Zakład Biomolekularnego NMR

prof. dr hab. Zofia Gdaniec

Kierownik Zakładu

zofia.gdaniec@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1151, 1156

dr Daniel Baranowski

adiunkt

dr Witold Andrałojć

adiunkt

dr Dorota Gudanis

adiunkt

Pracownicy naukowi

mgr Karolina Zielińska

doktorant

Doktoranci

  • Andrałojć, W, Małgowska, M, Sarzyńska, J, Pasternak, K, Szpotkowski, K, Kierzek, R, Gdaniec, ZUnraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3′ terminus.RNA, 25, 121-134 (2019)

  • Gładysz, M, Andrałojć, W, Czapik, T, Gdaniec, Z, Kierzek,RThermodynamic and structural contributions of the 6-thioguanosine residue to helical properties of RNASci. Rep. , 9, art 4385 (2019)

  • Czyrko, J, Śliwiak, J, Imiołczyk, B, Gdaniec, Z, Jaskolski, M, Brzezinski, MMetal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosaSci. Rep. , 8, art 11334 (2018)

  • Zhao, J, Xue, M, Gudanis, D, Gracz, H, Findenegg, G.H, Gdaniec, Z. Franzen, S,Dynamics of dehaloperoxidase-hemoglobin A derived from NMR relaxation spectroscopy and molecular dynamics simulationJ. Inorg. Biochem., 181, 65-73, (2018)

  • Lyons, S.M, Gudanis, D, Coyne, S.M, Gdaniec, Z, Ivanov, P,Identification of functional tetramolecular RNA G-quadruplexes derived from transfer RNAs.Nat. Commun., 8, 1127. (2017)

  • Jackowiak, P, Hojka-Osinska, A, Gasiorek, K, Stelmaszczuk, M, Gudanis, D, Gdaniec, Z, Figlerowicz, M,Effects of G-quadruplex topology on translational inhibition by tRNA fragments in mammalian and plant systems in vitro.Int. J. Biochem. Cell Biol., 92, 148–154 (2017)

  • Matuszewski, M, Wojciechowski, J, Miyauchi, K, Gdaniec, Z, Wolf, W. M, Suzuki, T, Sochacka, E,A hydantoin isoform of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) is present in tRNAsNucleic Acids Res., 45, 2137–2149 (2017)

  • Małgowska, M, Czajczyńska, K, Gudanis, D, Tworak, A, Gdaniec, Z,Overview of the RNA G-quadruplex structuresActa Biochim. Pol., 63, 609–621 (2016)

  • Gudanis, D, Popenda, Ł, Szpotkowski, K, Kierzek, R, Gdaniec, Z,Structural characterization of a dimer of RNA duplexes composed of 8-bromoguanosine modified CGG trinucleotide repeats: a novel architecture of RNA quadruplexes.Nucleic Acids Res., 44, 2409-2416 (2016)

  • Szabat, M, Gudanis, D, Kotkowiak, W, Gdaniec, Z, Kierzek, R, Pasternak, A,Thermodynamic Features of Structural Motifs Formed by beta-L-RNAPloS One, 11, e0149478 (2016)

  • Baraniak, D, Baranowski, D, Ruszkowski, P, Boryski, J,3′-O- and 5′-O-Propargyl Derivatives of 5-Fluoro-2′-Deoxyuridine: Synthesis, Cytotoxic Evaluation and Conformational AnalysisNucleos. Nucleot. Nucl., 35, 4:178-194 (2016)

  • Baranowski, D.S, Kotkowiak, W, Kierzek, R, Pasternak, A,Hybridization properties of RNA containing 8-methoxyguanosine and 8-benzyloxyguanosine.PLoS ONE, 10, e0137674 (2015)

  • Małgowska, M, Gudanis, D, Kierzek, R, Wyszko, E, Gabelica, V, Gdaniec, Z,Distinctive structural motifs of RNA G-quadruplexes composed of AGG, CGG and UGG trinucleotide repeatsNucleic Acids Res., 42, 10196-10207 (2014)

  • Belter, A, Gudanis, D, Rolle, K, Piwecka, M, Gdaniec, Z, Naskręt-Barciszewska, M. Z, Barciszewski, J,Mature miRNAs form secondary structure, which suggests their function beyond RISCPLoS ONE, 9, e113848 (2014)

  • Kierzek, E, Małgowska, M, Lisowiec, J, Turner, D.H, Gdaniec, Z, Kierzek, R,The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs.Nucleic Acids Res., 42, 3492-3501 (2014)

  • Brzezińska, J, Gdaniec, Z, Popenda, Ł, Markiewicz, W.T,Polyaminooligonucleotide: NMR structure of duplex DNA containing a nucleoside with spermine residue, N-[4,9,13-triazatridecan-1-yl]-2′-deoxycytidine.Biochem. Biophys. Acta General Subjects, 1840, 1163-1170 (2014)

Wybrane publikacje

  • Hybrydowe, dwufunkcyjne struktury RNA typu dupleks-kwadrupleks jako nowe narzędzie do wyciszania ekspresji genów; OPUS 7, UMO-2014/13/B/ST5/04144; 2015-2018.

  • Synteza i badania strukturalne oligonukleotydów o sekwencjach ramion antykodonów tRNA zawierających nowe modyfikowane nukleozydy: ct6A, ms2ct6A, ges2U; OPUS 13; konsorcjum z Wydziałem Chemicznym Politechniki Łódzkiej (lider).

  • Synteza oraz badania spektralne trójfunkcyjnych modyfikowanych oligonukleotydów antysensowych. Miniatura 1, DEC-2017/01/X/ST5/00589.

  • Synteza nowych 3,6,9-tripodstawionych pochodnych 9-H-karbazolu jako potencjalnych sond fluorescencyjnych do detekcji kwadrupleksów DNA i RNA, Miniatura 1, 2017/01/X/ST5/00577.

  • Badania strukturalne DNAzymów 8-17 i I-R2 metodami NMR, SONATA 14.

Projekty badawcze

  • spektroskopia NMR,
  • struktura i dynamika kwasów nukleinowych,
  • kwadrupleksy,
  • powtórzenia trójnukleotydowe CGG, AGG i UGG;
  • strukturalne hybrydy typu dupleks-kwadrupleks;
  • ligandy;
  • modyfikowane oligonukleotydy;
  • konformacja modyfikowanych nukleozydów;
  • DNAzymy;
  • aptamery DNA.

Badania Zakładu koncentrują się wokół zagadnień związanych ze strukturą, funkcją i dynamiką biomolekuł, w szczególności kwasów nukleinowych. W badaniach wykorzystujemy głównie metody biomolekularnej spektroskopii NMR, wspieranej przez inne techniki biofizyczne i biochemiczne, takie jak np. spektroskopia UV i CD czy metody elektroforetyczne. Obecnie, główne tematy naszej działalności badawczej stanowią:

  • Analiza strukturalna i funkcjonalna strukturalnych hybryd RNA typu dupleks-kwadrupleks.

  • Projektowanie i synteza ligandów selektywnych względem kwadrupleksów RNA/DNA.

  • Badanie oddziaływań ligandów z oligonukleotydami RNA i DNA.

  • Badanie zdolności natywnych oraz modyfikowanych chemicznie cząsteczek RNA zbudowanych z powtórzeń trójnukleotydowych CGG, AGG i UGG do tworzenia struktur kwadrupleksów.

  • Badania strukturalne funkcjonalnych cząsteczek DNA, takich jak DNAzymy i apamery.

  • Analiza strukturalna modyfikowanych nukleozydów o wymuszonej konformacji.


 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres