Department of Plant Genomics

dr hab. Agnieszka Żmieńko, prof. IBCH PAS

Head of Department

akisiel@ibch.poznan.pl
ext. 1212

Research activity

Research area

The aim of our research is to better understand the structure of plant genomes, its variability and the relationship between the genotype and phenotype. In particular, we are interested in:

repeat sequences in the Arabidopsis thaliana genome (copy number variations, CNV, transposons, microsatellite repeats) and the mechanisms involved in their formation. We have created a web viewer of Arabidopsis thaliana gene copy number variations available at http://athcnv.ibch.poznan.pl/
links between CNV and variation in response to biotic and abiotic stressors
the role of non-coding RNA metabolism in maintaining genome stability
impact of epigenetic mechanisms on gene expression
structural variability of symbiotic islands in Medicago truncatula genome and its potential impact on interactions with nitrogen-fixing bacteria

Keywords

structural variation
genetic polymorphism
GWAS
transposons
biotic and abiotic stress
epigenetics

Grants

Ongoing projects are highlighted in bold

Ocena roli genów BARS1 oraz BARS2, kodującego nową cyklazę oksydoskwalenu, w naturalnym zróżnicowaniu wzrostu i adaptacji Arabidopsis do warunków środowiska. NCN OPUS 2024/53/B/NZ2/02784. Okres realizacji: 2025-2029. Kierownik Projektu: Agnieszka Żmieńko
Badanie zachowawczości układu hotspotów crossing-over i regulacja ich aktywności w regionach przycentromerowych. NCN SONATINA 2024/52/C/NZ2/00197. Okres realizacji 2024-2027. Kierownik Projektu: Maja Szymańska-Lejman
Rola transpozonów i epigenetycznej regulacji ekspresji genów w procesie wykształcania brodawek korzeniowych u Medicago truncatula. NCN Preludium BIS Komponent - NAWA BPN/PRE/2023/1/00023/U/00001. Okres realizacji VIII-XII 2024. Kierownik Projektu: Paulina Poniatowska-Rynkiewicz
Podłoże genetyczne odporności wybranych ekotypów rośliny modelowej A. thaliana na fitopatogen Pectobacterium carotovorum. NCN Preludium 2023/49/N/NZ2/02102. Okres realizacji: 2024-2025. Kierownik Projektu: Anastasiia Satyr
The role of transposable elements in shaping structural and transcriptional variation of Arabidopsis thaliana genome. NAWA Wspólne Projekty Badawcze BPN/BDE/2022/1/00021/U/00001. Okres realizacji: I-XII 2023. Kierownik Projektu: Agnieszka Żmieńko
Rola transpozonów i epigenetycznej regulacji ekspresji genów w procesie wykształcania brodawek korzeniowych u Medicago truncatula. NCN Preludium BIS 2021/43/O/NZ2/01626. Okres realizacji 2022-2027. Kierownik Projektu: Agnieszka Żmieńko
Udział polimorfizmu liczby kopii genów w naturalnym zróżnicowaniu odpowiedzi ekotypów Arabidopsis thaliana na stres biotyczny. NCN SONATA 2017/26/D/NZ2/01079. Okres realizacji: 2018-2022. Kierownik Projektu: Agnieszka Żmieńko
Zmienność liczby kopii genu MSH2 u Arabidopsis thaliana – struktura duplikacji, zakres polimorfizmu w naturalnych ekotypach oraz wpływ na ekspresję genów zaangażowanych w naprawę niesparowań DNA. NCN MINIATURA 2017/01/X/NZ2/00144. Okres realizacji: 2017-2018. Kierownik Projektu: Agnieszka Żmieńko

Selected publications

Marszalek-Zenczak M, Satyr A, Wojciechowski P, Zenczak M, Sobieszczanska P, Brzezinski K, Iefimenko T, Figlerowicz M, Zmienko A. (2023) “Analysis of Arabidopsis non-reference accessions reveals high diversity of metabolic gene clusters and discovers new candidate cluster members”. Front Plant Sci. 14:1104303. DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2023.1104303
Samelak-Czajka A, Wojciechowski P, Marszalek-Zenczak M, Figlerowicz M, Zmienko A (2023) “Differences in the intraspecies copy number variation of Arabidopsis thaliana conserved and nonconserved miRNA genes”. Funct Integr Genomics 23:120. DOI: https://doi.org/10.1007/s10142-023-01043-x
Mazur R., Maszkowska J., Anielska-Mazur A., Garstka M., Polkowska-Kowalczyk L, Czajkowska A., Zmienko A., Dobrowolska G., Kulik A. (2021) “The SnRK2.10 kinase mitigates the adverse effects of salinity by protecting photosynthetic machinery.” Plant Physiol. 187:2785–2802.DOI: https://doi.org/10.1093/plphys/kiab438
Wrzesińska B., Zmienko A., Dai Vu L., De Smet I., Obrępalska-Stęplowska A. (2021) “Multiple cellular compartments engagement in Nicotiana benthamiana-peanut stunt virus-satRNA interactions revealed by systems biology approach”. Plant Cell Reports, 40:1247-1267. DOI: https://doi.org/10.1007/s00299-021-02706-4
Satyr A., Zmienko A. (2020) „Sekwencjonowanie nanoporowe i jego zastosowanie w biologii”. Postępy biochemii, 66:193-304. DOI: https://doi.org/10.18388/pb.2020_328
Zmienko A., Marszalek-Zenczak M., Wojciechowski P., Samelak-Czajka A., Luczak M., Kozlowski P., Karlowski W.M., Figlerowicz M. (2020) „AthCNV - a map of DNA copy number variations in the Arabidopsis thaliana genome”. The Plant Cell, 32:1-23. DOI: https://doi.org/10.1105/tpc.19.00640
Macioszek V.K., Gapińska M., Zmienko A., Sobczak M., Skoczowski A., Oliwa J., Kononowicz A.K. (2020) „Complexity of Brassica oleracea–Alternaria brassicicola Susceptible Interaction Reveals Downregulation of Photosynthesis at Ultrastructural, Transcriptional, and Physiological Levels”. Cells, 9:2329 DOI: https://doi.org/10.3390/cells9102329
Samelak-Czajka A., Marszalek-Zenczak M., Marcinkowska-Swojak M., Kozlowski P., Figlerowicz M., Zmienko A. (2017) „MLPA-based Analysis of Copy Number Variation in Plant Populations”. Front. Plant Sci., 8:222. DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2017.00222
Zmienko A., Samelak-Czajka A., Kozlowski P., Szymanska M., Figlerowicz M. (2016) „Arabidopsis thaliana population analysis reveals high plasticity of the genomic region spanning MSH2, AT3G18530 and AT3G18535 genes and provides evidence for NAHR-driven recurrent CNV events occurring in this location”. BMC Genomics, 17:893. DOI: https://doi.org/10.1186/s12864-016-3221-1
Żmieńko A., Samelak A., Kozłowski P., Figlerowicz M. (2014) „Copy number polymorphism in plant genomes”. Theor Appl Genet., 127(1): 1-18. DOI: https://doi.org/10.1007/s00122-013-2177-7
Santoni D., Swiercz A., Zmieńko A., Kasprzak M., Blazewicz M., Bertolazzi P., Felici G. (2014) “An integrated approach (CLuster Analysis Integration Method) to combine expression data and protein-protein interaction networks in agrigenomics: Application on Arabidopsis thaliana”. OMICS- a Journal of Integrative Biology, 18: 155-165. DOI: https://doi.org/10.1089/omi.2013.0050

IBCH logo

Department of Plant Genomics

Researchers:

Technical Staff:

PhD students:

Research activity

Research area

Keywords

Grants

Selected publications

Adres

Address

Department of Plant Genomics

Researchers:

Technical Staff:

PhD students:

Research activity

Research area

Keywords

rys. 1

Grants

Selected publications

Adres

Address