Pracownia Testów Molekularnych

dr Magdalena Otrocka

Kierownik Pracowni

motrocka@ibch.poznan.pl
tel. ---

Pracownicy techniczni:

mgr Bogna Rehlis
specjalista chemik

dr Krzysztof Żukowski
starszy specjalista chemik

dr Joanna Kosman
starszy specjalista chemik

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Rozwój Testu Molekularnego,
Miniaturyzacja,
Mikroskopia Wysokoprzepustowa,
Test fenotypowy
Test biochemiczny,
Analiza Obrazu,
Analiza Danych,

Oferta

Celem Laboratorium Testów Molekularnych jest wspieranie naukowców z różnych dziedzin w badaniach prowadzących do identyfikacji aktywnych biologicznie małocząsteczkowych związków chemicznych, które mogą być używane jako narzędzia w badaniach podstawowych bądź służyć jako punkty wyjściowe w procesie poszukiwania nowych leków lub do innych celów komercyjnych.
Pracownia stanowi część Centrum Wysokoprzepustowych Badań Przesiewowych (CWBP) zlokalizowanego w Wielkopolskim Centrum Zaawansowanych Technologii i oferuje know-how oraz praktyczną pomoc w dziedzinie rozwoju testów molekularnych o standardzie komercyjnym. Realizujemy projekty zarówno na bazie testów biochemicznych jak i technologii komórkowych włączając także mikroskopię wysokoprzepustową i analizę obrazu.
CWBP jest jednym z centrów skriningowych EU-OPENSCREEN (https://www.eu-openscreen.eu), którego członkiem jest polskie konsorcjum POL-OPENSCREEN i jako jedyny ośrodek w Polsce, posiada odpowiednie doświadczenie i wyposażenie pozwalające na przeprowadzanie badań przesiewowych o przepustowości setek tysięcy związków w przeciągu dni. Jako partner EU-OPENSCREEN posiadamy dostęp do biblioteki chemicznej konsorcjum https://www.eu-openscreen.eu/services/compound-collection.html .
Do współpracy zapraszamy wszystkich naukowców, którzy poszukują aktywnych cząsteczek i chcieliby użyć swojego modelu badawczego do testowania unikatowej kolekcji związków chemicznych. Pomożemy zminiaturyzować model do formatu płytek 96, 384 lub 1536 – dołkowych i znaleźć optymalne warunki testu, tak aby spełniał standardy potrzebne do realizacji badań wysokoprzepustowych.

Wyposażenie

Pracownia posiada:

Dyspenser Multidrop Combi (Thermo Fisher) do automatycznego dozowania małej ilości cieczy
Płuczkę płytek Hydrospeed (Tecan) do automatycznej wymiany płynów na płytkach wielodołkowych

Dodatkowo pracownia korzysta z infrastruktury Pracowni Analiz Wysokoprzepustowych, między innymi z następujących urządzeń:

Opera Phenix (Perkin Elmer) High Content Screening System – fluorescencyjny mikroskop wysokoprzepustowy sprzężony z oprogramowaniem pozwalającym na analizę obrazu i uzyskanie informacji na poziomie pojedynczej komórki. ·
CLARIOstar Plus (BMGLabtech) i Cytation (Biotek) czytniki płytek – umożliwiające detekcję absorbancji, fluorescencji i luminescencji oraz pochodnych, FRET, BRET, AlphaScreen·
Echo (Labcyte) dyspenser akustyczny do pipetowania nanolitrowych ilości cieczy

Projekty badawcze

Projekt Polskiej Platformy Infrastruktury Skriningowej dla Chemii Biologicznej (POL-OPENSCREEN) będącej częścią europejskiego konsorcjum EU-OPENSCREEN (European Infrastructure of Open Screening Platforms for Chemical Biology European Research Infrastructure Consortium). Dotacja MNiSW
EU-OPENSCREEN-DRIVE: Ensuring long-term sustainability of excellence in chemical biology within Europe and beyond. H2020 - H2020-INFRADEV-2018-2020
Bioprofiling: Interference with common Bioluminescence reporters and ROS (Reactive Oxygen Species), EU-OPENSCREEN ERIC https://www.eu-openscreen.eu/services/bioprofiling-assays.html

Wybrane publikacje

Fritzell K, Xu LD, Otrocka M, Andréasson C, Öhman M. Sensitive ADAR editing reporter in cancer cells enables high-throughput screening of small molecule libraries. Nucleic acids research 2019 47;1-11 https://doi.org/10.1093/nar/gky1228
Tenland E, Krishnan N, Rönnholm A, Kalsum S, Puthia M, Mörgelin M, Davoudi M, Otrocka M, Alaridah N, Glegola-Madejska I, Sturegård E, Schmidtchen A, Lerm M, Robertson BD, Godaly G. A novel derivative of the fungal antimicrobial peptide plectasin is active against Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) 2018 113; 231-238
Axelsson H, Almqvist H, Otrocka M, Vallin M, Lundqvist S, Hansson P, Karlsson U, Lundbäck T, Seashore-Ludlow B. In Situ Target Engagement Studies in Adherent Cells. ACS chemical biology 2018 13;4 942-950 https://doi.org/10.1021/acschembio.7b01079
Pettersson-Klein AT, Izadi M, Ferreira DMS, Cervenka I, Correia JC, Martinez-Redondo V, Southern M, Cameron M, Kamenecka T, Agudelo LZ, Porsmyr-Palmertz M, Martens U, Lundgren B, Otrocka M, Jenmalm-Jensen A, Griffin PR, Ruas JL. Small molecule PGC-1α1 protein stabilizers induce adipocyte Ucp1 expression and uncoupled mitochondrial respiration. Molecular metabolism 2018 9; 28-42 https://doi.org/10.1016/j.molmet.2018.01.017
Dyczynski M, Yu Y, Otrocka M, Parpal S, Braga T, Henley AB, Zazzi H, Lerner M, Wennerberg K, Viklund J, Martinsson J, Grandér D, De Milito A, Pokrovskaja Tamm K. Targeting autophagy by small molecule inhibitors of vacuolar protein sorting 34 (Vps34) improves the sensitivity of breast cancer cells to Sunitinib. Cancer letters 2018 435; 32-43 https://doi.org/10.1016/j.canlet.2018.07.028
Pinheiro T, Otrocka M, Seashore-Ludlow B, Rraklli V, Holmberg J, Forsberg-Nilsson K, Simon A, Kirkham M. A chemical screen identifies trifluoperazine as an inhibitor of glioblastoma growth. Biochemical and biophysical research communications 2017 494;3-4 477-483

IBCH logo