Pracownia Bioinformatyki

dr Anna Philips

Kierownik Pracowni

aphilips@ibch.poznan.pl
tel. 1647

 

dr hab. Tadeusz Kuliński

profesor instytutu

dr Natalia Szóstak

adiunkt

dr Nicoletta Makowska

adiunkt

dr Dorota Magner

asystent

dr Joanna Szarzyńska

starszy specjalista biolog

dr Aneta Sawikowska

starszy specjalista biolog

Pracownicy naukowi

dr hab. Małgorzata Oczko-Wojciechowska

area expert

Pracownicy techniczni

  • Philips A, Stolarek I, Handschuh L, Nowis K, Juras A, Trzciński D, Nowaczewska W, Wrzesińska A, Potempa J, Figlerowicz M. Analysis of oral microbiome from fossil human remains revealed the significant differences in virulence factors of modern and ancient Tannerella forsythia. BMC Genomics. 2020 Jun 15;21(1):402. doi: 10.1186/s12864-020-06810-9.

  • Makowska N, Philips A, Dabert M, Nowis K, Trzebny A, Koczura R, Mokracka J. Metagenomic analysis of β-lactamase and carbapenemase genes in the wastewater resistome. Water Res. 2020 Mar 1;170:115277. doi: 10.1016/j.watres.2019.115277. Epub 2019 Nov 7.

  • Czubak K, Taylor K, Piasecka A, Sobczak K, Kozlowska K, Philips A, Sedehizadeh S, Brook JD, Wojciechowska M, Kozlowski P. Global Increase in Circular RNA Levels in Myotonic Dystrophy. Front Genet. 2019 Jul 18;10:649. doi: 10.3389/fgene.2019.00649. eCollection 2019.

  • Stolarek I, Juras A, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Zenczak M, Dębski A, Kóčka-Krenz H, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age. Sci Rep. 2018 Feb 6;8(1):2455. doi: 10.1038/s41598-018-20705-6.

  • Jackowiak P, Hojka-Osinska A, Philips A, Zmienko A, Budzko L, Maillard P, Budkowska A, Figlerowicz M. Small RNA fragments derived from multiple RNA classes - the missing element of multi-omics characteristics of the hepatitis C virus cell culture model. BMC Genomics. 2017 Jun 30;18(1):502. doi: 10.1186/s12864-017-3891-3.

  • Philips A, Stolarek I, Kuczkowska B, Juras A, Handschuh L, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Comprehensive analysis of microorganisms accompanying human archaeological remains.  Gigascience. 2017 Jul 1;6(7):1-13. doi: 10.1093/gigascience/gix044.

 

Wybrane publikacje

  • Mapa Mikrobiomu Polski - NCBR

Projekty badawcze

NGS:

  • Analiza różnicowej ekspresji genów
  • Analiza różnicowej ekspresji transkryptów (alternatywny splicing)
  • Składanie transkryptomów ab initio (na podstawie genomu) i de novo (bez sekwencji genomu) i ich adnotacja
  • Identyfikacja nowych genów i form splicingowych
  • Analiza niekodujących RNA (miRNA, piRNA, circRNA ect.)
  • Identyfikacja sekwencji docelowych miRNA
  • Identyfikacja SNP
  • Identyfikacja CNV
  • Analiza WGS, egzonów (Exome-Seq) oraz wybranych genów (targeted sequencing)
  • Składanie genomów de novo i ich adnotacja
  • Analiza metagenomiczna

 

Modelowanie struktur:

  • Modelowanie struktur 3D białek i kwasów nukleinowych. Wprowadzanie modyfikacji
  • Analizy termodynamiczne
  • Dokowanie związków niskocząsteczkowych do białek/RNA
  • Przewidywanie struktury RNA na podstawie danych NGS

 

Inne:

  • Obróbka danych wielkoskalowych
  • Analizy statystyczne
  • Analiza danych biologicznych w języku Python i Bioconductorze (język R)

Oferta

  • Komputery dużej mocy obliczeniowej
  • Klastry obliczeniowe

Wyposażenie

  • NGS
  • WGS
  • RNA-seq
  • DE
  • Metagenomics
  • Transcriptomics
  • SNP
  • CNV
  • PCA
  • Docking
  • Structure Modeling

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres