Zakład Bioinformatyki Strukturalnej

prof. dr hab. inż. Marta Szachniuk

Kierownik Zakładu

mszachniuk@ibch.poznan.pl
tel. 
61 6653030

Pracownicy naukowi

 dr Marcin Radom

adiunkt

 dr Mariusz Popenda

starszy specjalista chemik

Pracownicy techniczni

Działalność badawcza

  • modele i algorytmy dla biologii struktur,
  • bazy danych strukturalnych,
  • analiza parametrów struktur makrocząsteczek,
  • komputerowe przewidywanie struktur molekularnych,
  • porównywanie i ocena podobieństwa modeli 3D.

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Badanie struktur molekularnych oraz oddziaływań makrocząsteczkowych, ze szczególnym uwzględnieniem RNA i odziaływań RNA-białko. Definiowanie nowych zagadnień bioinformatycznych związanych z badaniami struktur biocząsteczek oraz ich rozwiązywanie drogą opracowywania nowych modeli i metod obliczeniowych. Eksperymenty in silico wspomagane bądź nie eksperymentem biologicznym i chemicznym. Rozwój koncepcji oraz implementacja platformy RNApolis (http://rnapolis.pl/) – wirtualnego laboratorium bioinformatyki RNA.

Rozwój systemów obliczeniowych dla współczesnych problemów biologii strukturalnej, m.in.:

  • RNA FRABASE, RNAComposer, RNApdbee, RNAvista, RNAtango,
  • modelowanie II- i III-rzędowej struktury RNA,
  • udokładnianie gruboziarnistych modeli 3D RNA,
  • analiza struktury makromolekuł w przestrzeni kątowej,
  • anotowanie i klasyfikacja pseudowęzłów.


 

Aktualne projekty

Wybrane publikacje

  • M. Magnus, M. Antczak, T. Zok, J. Wiedemann, P. Lukasiak, Y. Cao, J.M. Bujnicki, E. Westhof, M. Szachniuk, Z. Miao, RNA-Puzzles toolkit: A computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools, Nucleic Acids Research 48(2), 2020, 576–588 (doi: 10.1093/nar/gkz1108)

  • M. Popenda, J. Miskiewicz, J. Sarzynska, T. Zok, M. Szachniuk, Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures, Bioinformatics 36(4), 2020, 1129–1134 (doi:10.1093/bioinformatics/btz738)

  • T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk, ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes, BMC Bioinformatics 21, 2020, 40 (doi:10.1186/s12859-020-3385-1)

  • Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, S-J. Chen, C.Y. Cheng, Y. Cheng, F-C. Chou, R. Das, N.V. Dokholyan, F. Ding, C. Geniesse, Y. Jiang, A. Joshi, A. Krokhotin, M. Magnus, O. Mailhot, F. Major, T.M. Mann, P. Piatkowski, R. Pluta, M. Popenda, J. Sarzynska, L. Sun, M. Szachniuk, S. Tian, J. Wang, A.M. Watkins, J. Wiedemann, X. Xu, J.D. Yesselman, D. Zhang, Z. Zhang, C. Zhao, P. Zhao, Y. Zhou, T. Zok, A. Zyla, A. Ren, R.T. Batey, B.L. Golden, L. Huang, D.M. Lilley, Y. Liu, D.J. Patel, E. Westhof, RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers, RNA 26, 2020, 982-995 (doi:10.1261/rna.075341.120)

  • M. Szachniuk, RNApolis: computational platform for RNA structure analysis, Foundations of Computing and Decision Sciences 44(2), 2019, 241-257 (doi:10.2478/fcds-2019-0012).

  • M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk, RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures withnon-canonical base pairs, Bioinformatics 35(1), 2019, 152-155 (doi:10.1093/bioinformatics/bty609).

  • T. Zok, M. Antczak, M. Zurkowski, M. Popenda, J. Blazewicz, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structureannotation, Nucleic Acids Research 46(W1), 2018, W30-W35 (doi:10.1093/nar/gky314).

  • M. Antczak, T. Zok, M. Osowiecki, M. Popenda, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residueconformation in fixed-backbone RNA structures, BMC Bioinformatics 19(1),2018, 304 (doi:10.1186/s12859-018-2317-9).

  • J. Miskiewicz, M. Szachniuk, Discovering structural motifs in miRNAprecursors from Viridiplantae kingdom, Molecules 23(6), 2018, 1367 (doi:10.3390/molecules23061367).

  • M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, M. Zurkowski, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures indot-bracket notation, Bioinformatics 34(8), 2018, 1304-1312 (doi:10.1093/bioinformatics/btx783).

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres