Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki

Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej

Wielkopolskie Centrum Zaawansowanych Technologii

Zakład Struktury i Funkcji Retrotranspozonów

dr hab. Katarzyna Pachulska-Wieczorek

Kierownik Zakładu

kasiapw@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1193, 1236

mgr inż. Angelika Andrzejewska
doktorant

mgr Małgorzata Zawadzka
doktorant

mgr Julita Gumna
biolog

dr Katarzyna Purzycka
adiunkt

prof. dr hab. Ryszard W. Adamiak

profesor

• Andrzejewska A, Zawadzka M, Gumna J, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. In vivo structure of the Ty1 retrotransposon RNA genome. Nucleic Acids Res. (2021)

• Gumna J, Zok T, Figurski K, Pachulska-Wieczorek K, Szachniuk M. RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis. PLoS One., 15(10):e0239287 (2020)

• Andrzejewska A, Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. On the Way to Understanding the Interplay between the RNA Structure and Functions in Cells: A Genome-Wide Perspective. Int J Mol Sci., 21(18):6770 (2020)

• Gumna J, Purzycka KJ, Ahn HW, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. Retroviral-like determinants and functions required for dimerization of Ty1 retrotransposon RNA. RNA Biol., 16(12):1749-1763 (2019)

• Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. Na dobre i na złe: rola endogennych retroelementów u człowieka [For good and for bad: the role of endogenous retroelements in humans]. Postepy Biochem., 65(3):217-223 (2019)

• Kumari P, Aeschimann F, Gaidatzis D, Keusch JJ, Ghosh P, Neagu A, Pachulska-Wieczorek K, Bujnicki JM, Gut H, Großhans H, Ciosk R. Evolutionary plasticity of the NHL domain underlies distinct solutions to RNA recognition. Nat Commun., 9(1):1549 (2018)

• Lepeta K, Purzycka KJ, Pachulska-Wieczorek K, Mitjans M, Begemann M, Vafadari B, Bijata K, Adamiak RW, Ehrenreich H, Dziembowska M, Kaczmarek LA normal genetic variation modulates synaptic MMP-9 protein levels and the severity of schizophrenia symptoms.EMBO Molecular Medicine, 9(8):1100-1116 (2017)

• Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A.J. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J. Bujnicki, S.J. Chen, C.Y. Cheng, F.C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, D. Feng, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Łach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J.J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, M. Tandon, J.J. Trausch, S.Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. WesthofRNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.RNA, 23(5):655-672 (2017)

• Błaszczyk L, Biesiada M, Saha A, Garfinkel DJ, Purzycka KJ.Structure of Ty1 Internally Initiated RNA Influences Restriction Factor Expression.Viruses, 9(4). pii: E74 (2017)

• K. Pachulska-Wieczorek, S.F. Le Grice, K.J. Purzycka Determinants of Genomic RNA Encapsidation in the Saccharomyces cerevisiae Long Terminal Repeat Retrotransposons Ty1 and Ty3.Viruses, 8(7) (2016)

• M. Biesiada, K. Pachulska-Wieczorek, R.W. Adamiak, K.J. Purzycka RNAComposer and RNA 3D structure prediction for nanotechnology.Methods, 103:120-7 (2016)

• D.J. Garfinkel, J.M. Tucker, A. Saha, Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, K.J. PurzyckaA self-encoded capsid derivative restricts Ty1 retrotransposition in Saccharomyces.Curr Genet., 62(2):321-9 (2016)

• K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, M. Biesiada, R.W. Adamiak, K.J. Purzycka The matrix domain contributes to the nucleic acid chaperone activity of HIV-2 Gag.Retrovirology, 13:18 (2016)

• Biesiada M, Purzycka KJ, Szachniuk M, Blazewicz J, Adamiak RW,Automated RNA 3D Structure Prediction with RNAComposer.Methods Mol Biol.;1490:199-215 (2016)

• Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, A. Saha, J. Gumna, D.J. Garfinkel, K.J. Purzycka Ty1 retrovirus-like element Gag contains overlapping restriction factor and nucleic acid chaperone functions.Nucleic Acids Res., 3;43(15):7414-31 (2015)

• Struktura RNA i jego oddziaływania z białkiem Gag warunkujące funkcje RNA Ty1 na różnych etapach replikacji retrotranspozonu, NCN – SONATA BIS 6

• Arc jako neuronalny Gag. Badanie wirusowych właściwości i funkcji głównego regulatora plastyczności synaptycznej., NCN- PRELUDIUM 18

• Effectory mobilności retrotranspozonów. Zadanie: Wpływ faktorów restrykcyjnych na strukturę i dynamikę RNA Retrotranspozonów. PI D.J. Garfinkel, UGA USA, NIH

• Struktura RNA w komórce

• Mapowanie struktury RNA

• Oddziaływania RNA-białko

• Bioinformatyka strukturalna

• LTR-retrotranspozony (Ty1, Ty3),

• Retrowirusy,

• Drożdże,

• Gag

• Arc

• Korelacja pomiędzy strukturą RNA a jego funkcją i stabilnością w komórce

• Zmiany struktury RNA w trakcie jego życia w komórce

• Struktura RNA wirusów i retrotransposzonów na różnych etapach replikacji oraz w kompartmentach komórki

• Mechanizm pakowania genomowego RNA do cząstek wirusopodobnych (VLPs) oraz wirionów 

• Białka Gag i Gag pochodne, odziaływanie z RNA oraz funkcje 

• Narzędzia komputerowe do wizualizacji i analizy statystycznej danych z eksperymentów mapowania struktury 2D RNA (RNAthor)

• Modelowanie struktury drugorzędowej RNA z wykorzystaniem danych eksperymentalnych (np. SHAPE, DMS)

• Analiza porównawcza modeli strukturalnych RNA

• Mechanizmy kontroli mobilności retrotranspozonów (współpraca D.J. Garfinkel, UGA USA)