanych w komórce różnych izoform białka p53; identyfikacja i charakterystyka białek oddziałujących z regionem niekodującym 5′ mRNA p53.

Badania wirusa Coxsackie B3: poszukiwanie wysoce zachowawczych elementów strukturalnych RNA w genomie wirusa CVB3 oraz ich analiza strukturalno-funkcjonalna; opracowanie racjonalnej strategii atakowania wirusowego RNA za pomocą narzędzi oligonukleotydowych; interakcje wirus-komórka.

Zastosowanie jako modelu hodowanych ludzkich macierzystych, embrionalnych oraz dojrzałych komórek nerek w celu poznania różnych etapów rozwoju tego narządu: analiza ekspresji niekodujących RNA za pomocą nowych metod sekwencjonowania; charakterystyka interakcji różnych cząsteczek z długimi niekodującymi RNA w komórkach ludzkich.

 

  • Swiatkowska, M. Dutkiewicz, P. Machtel, D. Janecki, M. Kabacinska, P. Żydowicz-Machtel, J. Ciesiołka. Regulation of the p53 expression profile by hnRNP K under stress conditions. RNA Biology, doi: 10.1080/15476286.2020.1771944 (2020) 

  • M. Kazimierczyk, M. K. Kasprowicz, M. E. Kasprzyk, J. Wrzesinski. Human Long Noncoding RNA Interactome: Detection, Characterization and Function. Int J Mol Sci. 21, 1027 (2020) 

  • Swiatkowska, M. Dutkiewicz, P. Zydowicz-Machtel, J. Szpotkowska, D. M. Janecki, J. Ciesiołka. Translational Control in p53 Expression: The Role of 5'-Terminal Region of p53 mRNA. Int J Mol Sci, 20, 5382 (2019)

  • M. Kazimierczyk, A. Jędroszkowiak, D. Kowalczykiewicz, M. Szymanski, B. Imiołczyk, J. Ciesiołka, J. Wrzesinski. tRNA-derived fragments from the Sus scrofa tissues provide evidence of their conserved role in mammalian development. Biochem Biophys Res Comm, 520, 514-519 (2019) 

  • J. Szpotkowska, A. Swiatkowska, J. Ciesiołka. Length and secondary structure of the 5′ non-coding regions of mouse p53 mRNA transcripts - mouse as a model organism for p53 gene expression studies. RNA Biology, 16, 25-41 (2019) 

  • M. Dutkiewicz, J. Ciesiołka. Form confers function: The case of the 3'X region of the hepatitis C virus genome. World Journal of Gastroenterology, 24(30), 3374-3383 (2018) 

  • P. Zydowicz-Machtel, A. Swiatkowska, Ł. Popenda, A. Gorska, and J. Ciesiołka. Variants of the 5′-terminal region of p53 mRNA influence the ribosomal scanning and translation efficiency. Scientific Reports, 8, 1533 (2018)

  • A. Kasprowicz, K. Stokowa-Sołtys, M. Jeżowska-Bojczuk, J. Wrzesiński, and J. Ciesiołka. Characterization of highly efficient RNA-cleaving DNAzymes that function at an acidic pH with no divalent metal ion cofactors. ChemistryOpen, 6, 46-56 (2017)

  • A. Kasprowicz, K. Stokowa-Sołtys, J. Wrzesiński, M. Jeżowska-Bojczuk, and J. Ciesiołka. In vitro selection of deoxyribozymes active with Cd2+ ions resulting in variants of DNAzyme 8-17. Dalton Transactions, 44, 8138-8149 (2015)

  • A. Swiątkowska, P. Żydowicz, A. Górska, J. Suchacka, M. Dutkiewicz, and J. Ciesiołka. The role of structural elements of the 5′-terminal region of p53 mRNA in translation under stress conditions assayed by the antisense oligonucleotide approach. PLOS ONE, 10, e0141676 (2015)

  • M. Dutkiewicz, A. Ojdowska, J. Kuczyński, V. Lindig, H. Zeichhardt, J. Kurreck, J. Ciesiołka. Targeting Highly Structured RNA by Cooperative Action of siRNAs and Helper Antisense Oligomers in Living Cells. PLOS ONE, 10, e0136395 (2015)

Wybrane publikacje

  • Rola czynników białkowych wiążących się do regionu niekodującego 5′ ludzkiego mRNA p53 w regulacji ekspresji białka p53 na poziomie translacji. NCN – OPUS 11
  • Wpływ niekodujących RNA na rozwój komórek nerek oraz karcinogenezę. NCN – OPUS 11

Projekty badawcze

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres