Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres
Współpraca
HR Excellence in Research
Facebook
Twitter

Zakład Struktury i Funkcji Retrotranspozonów

dr hab. Katarzyna Pachulska-Wieczorek

Kierownik Zakładu

kasiapw@ibch.poznan.pl
tel. wew.
1193, 1236

mgr inż. Angelika Andrzejewska
doktorant

mgr Małgorzata Zawadzka
doktorant

Doktoranci

mgr Julita Gumna
biolog

Pracownicy techniczni

dr Katarzyna Purzycka
adiunkt

Pracownicy naukowi

prof. dr hab. Ryszard W. Adamiak

profesor

Profesorowie afiliowani

  • Andrzejewska A, Zawadzka M, Gumna J, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. In vivo structure of the Ty1 retrotransposon RNA genome. Nucleic Acids Res. (2021)

  • Gumna J, Zok T, Figurski K, Pachulska-Wieczorek K, Szachniuk M. RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis. PLoS One., 15(10):e0239287 (2020)

  • Andrzejewska A, Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. On the Way to Understanding the Interplay between the RNA Structure and Functions in Cells: A Genome-Wide Perspective. Int J Mol Sci., 21(18):6770 (2020)

  • Gumna J, Purzycka KJ, Ahn HW, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. Retroviral-like determinants and functions required for dimerization of Ty1 retrotransposon RNA. RNA Biol., 16(12):1749-1763 (2019)

  • Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. Na dobre i na złe: rola endogennych retroelementów u człowieka [For good and for bad: the role of endogenous retroelements in humans]. Postepy Biochem., 65(3):217-223 (2019)

  • Kumari P, Aeschimann F, Gaidatzis D, Keusch JJ, Ghosh P, Neagu A, Pachulska-Wieczorek K, Bujnicki JM, Gut H, Großhans H, Ciosk R. Evolutionary plasticity of the NHL domain underlies distinct solutions to RNA recognition. Nat Commun., 9(1):1549 (2018)

  • Lepeta K, Purzycka KJ, Pachulska-Wieczorek K, Mitjans M, Begemann M, Vafadari B, Bijata K, Adamiak RW, Ehrenreich H, Dziembowska M, Kaczmarek LA normal genetic variation modulates synaptic MMP-9 protein levels and the severity of schizophrenia symptoms.EMBO Molecular Medicine, 9(8):1100-1116 (2017)

  • Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A.J. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J. Bujnicki, S.J. Chen, C.Y. Cheng, F.C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, D. Feng, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Łach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J.J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, M. Tandon, J.J. Trausch, S.Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. WesthofRNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.RNA, 23(5):655-672 (2017)

  • Błaszczyk L, Biesiada M, Saha A, Garfinkel DJ, Purzycka KJ.Structure of Ty1 Internally Initiated RNA Influences Restriction Factor Expression.Viruses, 9(4). pii: E74 (2017)

  • K. Pachulska-Wieczorek, S.F. Le Grice, K.J. Purzycka Determinants of Genomic RNA Encapsidation in the Saccharomyces cerevisiae Long Terminal Repeat Retrotransposons Ty1 and Ty3.Viruses, 8(7) (2016)

  • M. Biesiada, K. Pachulska-Wieczorek, R.W. Adamiak, K.J. Purzycka RNAComposer and RNA 3D structure prediction for nanotechnology.Methods, 103:120-7 (2016)

  • D.J. Garfinkel, J.M. Tucker, A. Saha, Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, K.J. PurzyckaA self-encoded capsid derivative restricts Ty1 retrotransposition in Saccharomyces.Curr Genet., 62(2):321-9 (2016)

  • K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, M. Biesiada, R.W. Adamiak, K.J. Purzycka The matrix domain contributes to the nucleic acid chaperone activity of HIV-2 Gag.Retrovirology, 13:18 (2016)

  • Biesiada M, Purzycka KJ, Szachniuk M, Blazewicz J, Adamiak RW,Automated RNA 3D Structure Prediction with RNAComposer.Methods Mol Biol.;1490:199-215 (2016)

  • Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, A. Saha, J. Gumna, D.J. Garfinkel, K.J. Purzycka Ty1 retrovirus-like element Gag contains overlapping restriction factor and nucleic acid chaperone functions.Nucleic Acids Res., 3;43(15):7414-31 (2015)

Wybrane publikacje

  • Struktura RNA i jego oddziaływania z białkiem Gag warunkujące funkcje RNA Ty1 na różnych etapach replikacji retrotranspozonu, NCN – SONATA BIS 6

  • Arc jako neuronalny Gag. Badanie wirusowych właściwości i funkcji głównego regulatora plastyczności synaptycznej., NCN- PRELUDIUM 18

  • Effectory mobilności retrotranspozonów. Zadanie: Wpływ faktorów restrykcyjnych na strukturę i dynamikę RNA Retrotranspozonów. PI D.J. Garfinkel, UGA USA, NIH

Projekty badawcze

  • Struktura RNA w komórce

  • Mapowanie struktury RNA

  • Oddziaływania RNA-białko

  • Bioinformatyka strukturalna

  • LTR-retrotranspozony (Ty1, Ty3),

  • Retrowirusy,

  • Drożdże,

  • Gag

  • Arc

  • Korelacja pomiędzy strukturą RNA a jego funkcją i stabilnością w komórce

  • Zmiany struktury RNA w trakcie jego życia w komórce

  • Struktura RNA wirusów i retrotransposzonów na różnych etapach replikacji oraz w kompartmentach komórki

  • Mechanizm pakowania genomowego RNA do cząstek wirusopodobnych (VLPs) oraz wirionów 

  • Białka Gag i Gag pochodne, odziaływanie z RNA oraz funkcje 

  • Narzędzia komputerowe do wizualizacji i analizy statystycznej danych z eksperymentów mapowania struktury 2D RNA (RNAthor)

  • Modelowanie struktury drugorzędowej RNA z wykorzystaniem danych eksperymentalnych (np. SHAPE, DMS)

  • Analiza porównawcza modeli strukturalnych RNA

  • Mechanizmy kontroli mobilności retrotranspozonów (współpraca D.J. Garfinkel, UGA USA)

 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza