dr inż. Jolanta Lisowiec-Wąchnicka
adiunkt
dr Weronika Kotkowiak
adiunkt
dr Zofia Jahnz-Wechmann
starszy specjalista chemik
mgr Natalia Bartyś
doktorant/biolog
mgr Carolina Roxo
doktorant
charakterystyka fizykochemiczna oraz biologiczna nowych narzędzi molekularnych opartych na kwasach nukleinowych i ich analogach,
chemiczna synteza modyfikowanych nukleozydów i oligonukleotydów,
analiza termodynamiczna i strukturalna (CD, TDS) motywów strukturalnych tworzonych przez kwasy nukleinowe (dupleksy, G-kwadrupleksy, trypleksy, i‑motif),
regulacja wyboru odpowiedniej nici siRNA przez kompleks RISC za pomocą modyfikowanych nukleotydów,
selektywna degradacja mRNA z użyciem modyfikowanych chemicznie narzędzi molekularnych,
regulacja alternatywnego splicingu w nowotworowych liniach komórkowych za pomocą dwufunkcyjnych oligonukleotydów antysensowych,
charakterystyka oddziaływań pomiędzy antysensowymi oligonukleotydami a czynnikami splicingowymi,
badanie wpływu modyfikacji chemicznych i strukturalnych na oddziaływanie pomiędzy regulatorowymi oligonukleotydami a czynnikami splicingowymi,
poszukiwanie nowych oligonukleotydowych antykoagulantów o zwiększonym potencjale działania,
badania in vitro właściwości antyproliferacyjnych chemicznie modyfikowanych G‑kwadrupleksów.
Jako współwykonawcy:
badania in vitro koniugatów kwasów nukleinowych z barwnikami do potencjalnego zastosowania w terapii fotodynamicznej (Kierownik projektu: Dr inż. Michał Kotkowiak, Wydział Fizyki Technicznej, Instytut Fizyki, Politechnika Poznańska, Poznań).
badania potencjału terapeutycznego antysensowych oligonukleotydów w procesie wyciszania ekspresji genów (Prof. Jesper Wengel, University of Southern Denmark, Odense)
Nowe bispecyficzne koniugaty G-kwadrupleksów jako potencjalne leki przeciwnowotworowe, grant NCN: 2019/35/N/NZ7/02777, Kierownik projektu: Carolina Roxo
Dwufunkcyjne oligonukleotydy antysensowe – optymalizacja w regulacji alternatywnego splicingu w nowotworowych liniach komórkowych, grant NCN: UMO-2016/21/D/NZ5/01906, 2017-2020, Kierownik projektu: Jolanta Lisowiec-Wąchnicka.
Uwarunkowania strukturalne właściwości przeciwnowotworowych oligonukleotydów bogatych w guanozynę, grant NCN: UMO-2017/25/B/NZ7/00127, 2018-2021, Kierownik projektu: Anna Pasternak.
Bartyś N., Kierzek R., Lisowiec-Wąchnicka J. (2019) The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 1862(11-12), 194401.
Roxo C., Kotkowiak W., Pasternak A. (2019) G-Quadruplex-Forming Aptamers—Characteristics, Applications, and Perspectives Molecules 24(20): 3781.
Kotkowiak W., Wengel J., Scotton C., Pasternak A. (2019) Improved RE31 analogues containing modified nucleic acid monomers: thermodynamic, structural and biological effects. J. Med. Chem. 62(5), 2499-2507.
Lisowiec-Wąchnicka J., Bartyś N., Pasternak A. (2019) A systematic study on the influence of thermodynamic asymmetry of 5′-ends of siRNA duplexes in relation to their silencing potency Sci. Rep. 9:2477, 1-12.
Lisowiec-Wąchnicka J., Znosko B., Pasternak A. (2019) Contribution of 3′T and 3′TT overhangs to the thermodynamic stability of model siRNA duplexes. Biophys. Chem. 246, 35–39.
Kotkowiak W., Czapik T., Pasternak A. (2018) Novel isoguanine derivative of unlocked nucleic acid – investigations of thermodynamics and biological potential of modified thrombin binding aptamer. PLoS ONE 13(5):e0197835.
Kotkowiak W., Lisowiec-Wachnicka J., Grynda J., Kierzek R., Wengel J., Pasternak A. (2018) Thermodynamic, anticoagulant and antiproliferative properties of thrombin binding aptamer containing novel UNA derivative. Mol. Ther. Nucl. Acids, 2;10:304-316.
Jahnz-Wechmann Z., Lisowiec-Wachnicka J., Framski G., Kosman J., Boryski J., Pasternak A. (2017) Thermodynamic, structural and fluorescent characteristics of DNA hairpins containing functionalized pyrrolo-2′-deoxycytidines. Bioorg. Chem, 71, 294-298.
Szabat M., Gudanis D., Kotkowiak W., Gdaniec Z., Kierzek R., Pasternak A. (2016) Thermodynamic features of structural motifs formed by β-L-RNA. PLoS ONE, 11(2), e0149478.
Kotkowiak W., Pasternak A., Kierzek R. (2016) Inhibition of transcription with 5’-N-triphosphates of 5’-amino-5’-deoxyribonucleosides. PLoS ONE, 11(2), e0148282.
Langkjær N, Wengel J, Pasternak A. (2015) Watson-Crick hydrogen bonding of unlocked nucleic acids. Bioorg. Med. Chem. Lett., 25(22), 5064-6.
Lisowiec J., Magner D., Kierzek E., Lenartowicz E., Kierzek R. (2015) Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biol., 12(3), 330-42.
Baranowski D., Kotkowiak W., Kierzek R., Pasternak A. (2015) Hybridization properties of RNA containing 8-methoxyguanosine and 8-benzyloxyguanosine. PLoS ONE, 10(9), e0137674.
Kotkowiak W., Kotkowiak M., Kierzek R., Pasternak A. (2014) Unlocked nucleic acids – the implications of increased conformational flexibility for RNA/DNA triplex formation. Biochem. J., 464 (2), 203-211
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl
Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19