Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres
Współpraca
HR Excellence in Research
Facebook
Twitter

Zespół Biologii Obliczeniowej Niekodującego RNA 

dr Barbara Uszczyńska-Ratajczak

Kierownik Zespołu

buszczynska@ibch.poznan.pl
tel. 

mgr Anna Wasilewska

doktorant

mgr inż. Klementyna Marciniak

biolog/doktorant

mgr inż. Piotr Pietras
doktorant 

Doktoranci

dr Anna Mleczko
biolog

Pracownicy techniczni

dr Piotr Machtel
asystent

Pracownicy naukowi

  • Mleczko AM, Machtel P, Walkowiak M, Wasilewska A, Pietras PJ, Bąkowska-Żywicka K. Levels of sdRNAs in cytoplasm and their association with ribosomes are dependent upon stress conditions but independent from snoRNA expression. Sci Rep. 2019 Dec 5;9(1):18397. doi: 10.1038/s41598-019-54924-2.

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Transfer RNA-derived fragments target regulate ribosome-associated aminoacyl-transfer RNA synthetases. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2018 Jun 6. pii: S1874-9399(17)30380-2. doi: 10.1016/j.bbagrm.2018.06.001

  • Bąkowska-Żywicka K, Mleczko AM, Kasprzyk M, Machtel P, Żywicki M, Twardowski T. The widespread occurrence of tRNA-derived fragments in Saccharomyces cerevisiae. FEBS Open Bio. 2016 Oct 21;6(12):1186-1200. doi: 10.1002/2211-5463.12127

  • Mleczko AM, Bąkowska-Żywicka K. When small RNAs become smaller: emerging functions of snoRNAs and their derivatives. Acta Biochim Pol. 2016;63(4):601-607.

  • Bąkowska-Żywicka K, Kasprzyk M, Twardowski T. tRNA-derived short RNAs bind to Saccharomyces cerevisiae ribosomes in a stress-dependent manner and inhibit protein synthesis in vitro. FEMS Yeast Res. 2016 Sep;16(6). pii: fow077

  • Machtel P, Bąkowska-Żywicka K, Żywicki M. Emerging applications of riboswitches – from antibacterial targets to molecular tools. J Appl Genet. 2016 Nov;57(4):531-541

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Ex-translational function of tRNAs and their fragments in cancer. Acta Biochim Pol. 2014;61(2):211-6.

  • Pircher A, Bakowska-Zywicka K, Schneider L, Zywicki M, Polacek N. An mRNA-derived noncoding RNA targets and regulates the ribosome. Mol Cell. 2014 Apr 10;54(1):147-155. doi: 10.1016/j.molcel.2014.02.024

  • Zywicki M, Bakowska-Zywicka K, Polacek N. Revealing stable processing products from ribosome-associated small RNAs by deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):4013-24. doi: 10.1093/nar/gks020

Wybrane publikacje

  • Zmiany w składzie białek rybosomalnych i w oddziałujących z rybosomami krótkich niekodujących RNA w Saccharomyces cerevisiae w odpowiedzi na stres środowiskowy.NCN – Opus 14

  • Opracowanie nowej metody bezpośredniej identyfikacji i absolutnej oceny ilościowej zdarzeń przedwczesnej terminacji transkrypcji, na przykładzie bakteryjnych ryboprzełączników.NCN – Preludium 12

  • Sieci regulatorowe RNA jako nowe cele terapeutyczne w bakteriach lekoopornych.(w ramach współpracy z Zakładem Biologii Obliczeniowej Wydziału Biologii UAM)NCN – Opus 13

Projekty badawcze

  • regulatorowe RNA,
  • niekodujące RNA,
  • krótkie RNA oddziałujące z rybosomem (rancRNA),
  • ryboprzełączniki.

Profil badań w Zespole Transkryptomiki Funkcjonalnej obejmuje identyfikację i charakterystykę mechanizmów molekularnych regulacji ekspresji genów z udziałem cząsteczek RNA, w modelowych organizmach pro- i eukariotycznych, w odpowiedzi na zmienne warunki życia.

Tematyka badawcza obejmuje następujące zagadnienia:

  • identyfikacja, charakterystyka oraz określenie potencjału regulatorowego krótkich niekodujących RNA oddziałujących z rybosomem (ang. ribosome-associated noncoding RNAs, rancRNA) w drożdżach Saccharomyces cerevisiae poddawanych zróżnicowanym warunkom środowiskowym, ze szczególnym uwzględnieniem heterogeniczności rybosomów,

  • identyfikacja ryboprzełączników regulujących transkrypcję i translację w modelowej bakterii Bacillus subtilis,

  • kompleksowa charakterystyka zmian w aktywności transkrypcyjnej, translacyjnej i regulatorowej indukowanej w odpowiedzi na stres antybiotykowy oraz hodowlę w warunkach infekcyjnych w lekoopornym szczepie Staphylococcus aureus, z naciskiem na wyłonienie regulatorowych RNA o potencjale terapeutycznym.


 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

* - równy wkład

# - autor korespondecyjny

  • Carbonell Sala S*, Uszczyńska-Ratajczak B*, Lagarde J, Johnson R#, Guigó R#. Annotation of Full-length Long Noncoding RNAs with Capture Long-Read Sequencing, Methods Mol Biol., 2021, 2254, 133-159.

  • Frankish A, Diekhans M, Jungreis I, Lagarde J, Loveland JE, Mudge JM, Sisu C, Wright JC, Armstrong J, Barnes I, Berry A, Bignell A, Boix C, Carbonell Sala S, Cunningham F, Di Domenico T, Donaldson S, Fiddes IT, García Girón C, Gonzalez JM, Grego T, Hardy M, Hourlier T, Howe KL, Hunt T, Izuogu OG, Johnson R, Martin FJ, Martínez L, Mohanan S, Muir P, Navarro FCP, Parker A, Pei B, Pozo F, Riera FC, Ruffier M, Schmitt BM, Stapleton E, Suner MM, Sycheva I, Uszczynska-Ratajczak B, Wolf MY, Xu J, Yang YT, Yates A, Zerbino D, Zhang Y, Choudhary JS, Gerstein M, Guigó R, Hubbard TJP, Kellis M, Paten B, Tress ML, Flicek P#. GENCODE 2021, Nucleic Acids Res, 2021, 49(D1), D916-D923. 

  • De Palma FDE*, Del Monaco V*, Pol JG*, Kremer M, D'Argenio V, Stoll G, Montanaro D, Uszczyńska-Ratajczak B, Klein CC, Vlasova A, Botti G, D'Aiuto M, Baldi A, Guigó R, Kroemer G, Maiuri MC#, Salvatore F#, Deregulation of LINC01087 decodes the heterogeneity of breast cancer segregating luminal from triple-negative patients and predicting their clinical outcome, Pharmacol Res, 2020, 161, 105249.

  • ENCODE Project Consortium, Moore JE, Purcaro MJ, Pratt HE, Epstein CB, Shoresh N, Adrian J, Kawli T, Davis CA, Dobin A, Kaul R, Halow J, Van Nostrand EL, Freese P, Gorkin DU, Shen Y, He Y, Mackiewicz M, Pauli-Behn F, Williams BA, Mortazavi A, Keller CA, Zhang XO, Elhajjajy SI, Huey J, Dickel DE, Snetkova V, Wei X, Wang X, Rivera-Mulia JC, Rozowsky J, Zhang J, Chhetri SB, Zhang J, Victorsen A, White KP, Visel A, Yeo GW, Burge CB, Lécuyer E, Gilbert DM, Dekker J, Rinn J, Mendenhall EM, Ecker JR, Kellis M, Klein RJ, Noble WS, Kundaje A, Guigó R, Farnham PJ, Cherry JM#, Myers RM#, Ren B#, Graveley BR#, Gerstein MB#, Pennacchio LA#, Snyder MP#, Bernstein BE#, Wold B#, Hardison RC#, Gingeras TR#, Stamatoyannopoulos JA#, Weng Z#, Expanded Encyclopedias of DNA Elements in the Human and Mouse Genome, Nature, 2020, 699-710.

  • ENCODE Project Consortium, Snyder MP#, Gingeras TR, Moore JE, Weng Z, Gerstein MB, Ren B, Hardison RC, Stamatoyannopoulos JA, Graveley BR, Feingold EA, Pazin MJ, Pagan M, Gilchrist DA, Hitz BC, Cherry JM, Bernstein BE, Mendenhall EM, Zerbino DR, Frankish A, Flicek P, Myers RM, Perspectives on ENCODE, Nature, 2020, 583(7818), 693-698.

  • Steward CA*#, Roovers J*, Suner MM, Gonzalez JM, Uszczynska-Ratajczak B, Pervouchine D, Fitzgerald S, Viola M, Stamberger H, Hamdan FF, Ceulemans B, Leroy P, Nava C, Lepine A, Tapanari E, Keiller D, Abbs S, Sanchis-Juan A, Grozeva D, Rogers AS, Diekhans M, Guigó R, Petryszak R, Minassian BA, Cavalleri G, Vitsios D, Petrovski S, Harrow J, Flicek P, Lucy Raymond F, Lench NJ, Jonghe P, Mudge JM, Weckhuysen S, Sisodiya SM, Frankish A#,                     Re-annotation of 191 developmental and epileptic encephalopathy associated genes unmasks de novo variants in SCN1A, NPJ Genomic Medicine, 2019, 4(31).

  • Topf U*#, Uszczynska-Ratajczak B*, Chacinska A#, Mitochondrial stress-dependent regulation of cellular protein synthesis, Journal of Cell Science, 2019, 132(8).

  • Sokol AM#*, Uszczynska-Ratajczak B*, Collins MM, Bazala M, Topf U, Lundegaard PR, Sugunan S, Guenther S, Kuenne C, Graumann J, Chan SSL, Stainier DYR, Chacinska A#, Loss of the Mia40a oxidoreductase leads to hepato-pancreatic insufficiency in zebrafish, PLoS Genetics, 2019, 14(11), e1007743.

  • Frankish A, Diekhans M, Ferreira AM, Johnson R, Jungreis I, Loveland J, Mudge JM, Sisu C, Wright J, Armstrong J, Barnes I, Berry A, Bignell A, Carbonell Sala S, Chrast J, Cunningham F, Di Domenico T, Donaldson S, Fiddes IT, García Girón C, Gonzalez JM, Grego T, Hardy M, Hourlier T, Hunt T, Izuogu OG, Lagarde J, Martin FJ, Martínez L, Mohanan S, Muir P, Navarro FCP, Parker A, Pei B, Pozo F, Ruffier M, Schmitt BM, Stapleton E, Suner MM, Sycheva I, Uszczynska-Ratajczak B, Xu J, Yates A, Zerbino D, Zhang Y, Aken B, Choudhary JS, Gerstein M, Guigó R, Hubbard TJP, Kellis M, Paten B, Reymond A, Tress ML, Flicek P#, GENCODE reference annotation for the human and mouse genomes, Nucleic Acids Research, 2019, 47(D1):D766-D773.

  • Barbara Uszczynska-Ratajczak, Julien Lagarde, Adam Frankish, Roderic Guigó and Rory Johnson#, Towards a complete map of the human long non-coding RNA transcriptome, Nature Reviews Genetics, 2018, 19(9), 535-548.

  • Luiza Handschuh#, Maciej Kazmierczak, Marek C. Milewski, Michal Góralski, Magdalena Luczak, Marzena Wojtaszewska, Barbara Uszczynska-Ratajczak, Krzysztof Lewandowski, Mieczyslaw Komarnicki, Marek Figlerowicz, Gene expression profiling of acute myeloid leukemia samples from adult patients with AML-M1 and -M2 through boutique microarrays, real-time PCR and droplet digital PCR, International Journal of Oncology, 2018, 52(3), 656-678. 

  • Julien Lagarde*, Barbara Uszczynska-Ratajczak*, Silvia Carbonell, Silvia Perez-Lluch, Amaya Abad, Carrie Davis, Thomas Gingeras, Adam Frankish, Jennifer Harrow, Roderic Guigó#, Rory Johnson# High-throughput annotation of full-length long noncoding RNAs with capture long-read sequencing, Nature Genetics, 2017, 49(12), 1731-1740.

  • Francisco Altimiras*, Barbara Uszczynska-Ratajczak*, Rolf Biekofsky, Anna Vlasova, Emilio Palumbo, Francisco Camara, Robert Deacon, Roderic Guigó and Patricia Cogram#, Brain Transcriptome Sequencing of a Natural Model of Alzheimer's Disease, Frontiers in Aging Neuroscience, 2017 9, 64.

  • Julien Lagarde*, Barbara Uszczynska-Ratajczak*, Javier Santoyo-Lopez, Jose Manuel Gonzalez, Electra Tapanari, Jonathan M. Mudge, Charlie Steward, Laurens Wilming, Andrea Tanzer, Cédric Howald, Jacqueline Chrast, Alicia Vela-Boza, Antonio Rueda, Francisco J. Lopez-Domingo, Joaquin Dopazo, Alexandre Reymond, Roderic Guigó# & Jennifer Harrow#, Extension of human lncRNA transcripts by RACE coupled with long read high-throughput sequencing (RACE-Seq) Nature Communications, 2016, 17(7), 12339.

  • Adam Frankish#, Barbara Uszczynska, Graham R.S. Ritchie, Jose Manuel Gonzalez, Dmitri Pervouchine, Robert Petryszak, Jonathan M. Mudge, Nuno Fonseca, Alvis Brazma, Roderic Guigo, Jennifer Harrow#, Comparison of GENCODE and RefSeq gene annotation and the impact of reference geneset on variant effect prediction, BMC Genomics, 2015, Suppl 8:S2.

Wybrane publikacje

Identyfikacja nowych, długich niekodujących RNA u Danio pręgowanego, czyli rzucanie nowego światła na ciemną materię genomu – OPUS 16.

GENCODE: kompleksowa adnotacja genów dla człowieka i myszy.

Projekty badawcze

Doktoranci

Monika Kwiatkowska
doktorant

•    lncRNA

•    Big data

•    transkryptomika

•    genomika

•    danio pręgowany

•    GENCODE

 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Badania naszego zespołu koncentrują się na zrozumieniu biologicznej roli długich niekodujących RNA (ang. long noncoding RNAs) w komórce. W tym celu wykorzystujemy podejście oparte na połączeniu metod obliczeniowych i eksperymentalnych. Nasze główne projekty to: 

•    Identyfikacja lncRNA w genomach kręgowców

•    Analiza zachowawczości ewolucyjnej lncRNA

•    Funkcjonalna charakterystyka lncRNA in vivo

•    Narzędzia bioinformatyczne dla całogenomowych analiz lncRNA

Działalność badawcza