Media Społecznościowe

Strona zrobiona w kreatorze stron internetowych WebWave

Cooperation

Institute of Bioorganic Chemistry,
Polish Academy of Sciences
Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Address

Department of Structural Biology of Prokaryotic Organisms

Dr. habil. Krzysztof Brzeziński

Head of Department
mail: 
kbrzezinski@ibch.poznan.pl

ext. 1125

mgr Anna Wasilewska

doktorant

mgr inż. Klementyna Marciniak

biolog/doktorant

mgr inż. Piotr Pietras
doktorant 

Doktoranci

dr Anna Mleczko
biolog

Pracownicy techniczni

dr Piotr Machtel
asystent

Pracownicy naukowi

  • Mleczko AM, Machtel P, Walkowiak M, Wasilewska A, Pietras PJ, Bąkowska-Żywicka K. Levels of sdRNAs in cytoplasm and their association with ribosomes are dependent upon stress conditions but independent from snoRNA expression. Sci Rep. 2019 Dec 5;9(1):18397. doi: 10.1038/s41598-019-54924-2.

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Transfer RNA-derived fragments target regulate ribosome-associated aminoacyl-transfer RNA synthetases. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2018 Jun 6. pii: S1874-9399(17)30380-2. doi: 10.1016/j.bbagrm.2018.06.001

  • Bąkowska-Żywicka K, Mleczko AM, Kasprzyk M, Machtel P, Żywicki M, Twardowski T. The widespread occurrence of tRNA-derived fragments in Saccharomyces cerevisiae. FEBS Open Bio. 2016 Oct 21;6(12):1186-1200. doi: 10.1002/2211-5463.12127

  • Mleczko AM, Bąkowska-Żywicka K. When small RNAs become smaller: emerging functions of snoRNAs and their derivatives. Acta Biochim Pol. 2016;63(4):601-607.

  • Bąkowska-Żywicka K, Kasprzyk M, Twardowski T. tRNA-derived short RNAs bind to Saccharomyces cerevisiae ribosomes in a stress-dependent manner and inhibit protein synthesis in vitro. FEMS Yeast Res. 2016 Sep;16(6). pii: fow077

  • Machtel P, Bąkowska-Żywicka K, Żywicki M. Emerging applications of riboswitches – from antibacterial targets to molecular tools. J Appl Genet. 2016 Nov;57(4):531-541

  • Mleczko AM, Celichowski P, Bąkowska-Żywicka K. Ex-translational function of tRNAs and their fragments in cancer. Acta Biochim Pol. 2014;61(2):211-6.

  • Pircher A, Bakowska-Zywicka K, Schneider L, Zywicki M, Polacek N. An mRNA-derived noncoding RNA targets and regulates the ribosome. Mol Cell. 2014 Apr 10;54(1):147-155. doi: 10.1016/j.molcel.2014.02.024

  • Zywicki M, Bakowska-Zywicka K, Polacek N. Revealing stable processing products from ribosome-associated small RNAs by deep-sequencing data analysis. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):4013-24. doi: 10.1093/nar/gks020

Wybrane publikacje

  • Zmiany w składzie białek rybosomalnych i w oddziałujących z rybosomami krótkich niekodujących RNA w Saccharomyces cerevisiae w odpowiedzi na stres środowiskowy.NCN – Opus 14

  • Opracowanie nowej metody bezpośredniej identyfikacji i absolutnej oceny ilościowej zdarzeń przedwczesnej terminacji transkrypcji, na przykładzie bakteryjnych ryboprzełączników.NCN – Preludium 12

  • Sieci regulatorowe RNA jako nowe cele terapeutyczne w bakteriach lekoopornych.(w ramach współpracy z Zakładem Biologii Obliczeniowej Wydziału Biologii UAM)NCN – Opus 13

Projekty badawcze

  • regulatorowe RNA,
  • niekodujące RNA,
  • krótkie RNA oddziałujące z rybosomem (rancRNA),
  • ryboprzełączniki.

Profil badań w Zespole Transkryptomiki Funkcjonalnej obejmuje identyfikację i charakterystykę mechanizmów molekularnych regulacji ekspresji genów z udziałem cząsteczek RNA, w modelowych organizmach pro- i eukariotycznych, w odpowiedzi na zmienne warunki życia.

Tematyka badawcza obejmuje następujące zagadnienia:

  • identyfikacja, charakterystyka oraz określenie potencjału regulatorowego krótkich niekodujących RNA oddziałujących z rybosomem (ang. ribosome-associated noncoding RNAs, rancRNA) w drożdżach Saccharomyces cerevisiae poddawanych zróżnicowanym warunkom środowiskowym, ze szczególnym uwzględnieniem heterogeniczności rybosomów,

  • identyfikacja ryboprzełączników regulujących transkrypcję i translację w modelowej bakterii Bacillus subtilis,

  • kompleksowa charakterystyka zmian w aktywności transkrypcyjnej, translacyjnej i regulatorowej indukowanej w odpowiedzi na stres antybiotykowy oraz hodowlę w warunkach infekcyjnych w lekoopornym szczepie Staphylococcus aureus, z naciskiem na wyłonienie regulatorowych RNA o potencjale terapeutycznym.


 

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

*  corresponding author

  • Brzezinski, K.* S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase: a structural perspective on the enzyme with two Rossmann-fold domains. (2020). Biomolecules 10(12), 1682. DOI: 10.3390/biom10121682

  • Wojtulewski, S.*, Tomczyk, M., Strawa,. J.W., Gawel, M., Brzezinski, K.* A new look at two polymorphic crystal structures of dibenzoylmethane: Relationship between the Crystal Packing and the Hydrogen Atom Position revealed by Quantum Chemistry and Quantum Crystallography Methods. (2020). Acta Crystallographica Section B76, 957–966. DOI: 10.1107/S2052520620012196

  • Banerjee, A., Dash, S., Mohanty, M., Sahu, G., Sciortino, G., Garribba, E.*, Carvalho, M.F., Marques, F., Pessoa, J.*, Kaminsky, W., Brzezinski, K., Dinda, R.* New VIV, VIVO, VVO and VVO2 Systems: Exploring their Interconversion in Solution, Protein Interactions and Cytotoxicity. (2020). Inorganic Chemistry 59(19), 14042–14057. DOI: 10.1021/acs.inorgchem.0c01837

  • Regulska, E., Olejnik, P., Zubyk, H., Czyrko-Horczak, J., Chaur, M., Tomczykowa, M., Butsyk, O., Brzezinski, K., Echegoyen, L.*, Plonska-Brzezinska, M.E.* Nanostructural catalyst: metallophthalocyanine and carbon nano-onion with enhanced visible-light photocatalytic activity towards organic pollutants. (2020). RSC Advances 10, 10910-10920. DOI: 10.1039/d0ra00896f

  • Raczynska, J., Imiolczyk, B., Komorowska, M., Sliwiak, J., Czyrko-Horczak, J., Brzezinski, K., Jaskolski, M. Flexible loops of New Delhi metallo-β-lactamase modulate its activity towards different substrates. (2020). International Journal of Biological Macromolecules 158, 104-115. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2020.04.219

  • Czyrko, J., Sliwiak, J., Imiolczyk, B., Gdaniec, Z., Jaskolski, M., Brzezinski, K.*Metal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa(2018). Scientific Reports 8, 11334. DOI:10.1038/s41598-018-29535-y

  • Brzezinski, K.*, Czyrko, J., Sliwiak, J., Nalewajko-Sieliwoniuk, E., Jaskolski, M., Nocek, B., Dauter, Z. S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from a hyperthermophile (Thermotoga maritima) is expressed in Escherichia coli in inactive form - Biochemical and structural studies. (2017). International Journal of Biological Macromolecules 104, 584-596. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2017.06.065

  • Mykhailiv, O., Brzezinski, K., Sulikowski, B., Olejniczak, Z., Gras, M., Lota, G., Molina-Ontoria, A., Jakubczyk, M., Echegoyen, L.*, Plonska-Brzezinska, M.E.* Boron-doped polygonal carbon nano-onions: synthesis and applications in electrochemical energy storage. (2017). Chemistry – A European Journal 23, 7132 –7141. DOI: 10.1002/chem.201700914

  • Dash, S.P., Majumder, S., Banerjee, A., Carvalho, M.F.N.N, Adão, P., Pessoa, J.C., Brzezinski, K., Garribba, E.*, Reuter, H. and Dinda, R.* Chemistry of Monomeric and Dinuclear Non-Oxido Vanadium(IV) and Oxidovanadium(V) Aroylazine Complexes: Exploring Solution Behavior. (2016). Inorganic Chemistry 55, 1165-1182. DOI: 10.1021/acs.inorgchem.5b02346

  • Plonska-Brzezinska, M.E.*, Bobrowska, D.M., Sharma, A., Rodziewicz, P., Tomczyk, M., Czyrko, J. and Brzezinski, K.* Triple helical collagen-like peptide interactions with selected polyphenolic compounds. (2015). RSC Advances 5, 95443–95453. DOI: 10.1039/c5ra15469c

Selected publications

Inhibition of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa by targeting the enzyme dynamics

NCN SONATA BIS 8

Research activity

Researchers:

Technical Staff:

Marlena Komorowska MSc
biologist

PhD students

Magdalena Gaweł MSc
PhD student

Katarzyna Woźniak MSc
PhD student

  • Macromolecular crystallography

  • Small molecule crystallography

  • Structural enzymology

  • Protein-ligand interactions

  • Antibiotic resistance

  • Cellular methylation

  • S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase

Research area

Keywords

To develop novel inhibition strategies against enzymes of pathogenic origin, a broad range of methods from the intersection of microbiology, biochemistry, biophysics including macromolecular crystallography  and NMR spectroscopy, must be applied. 

Our studies concern:

•    Structural enzymology of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolases of various origin.

•    Development of species-specific inhibitors targeting the enzyme dynamics.

•    High-throughput macromolecular crystallography.

•    Crystallographic studies of biologically active small molecules.

•    X-ray diffraction studies of non-crystalline (bio)materials.

Research Projects

Dr. Piotr H. Małecki 
adiunkt