Zakład Genomiki Strukturalnej RNA

Prof. dr hab. Elżbieta Kierzek

Kierownik Zakładu

elzbieta.kierzek@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1113, 1112

mgr Barbara Szutkowska

doktorant

mgr Aleksandra Jarmołowicz

doktorant/chemik

mgr inż. Klaudia Wieczorek

doktorant 

Doktoranci

dr Elżbieta Lenartowicz
asystent

dr Julita Piasecka
asystent

Pracownicy naukowi

  • Genomika strukturalna RNA, wirusy RNA,
  • wirus grypy,
  • IAV,
  • SARS-CoV-2,
  • COVID-19,
  • mikromacierze izoenergetyczne,
  • modyfikowane sondy mikromacierzowe,
  • termodynamika kwasów nukleinowych,
  • modyfikowane oligonukleotydy,
  • oligonukleotydy antysensowe,
  • siRNA,
  • niskocząsteczkowe ligandy,
  • struktura RNA,
  • oddziaływania RNA,
  • patogenne RNA
  • Genomika strukturalna RNA wirusów

  • Struktura drugorzędowa i trzeciorzędowa RNA oraz ich kompleksów z funkcjonalnymi białkami, innymi RNA i niskocząsteczkowymi ligandami

  • Modulowanie aktywności funkcjonalnej RNA, w tym także patogennych RNA związanych z chorobami człowieka

  • Genomika strukturalna RNA wirusa grypy, wpływ struktury RNA na namnażanie wirusa grypy. 

  • Badanie struktury i oddziaływań segmentów vRNA(-) i RNA(+) oraz ważnych funkcjonalnie motywów strukturalnych RNA wirusa grypy in vitro i in vivo. 

  • Określanie w strukturze wirusowych RNA grypy miejsc silnego wiązania modyfikowanych oligonukleotydów i ligandów

  • Rozwijanie metody mapowania mikromacierzowego z wykorzystaniem mikromacierzy izoenergetycznych 

  • Projektowanie i optymalizacja modyfikowanych oligonukleotydów, siRNA, rybozymów i ligandów, jako potencjalnych inhibitorów cyklu życiowego wirusa grypy.

  • Badania struktury i oddziaływań naturalnych kompleksów vRNA(-) wirusa grypy i wirusowej nukleoproteiny (NP).

  • Inhibicja i regulacja namnażania wirusa grypy – badania komórkowe.

  • Modyfikowane oligonukleotydy - strategie antysensowe i mikromacierzowe.

  • Nośniki oligonukleotydowe i biokoniugaty

  • systemy CRISPR/Cas jako strategie inhibicji namnażania wirusów RNA

  • Analiza termodynamiczna i porównawcza badanych RNA, przewidywanie struktury drugorzędowej RNA.

  • Badania funkcjonalnych motywów strukturalnych RNA wirusa SARS-CoV-2.

  • Projektowanie modyfikowanych oligonukleotydów o inhibitorowym działaniu na replikację wirusa SARS-CoV-2.

  • Poszukiwanie niskocząsteczkowych ligandów hamujących namnażanie wirusa SARS-CoV-2.

  • Testy komórkowe potencjalnych inhibitorów replikacji wirusa SARS-CoV-2.

  • Miejsce wiązania w RNA i strukturalne podstawy hamowania replikacji przez inhibitory SARS-CoV-2 i wirusa grypy

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

  • J. Piasecka, E. Lenartowicz, M. Soszynska-Jozwiak, B. Szutkowska, R. Kierzek, E. Kierzek,  RNA Secondary Structure Motifs of the Influenza A Virus as Targets for siRNA-Mediated RNA Interference. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 19, 627–642 (2020).

  • J. Kesy, K.M. Patil, S.R. Kumar, Z.Y. Shu, H.Y. Yong, L. Zimmermann, A.A.L. Ong, D.F.K. Toh, M.S. Krishna, L.X. Yang, J.L. Decout, D.H. Luo, M. Prabakaran, G. Chen and E. Kierzek, A Short Chemically Modified dsRNA Binding PNA (dbPNA) Inhibits Influenza Viral Replication by Targeting Viral RNA Panhandle Structure. Bioconjugate Chemistry, 3, 931-943 (2019)

  • P. Michalak, M. Soszynska-Jozwiak, E. Biala, W.N. Moss, J. Kesy, B. Szutkowska, E. Lenartowicz, R. Kierzek, E. Kierzek, Secondary structure of the segment 5 genomic RNA of influenza A virus and its application for designing antisense oligonucleotides. Scientific Reports, 9, 3801 (2019)

  • M. Szabat, E. Kierzek, R. Kierzek, Modified RNA triplexes: Thermodynamics, structure and biological potential. Scientific Reports, 8, 13023 (2018)

  • M. Soszyńska-Jóźwiak, P. Michalak, W. N. Moss, R. Kierzek, J. Kesy, Elzbieta Kierzek, Influenza virus segment 5 (+)RNA - secondary structure and new targets for antiviral strategies. Scientific Reports, 7: 15041 (2017)

  • A Dembska, E. Kierzek, B. Juskowiak, Studying the influence of stem composition in pH-sensitive molecular beacons onto their sensing properties. Analytica Chimica Acta, 990, 157-167 (2017)

  • Ruszkowska, E. Lenartowicz, W. N. Moss, R. Kierzek and E. Kierzek, Secondary structure model of the naked segment 7 influenza A virus genomic RNA. Biochemical Journal, 473, 4327-4348 (2016).

  • E. Lenartowicz, A. Nogales, E. Kierzek, R. Kierzek, L. Martinez-Sobrido, D.H. Turner, Antisense Oligonucleotides Targeting Influenza A Segment 8 Genomic RNA Inhibit Viral Replication. Nucleic Acid Therapeutics, 26, 277-285 (2016).

  • E. Lenartowicz, J. Kesy, A. Ruszkowska, M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, D.H. Turner, R. Kierzek, E. Kierzek, Self-Folding of Naked Segment 8 Genomic RNA of Influenza A Virus. PloS One, 11, e0148281 (2016).

  • M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, E. Kierzek, A Conserved Secondary Structural Element in the Coding Region of the Influenza A Virus Nucleoprotein (NP) mRNA Is Important for the Regulation of Viral Proliferation. PloS One, 10, e0141132 (2015).

  • J. Lisowiec, M. Magner, E. Kierzek, E. Lenartowicz, R. Kierzek, Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biology, 12, 330-342, (2015).

  • R. Kierzek, D.H. Turner, E. Kierzek, Microarrays for identifying binding sites and probing structure of RNAs. Nucleic Acids Research, 43, 1-12 (2015).

Wybrane publikacje

  • Inhibicja replikacji SARS-CoV-2 nacelowana na wirusowe RNA, (NCN, SZYBKA ŚCIEŻKA DOSTĘPU DO FUNDUSZY NA BADANIA NAD COVID-19)

  • Funkcja struktury drugorzędowej vRNA wirusa grypy typu A w kompleksie rybonukleoproteinowym podczas cyklu replikacyjnego wirusa (NCN, Sonatina)

  • Modyfikowane siRNA, rybozymy i system CRISPR/Cas jako strategie inhibicji namnażania wirusa grypy typu A. Zastosowanie i porównanie metod inhibicji nakierowanych na wirusowe RNA (NCN, Preludium)

Projekty badawcze

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres