Zakład Struktury i Funkcji Retrotranspozonów

dr hab. Katarzyna Pachulska-Wieczorek

Kierownik Zakładu

kasiapw@ibch.poznan.pl
tel. wew.
1193, 1236

mgr inż. Angelika Andrzejewska
doktorant

mgr Małgorzata Zawadzka
doktorant

Doktoranci

mgr Julita Gumna
biolog

Pracownicy techniczni

dr Katarzyna Purzycka
adiunkt

Pracownicy naukowi

prof. dr hab. Ryszard W. Adamiak

profesor

Profesorowie afiliowani

  • Lepeta K, Purzycka KJ, Pachulska-Wieczorek K, Mitjans M, Begemann M, Vafadari B, Bijata K, Adamiak RW, Ehrenreich H, Dziembowska M, Kaczmarek LA normal genetic variation modulates synaptic MMP-9 protein levels and the severity of schizophrenia symptoms.EMBO Molecular Medicine, 9(8):1100-1116 (2017)

  • Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A.J. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J. Bujnicki, S.J. Chen, C.Y. Cheng, F.C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, D. Feng, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Łach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J.J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, M. Tandon, J.J. Trausch, S.Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. WesthofRNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.RNA, 23(5):655-672 (2017)

  • Gómez Ramos LM, Degtyareva NN, Kovacs NA, Holguin SY, Jiang L, Petrov AS, Biesiada M, Hu MY, Purzycka KJ, Arya DP, Williams LD.Eukaryotic Ribosomal Expansion Segments as Antimicrobial Targets.Biochemistry, 56(40):5288-5299 (2017)

  • Błaszczyk L, Biesiada M, Saha A, Garfinkel DJ, Purzycka KJ.Structure of Ty1 Internally Initiated RNA Influences Restriction Factor Expression.Viruses, 9(4). pii: E74 (2017)

  • K. Pachulska-Wieczorek, S.F. Le Grice, K.J. PurzyckaDeterminants of Genomic RNA Encapsidation in the Saccharomyces cerevisiae Long Terminal Repeat Retrotransposons Ty1 and Ty3.Viruses, 8(7) (2016)

  • M. Biesiada, K. Pachulska-Wieczorek, R.W. Adamiak, K.J. PurzyckaRNAComposer and RNA 3D structure prediction for nanotechnology.Methods, 103:120-7 (2016)

  • D.J. Garfinkel, J.M. Tucker, A. Saha, Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, K.J. PurzyckaA self-encoded capsid derivative restricts Ty1 retrotransposition in Saccharomyces.Curr Genet., 62(2):321-9 (2016)

  • K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, M. Biesiada, R.W. Adamiak, K.J. PurzyckaThe matrix domain contributes to the nucleic acid chaperone activity of HIV-2 Gag.Retrovirology, 13:18 (2016)

  • K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, J. Gumna, Y. Nishida, A. Saha, M. Biesiada, D.J. Garfinkel, K.J. PurzyckaCharacterizing the functions of Ty1 Gag and the Gag-derived restriction factor p22/p18.Mob Genet Elements, 6(2):e1154637 (2016)

  • Biesiada M, Purzycka KJ, Szachniuk M, Blazewicz J, Adamiak RW,Automated RNA 3D Structure Prediction with RNAComposer.Methods Mol Biol.;1490:199-215 (2016)

  • Y. Nishida, K. Pachulska-Wieczorek, L. Błaszczyk, A. Saha, J. Gumna, D.J. Garfinkel, K.J. PurzyckaTy1 retrovirus-like element Gag contains overlapping restriction factor and nucleic acid chaperone functions.Nucleic Acids Res., 3;43(15):7414-31 (2015)

Wybrane publikacje

  • Struktura RNA i jego oddziaływania z białkiem Gag warunkujące funkcje RNA Ty1 na różnych etapach replikacji retrotranspozonu.
    NCN – SONATA BIS 6

Projekty badawcze

  • retrotranspozony,
  • retrowirusy,
  • struktura RNA,
  • białka opiekuńcze kwasów nukleinowych,
  • Gag,
  • Ty1,
  • HIV,
  • HERV.
  • Elementy struktury drugo- i trzeciorzędowej RNA, które regulują jego funkcje na kolejnych etapach replikacji retroelementów.

  • Funkcje Gag i białek Gag-pochodnych.

  • Aktywność opiekuńcza białek względem kwasów nukleinowych.

  • Ewolucja struktur RNA.

 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres