mgr Dmytro Pandakov
doktorant
mgr Martyna Kordyś
specjalista biolog
dr Piotr Zawierucha
adiunkt
Warkocki Z, Liudkovska V, Gewartowska O, Mroczek S, Dziembowski A.Terminal nucleotidyl transferases (TENTs) in mammalian RNA metabolism. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2018 Nov 5;373(1762). https://doi.org/10.1098/rstb.2018.0162 PMID:30397099
Warkocki, Z., Krawczyk, PS., Adamska, D., Bijata, K., Garcia-Perez, JL., Dziembowski, A. Uridylation by TUT4/7 restricts retrotransposition of human LINE-1s.Cell 2018 Sep 6;174(6):1537-1548.e29. https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.07.022 (2018)
Razew, M., Warkocki, Z., Taube, M., Kolondra, A., Czarnocki-Cieciura, M., Nowak, E., Labedzka-Dmoch, K., Kawinska, A., Piatkowski, J., Golik, P., et al.Structural analysis of mtEXO mitochondrial RNA degradosome reveals tight coupling of nuclease and helicase components.Nature Communications 9, 97. PMID: 29311576 (2018)
Szczesny, R.J., Kowalska, K., Klosowska-Kosicka, K., Chlebowski, A., Owczarek, E.P., Warkocki, Z., Kulinski, T.M., Adamska, D., Affek, K., Jedroszkowiak, A., et al.Versatile approach for functional analysis of human proteins and efficient stable cell line generation using FLP-mediated recombination system.PLoS ONE 13, e0194887 PMID: 29590189 (2018).
Łabno, A., Warkocki, Z., Kuliński, T., Krawczyk, P.S., Bijata, K., Tomecki, R., and Dziembowski, A.Perlman syndrome nuclease DIS3L2 controls cytoplasmic non-coding RNAs and provides surveillance pathway for maturing snRNAs.Nucleic Acids Research 44, 10437–10453. PMID: 27431325 (2016).
Warkocki, Z., Schneider, C., Mozaffari-Jovin, S., Schmitzová, J., Höbartner, C., Fabrizio, P., and Lührmann, R.The G-patch protein Spp2 couples the spliceosome-stimulated ATPase activity of the DEAH-box protein Prp2 to catalytic activation of the spliceosome.Genes & Development 29, 94–107. PMID: 25561498 (2015)
Badanie urydylacji RNA jako mechanizmu regulacji ekspresji genów u człowieka. NCN SONATA-13
Badania nad biologią mobilnego elementu genetycznego LINE-1 u człowieka. NCN OPUS-17
metabolizm RNA,
potranskrypcyjna regulacja ekspresji genów,
urydylacja RNA,
poliadenylacja RNA,
ludzkie retrotranspozony LINE-1 i Alu,
TAIL-seq,
3’ RACE-seq,
W Zakładzie Metabolizmu RNA pragniemy poznać i zrozumieć molekularne procesy rządzące metabolizmem RNA.
Wiodącą tematyką badań jest (A) badanie wpływu urydylacji końców 3’ RNA na różne RNA w komórkach ludzkich oraz (B) potranskrypcyjna regulacja retrotranspozonów.
Urydylacja RNA polega na dołączeniu do końców 3’ RNA niezakodowanych w genomie reszt urydylowych. W komórkach ludzkich reakcję tą katalizują 3 enzymy w tym cytoplazmatyczne TUT4 i TUT7, które urydylują szereg różnych RNA w tym mRNA, snRNA, tRNA, rRNA, ncRNA I krótkie RNA. W większości przypadków urydylacja jest etapem w degradacji RNA i wzmaga ją. Znane są jednak przypadki, w których urydylacja nie wpływa destabilizująco na RNA lub efekt jej działania jest wielopłaszczyznowy. Przykładem jest udział monourydylacji w biogenezie mikro RNA oraz rola urydylacji w powstrzymywaniu retrotranspozonów od wbudowywania się w nowych miejscach w genomie. W tym ostatnim przypadku, poza efektem destabilizującym główną role odgrywa powstrzymywanie etapu odwrotnej transkrypcji.
Odkrycie związku pomiędzy urydylacją i retrotranspozonami sprawiło, że retrotranspozony stały się również tematem badań w Zakładzie. Sekwencje retrotranspozonów LINE-1 i Alu stanowią blisko 1/5 ludzkiego genomu i są zdolne do propagowania własnych kopii poprzez mechanizm „kopiuj-wklej”. Ma to miejsce głównie na wczesnym etapie rozwoju człowieka, lecz również podczas starzenia komórek oraz w procesach chorobowych takich jak nowotworzenie, neurodegeneracja czy chroniczne zapalenie. O ile mechanizmy regulujące retrotranspozony na poziomie genetycznym zostały stosunkowo dobrze poznane, mechanizmy działające na poziomie potranskrypcyjnym już nie.
W Zakładzie wykorzystujemy modelowe ludzkie linie komórkowe, metody biologii komórkowej, molekularnej, biochemii oraz podejścia transkryptomiczne i proteomiczne aby odkrywać molekularne mechanizmy urydylacji i retrotranspozonów.
dr Damian Janecki
adiunkt
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl
Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19