Publikacja zespołu prof. Piotra Kozłowskiego z Zakładu Genetyki Molekularnej, w składzie: dr Paulina Gałka-Marciniak, dr Martyna Urbanek-Trzeciak, mgr Paulina Nawrocka, została wyróżniona przez zespół edytorów i redaktorów czasopisma Nucleic Acids Research tytułem Breakthrough Article. „Breakthrough Articles represent the top of NAR papers in terms of originality, significance and scientific excellence” http://www.narbreakthrough.com/

Praca przedstawia pierwszą kompleksową analizę (atlas) mutacji somatycznych w genach białek zaangażowanych w powstawanie oraz funkcje miRNA. Z wykorzystaniem danych z >10 000 eksomów różnych typów nowotworów zdeponowanych w repozytorium The Cancer Genome Atlas,Paulina i wsp. przeprowadzili analizę występowania mutacji somatycznych w panelu 29 genów zaangażowanych w biogenezę i funkcję miRNA. Autorzy zidentyfikowali >3600 mutacji somatycznych oraz wykryli geny wzbogacone w mutacje w specyficznych typach nowotworów. W wyniku przeprowadzonych analiz autorzy zidentyfikowali również szereg nawracających mutacji  typu „hotspot” i wykazali że występowanie mutacji hotspot w genach takich jak SMAD4, SMAD2 czy DICER1 wpływa na biogeneze miRNA oraz koreluje ze zmianą poziomu ekspresji miRNA oraz obniżonym przeżyciem pacjentów.

Artykuł ten jest komplementarny do wcześniejszej pracy zespołu opublikowanej pod koniec 2020 roku w EBioMdicine  (Urbanek-Trzeciak Martyna et al.) opisującej analizę mutacji somatycznych w skali Pan-cancer w samych genach kodujących miRNA.

Martyna i wsp. z wykorzystaniem danych pochodzących z dużych projektów sekwencjonowania genomów obejmujących ponad 13000 próbek pochodzących z różnych typów nowotworów przeprowadzili pierwszą kompleksową analizę mutacji somatycznych w genach miRNA w nowotworach. Wynikiem analiz było zidentyfikowanie >10000 mutacji somatycznych w genach miRNA, w ~30% badanych próbkach raków, zidentyfikowanie dziesiątek powtarzalnie mutowanych genów miRNA wraz z mutacji typu „hotspot” oraz wykazanie, że występowanie niektórych mutacji koreluje z ekspresją miRNA, stopniem zaawansowania raka i przeżyciem pacjentów. 

race te stanowią ogromny wkład w rozwój genetyki nowotworów, cytując komentarz prof. Hua Tan z The University of Texas Health Science Center at Houston do powyższej pracy:  “We are witnessing an era when the whole genome, not just the coding region, is seriously taken into account when studying the causative genetic and epigenetic aberrations of human complex disorders, especially cancer. With increasing focus and effort devoted to the noncoding DNA domain, we are beginning to hear the sound of silence”  (Tan H. EBioMedicine 2020,61:103084).