Zespół Biologii Obliczeniowej Niekodującego RNA 

dr hab. Barbara Uszczyńska-Ratajczak

Kierownik Zespołu

mail
tel. 

mgr Anna Wasilewska

doktorant

mgr inż. Klementyna Marciniak

biolog/doktorant

mgr inż. Piotr Pietras
doktorant 

Doktoranci

dr Anna Mleczko
biolog

Pracownicy techniczni

dr Piotr Machtel
asystent

Pracownicy naukowi

  • Mleczko AM, Machtel P, Walkowiak M, Wasilewska A, Pietras PJ, Bąkowska-Żywicka K. Levels of sdRNAs in cytoplasm and their association with ribosomes are dependent upon stress conditions but independent from snoRNA expression. Sci Rep. 2019 Dec 5;9(1):18397. doi: 10.1038/s41598-019-54924-2.

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Transfer RNA-derived fragments target regulate ribosome-associated aminoacyl-transfer RNA synthetases. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2018 Jun 6. pii: S1874-9399(17)30380-2. doi: 10.1016/j.bbagrm.2018.06.001

  • Bąkowska-Żywicka K, Mleczko AM, Kasprzyk M, Machtel P, Żywicki M, Twardowski T. The widespread occurrence of tRNA-derived fragments in Saccharomyces cerevisiae. FEBS Open Bio. 2016 Oct 21;6(12):1186-1200. doi: 10.1002/2211-5463.12127

  • Mleczko AM, Bąkowska-Żywicka K. When small RNAs become smaller: emerging functions of snoRNAs and their derivatives. Acta Biochim Pol. 2016;63(4):601-607.

  • Bąkowska-Żywicka K, Kasprzyk M, Twardowski T. tRNA-derived short RNAs bind to Saccharomyces cerevisiae ribosomes in a stress-dependent manner and inhibit protein synthesis in vitro. FEMS Yeast Res. 2016 Sep;16(6). pii: fow077

  • Machtel P, Bąkowska-Żywicka K, Żywicki M. Emerging applications of riboswitches – from antibacterial targets to molecular tools. J Appl Genet. 2016 Nov;57(4):531-541

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Ex-translational function of tRNAs and their fragments in cancer. Acta Biochim Pol. 2014;61(2):211-6.

  • Pircher A, Bakowska-Zywicka K, Schneider L, Zywicki M, Polacek N. An mRNA-derived noncoding RNA targets and regulates the ribosome. Mol Cell. 2014 Apr 10;54(1):147-155. doi: 10.1016/j.molcel.2014.02.024

  • Zywicki M, Bakowska-Zywicka K, Polacek N. Revealing stable processing products from ribosome-associated small RNAs by deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):4013-24. doi: 10.1093/nar/gks020

Wybrane publikacje

  • Zmiany w składzie białek rybosomalnych i w oddziałujących z rybosomami krótkich niekodujących RNA w Saccharomyces cerevisiae w odpowiedzi na stres środowiskowy.NCN – Opus 14

  • Opracowanie nowej metody bezpośredniej identyfikacji i absolutnej oceny ilościowej zdarzeń przedwczesnej terminacji transkrypcji, na przykładzie bakteryjnych ryboprzełączników.NCN – Preludium 12

  • Sieci regulatorowe RNA jako nowe cele terapeutyczne w bakteriach lekoopornych.(w ramach współpracy z Zakładem Biologii Obliczeniowej Wydziału Biologii UAM)NCN – Opus 13

Projekty badawcze

  • regulatorowe RNA,
  • niekodujące RNA,
  • krótkie RNA oddziałujące z rybosomem (rancRNA),
  • ryboprzełączniki.

Profil badań w Zespole Transkryptomiki Funkcjonalnej obejmuje identyfikację i charakterystykę mechanizmów molekularnych regulacji ekspresji genów z udziałem cząsteczek RNA, w modelowych organizmach pro- i eukariotycznych, w odpowiedzi na zmienne warunki życia.

Tematyka badawcza obejmuje następujące zagadnienia:

  • identyfikacja, charakterystyka oraz określenie potencjału regulatorowego krótkich niekodujących RNA oddziałujących z rybosomem (ang. ribosome-associated noncoding RNAs, rancRNA) w drożdżach Saccharomyces cerevisiae poddawanych zróżnicowanym warunkom środowiskowym, ze szczególnym uwzględnieniem heterogeniczności rybosomów,

  • identyfikacja ryboprzełączników regulujących transkrypcję i translację w modelowej bakterii Bacillus subtilis,

  • kompleksowa charakterystyka zmian w aktywności transkrypcyjnej, translacyjnej i regulatorowej indukowanej w odpowiedzi na stres antybiotykowy oraz hodowlę w warunkach infekcyjnych w lekoopornym szczepie Staphylococcus aureus, z naciskiem na wyłonienie regulatorowych RNA o potencjale terapeutycznym.


 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres
HR Excellence in Research
Facebook
Twitter