Zakład Bioinżynierii Kwasów Nukleinowych

dr hab. Anna Pasternak

Kierownik Zakładu

apa@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1279

 

Pracownicy naukowi

 dr inż. Jolanta Lisowiec-Wąchnicka

adiunkt

 dr Weronika Kotkowiak

asystent

Pracownicy techniczni

 dr Zofia Jahnz-Wechmann

starszy specjalista chemik

mgr Natalia Bartyś

doktorant/biolog

Doktoranci

 mgr Carolina Roxo

doktorant

Działalność badawcza

  • modyfikowane nukleozydy,
  • modyfikowane oligonukleotydy,
  • G-kwadrupleksy,
  • trypleksy,
  • i-motif,
  • alternatywny splicing,
  • aptamery,
  • diagnostyka,
  • teranostyka,
  • terapia przeciwnowotworowa,
  • termodynamika kwasów nukleinowych,
  • RNA,
  • DNA.

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

  • charakterystyka fizykochemiczna oraz biologiczna nowych narzędzi molekularnych opartych na kwasach nukleinowych i ich analogach,

  • chemiczna synteza modyfikowanych nukleozydów i oligonukleotydów,

  • analiza termodynamiczna i strukturalna (CD, TDS) motywów strukturalnych tworzonych przez kwasy nukleinowe (dupleksy, G-kwadrupleksy, trypleksy, i‑motif),

  • regulacja wyboru odpowiedniej nici siRNA przez kompleks RISC za pomocą modyfikowanych nukleotydów,

  • selektywna degradacja mRNA z użyciem modyfikowanych chemicznie narzędzi molekularnych,

  • regulacja alternatywnego splicingu w nowotworowych liniach komórkowych za pomocą dwufunkcyjnych oligonukleotydów antysensowych,

  • charakterystyka oddziaływań pomiędzy antysensowymi oligonukleotydami a czynnikami splicingowymi,

  • badanie wpływu modyfikacji chemicznych i strukturalnych na oddziaływanie pomiędzy regulatorowymi oligonukleotydami a czynnikami splicingowymi,

  • poszukiwanie nowych oligonukleotydowych antykoagulantów o zwiększonym potencjale działania,

  • badania in vitro właściwości antyproliferacyjnych chemicznie modyfikowanych G‑kwadrupleksów.

Jako współwykonawcy:

  • badania in vitro koniugatów kwasów nukleinowych z barwnikami do potencjalnego zastosowania w terapii fotodynamicznej (Kierownik projektu: Dr inż. Michał Kotkowiak, Wydział Fizyki Technicznej, Instytut Fizyki, Politechnika Poznańska, Poznań).

  • badania potencjału terapeutycznego antysensowych oligonukleotydów w procesie wyciszania ekspresji genów (Prof. Jesper Wengel, University of Southern Denmark, Odense)


 

Aktualne projekty

  • Nowe bispecyficzne koniugaty G-kwadrupleksów jako potencjalne leki przeciwnowotworowe, grant NCN: 2019/35/N/NZ7/02777, Kierownik projektu: Carolina Roxo

  • Dwufunkcyjne oligonukleotydy antysensowe – optymalizacja w regulacji alternatywnego splicingu w nowotworowych liniach komórkowych, grant NCN: UMO-2016/21/D/NZ5/01906, 2017-2020, Kierownik projektu: Jolanta Lisowiec-Wąchnicka.

  • Uwarunkowania strukturalne właściwości przeciwnowotworowych oligonukleotydów bogatych w guanozynę, grant NCN: UMO-2017/25/B/NZ7/00127, 2018-2021, Kierownik projektu: Anna Pasternak.

Wybrane publikacje

  • Bartyś N., Kierzek R., Lisowiec-Wąchnicka J. (2019) The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 1862(11-12), 194401.

  • Roxo C., Kotkowiak W., Pasternak A. (2019) G-Quadruplex-Forming Aptamers—Characteristics, Applications, and Perspectives Molecules 24(20): 3781.

  • Kotkowiak W., Wengel J., Scotton C., Pasternak A. (2019) Improved RE31 analogues containing modified nucleic acid monomers: thermodynamic, structural and biological effects. J. Med. Chem. 62(5), 2499-2507.

  • Lisowiec-Wąchnicka J., Bartyś N., Pasternak A. (2019) A systematic study on the influence of thermodynamic asymmetry of 5′-ends of siRNA duplexes in relation to their silencing potency Sci. Rep. 9:2477, 1-12.

  • Lisowiec-Wąchnicka J., Znosko B., Pasternak A. (2019) Contribution of 3′T and 3′TT overhangs to the thermodynamic stability of model siRNA duplexes. Biophys. Chem. 246, 35–39.

  • Kotkowiak W., Czapik T., Pasternak A. (2018) Novel isoguanine derivative of unlocked nucleic acid – investigations of thermodynamics and biological potential of modified thrombin binding aptamer. PLoS ONE 13(5):e0197835.

  • Kotkowiak W., Lisowiec-Wachnicka J., Grynda J., Kierzek R., Wengel J., Pasternak A. (2018) Thermodynamic, anticoagulant and antiproliferative properties of thrombin binding aptamer containing novel UNA derivative. Mol. Ther. Nucl. Acids, 2;10:304-316.

  • Jahnz-Wechmann Z., Lisowiec-Wachnicka J., Framski G., Kosman J., Boryski J., Pasternak A. (2017) Thermodynamic, structural and fluorescent characteristics of DNA hairpins containing functionalized pyrrolo-2′-deoxycytidines. Bioorg. Chem, 71, 294-298.

  • Szabat M., Gudanis D., Kotkowiak W., Gdaniec Z., Kierzek R., Pasternak A. (2016) Thermodynamic features of structural motifs formed by β-L-RNA. PLoS ONE, 11(2), e0149478.

  • Kotkowiak W., Pasternak A., Kierzek R. (2016) Inhibition of transcription with 5’-N-triphosphates of 5’-amino-5’-deoxyribonucleosides. PLoS ONE, 11(2), e0148282.

  • Langkjær N, Wengel J, Pasternak A. (2015) Watson-Crick hydrogen bonding of unlocked nucleic acids. Bioorg. Med. Chem. Lett., 25(22), 5064-6.

  • Lisowiec J., Magner D., Kierzek E., Lenartowicz E., Kierzek R. (2015) Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biol., 12(3), 330-42.

  • Baranowski D., Kotkowiak W., Kierzek R., Pasternak A. (2015) Hybridization properties of RNA containing 8-methoxyguanosine and 8-benzyloxyguanosine. PLoS ONE, 10(9), e0137674.

  • Kotkowiak W., Kotkowiak M., Kierzek R., Pasternak A. (2014) Unlocked nucleic acids – the implications of increased conformational flexibility for RNA/DNA triplex formation. Biochem. J., 464 (2), 203-211

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres