Retrotranspozony LTR to grupa endogennych ruchomych elementów genetycznych szeroko rozpowszechnionych w genomach eukariotycznych i w znacznym stopniu przyczyniających się do ich ewolucji i funkcjonowania. Genom RNA (gRNA) retrotranspozonów, podobnie jak u wirusów, jest swoistą instrukcją, która służy jako matryca do syntezy białek, jak i kopii DNA, która może zintegrować się z genomem gospodarza. Badania pokazują, że nie tylko sekwencja genomów RNA, ale też ich struktura odgrywa ważną rolę w czasie replikacji.

Badaczki z ICHB PAN pod kierunkiem dr hab. Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek (mgr inż. Angelika Andrzejewska-Romanowska, dr Julita Gumna, mgr inż. Ewa Tykwińska) zastosowały strategię SHAPE-MaP do ustalenia struktury drugorzędowej całego genomu RNA retrotranspozonu Ty3 in vivo oraz w warunkach pozakomórkowych. Do tej pory jedynym modelem gRNA retrotranspozonu in vivo, był ten opracowany dla elementu Ty1, również przez zespół dr hab. Katarzyny Pachulskiej-Wieczorek (Andrzejewska i in., 2021, NAR). W nowej pracy wskazano szereg zależnych i niezależnych od środowiska komórki zmian strukturalnych gRNA Ty3, scharakteryzowano kontekst strukturalny sekwencji funkcjonalnych, a także zaproponowano nowy model dimeryzacji genomu, podobny do spokrewnionego ewolucyjnie wirusa HIV-1. Ponadto praca przedstawia pierwsze i kompleksowe porównanie struktury genomów RNA trzech głównych przedstawicieli retroelementów -Ty1, Ty3 oraz HIV-1.

Link do publikacji: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae494/7691522?rss=1