Pracownia NMR

dr Karol Pasternak

Kierownik Pracowni

kpasternak@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1153

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

wysokorozdzielcza spektroskopia NMR, jądra 1H, 13C, 31P, 19F, 29Si,
widma jedno- i wielowymiarowe (korelacyjne),
widma homo- i heterojądrowe,
pomiary temperaturowe,
automatyczna rejestracja widm,
identyfikacja materiału,
struktura i dynamika kwasów nukleinowych,
spektroskopia CD i UV-Vis,
HPLC.

Oferta

rejestracja i analiza wysokorozdzielczych widm NMR,
usługi eksperckie w zakresie interpretacji widm NMR i rozwiązywanie problemów strukturalnych,
określanie konformacji związków organicznych pochodzenia naturalnego lub syntetycznego,
badania oddziaływań wewnątrzcząsteczkowych i międzycząsteczkowych,
badania oddziaływań z ligandami,
wysokoprzepustowa i zautomatyzowana rejestracja widm 1D i 2D NMR (np. COSY, HSQC, HMBC, NOESY, TOSCY),
wykorzystanie metod spektralnych NMR, UV-VIS, CD do badań strukturalnych kwasów nukleinowych i białek,
kompleksowa analizy oceny czystości preparatów RNA/DNA w oparciu o widma NMR, UV i CD.
Cennik Pracowni

Wyposażenie

Spektrometr NMR 400 MHz (9.39 T) AVANCE II Bruker:

■

Sonda BBFO, Z-gradient, 5mm – sonda szerokopasmowa z cewką obserwacyjną X (X: 97Mo-31P + 19F) i cewką odsprzęgania 1H. Sonda umożliwia akwizycję widm w szerokim zakresie jąder, wykonywanie eksperymentów korelacyjnych X-{1H} oraz 1H-{X} a także 1H-{19F} oraz 19F-{1H}. Zakres temperatur: od -80oC do +130oC.
■

Sonda BBI, H-BB, Z-gradient, 5 mm – sonda odwrotna z cewką obserwacyjną 1H i cewką odsprzęgania X (X: 109Ag-31P). Sonda dedykowana do wykonywania eksperymentów korelacyjnych 1H-{X} takich jak HSQC, HMQC oraz HMBC dla próbek o niewielkim stężeniu związku. Zakres temperatur: od -150oC do +180oC.

Spektrometr NMR 500 MHz (11.74 T) AVANCE III Bruker:

■

sonda BBO, 1H-19F,(31P-15N)+19F,D, Z-gradient, 5 mm. Sonda szerokopasmowa z cewką obserwacyjną X (X: 97Mo-31P + 19F) i cewką odsprzęgania 1H. Sonda umożliwia akwizycję widm w szerokim zakresie jąder. Odpowiednia konfiguracja sondy pozwala także na wykonywanie eksperymentów korelacyjnych typu 1H-{19F}, 19F-{1H} oraz X-{19F}, 19F-{X} . Zakres temperatur: od -150oC do +150oC.
■
■

Sonda TXI, H-C/N,D, 5 mm, Z-gradient. Sonda odwrotna z cewką obserwacyjną 1H i cewkami odsprzęgania 13C i 15N dedykowane do wykonywania eksperymentów dla biomolekuł znakowanych izotopami 13C i 15N. Zakres temperatur: od -150oC do +150oC.

Spektrometr NMR 700 MHz (16.44 T) AVANCE III Bruker:

■

Sonda QCI-P 1H/13C/15N/31P, 5 mm, Z-gradient – sonda kriogeniczna (CryoProbe) dedykowana do badań strukturalnych biomolekuł takich jak kwasy nukleinowe i białka a także rejestracji widm próbek związków lub mieszanin związków o bardzo małym stężeniu. Cewki 1H, 13C i 2H oraz wbudowany przedwzmacniacz chłodzone są strumieniem gazowego helu o temperaturze ≈20 K co skutkuje czterokrotnym wzrostem stosunku sygnału do szumu (S/N, signal to noise ratio). Dla 1H i 13C – około czterokrotne zwiększenie S/N oznacza, że eksperyment można wykonać w 1/16 czasu w porównaniu do standardowych sond lub w tym samym czasie można wykonać eksperyment dla próbki o czterokrotnie mniejszym stężeniu. Zakres temperatur: od 0oC do +80oC.
■

Sonda BBO, BB-H-D, 5 mm, Z-gradient. Sonda szerokopasmowa z cewką obserwacyjną X (X: 109Ag –31P/1H-D) i cewką odsprzęgania 1H. Sonda ta umożliwia akwizycję widm w szerokim zakresie jąder, wykonywanie eksperymentów korelacyjnych X-{1H } i 1H-{X} . Zakres temperatur od -150oC do +150oC.
■

Sonda TXI, H-C/N,D, 5 mm, Z-gradient.
■

Sonda TXI, H-P/C,D, 5 mm, Z-gradient. Sondy odwrotne z cewką obserwacyjną 1H i cewkami odsprzęgania 13C i 15N lub 13C i 31P dedykowane do wykonywania eksperymentów dla białek i kwasów nukleinowych znakowanych izotopami 13C i 15N. Zakres temperatur: od -150oC do +150oC.
■

System automatycznego zmieniania próbek (SampleCase, 24 próbki) – wraz z oprogramowaniem ICON NMR.

Spektrometr dichroizmu kołowego (CD) Jasco J-815 :

■

Spektrometr dichroizmu kołowego (CD) dostosowany do pomiarów dyspersji skręcalności optycznej (ORD), dichroizmu liniowego (LD) oraz fluorescencji. Przyrząd wyposażony jest w lampę ksenonową o mocy 150 W jako źródło światła oraz wewnętrzny termostat z mieszadłem magnetycznym.
■
■

Pomiary dichroizmu kołowego (CD): standardowy zakres długości fali 180-900 nm.
■
■

Pomiary skręcalności (ORD):standardowy zakres długości fali 190-600 nm, zakres skręcalności +/-35°.
■
■

Pomiary dichroizmu liniowego (LD): zakres spektralny od 200 nm do 800 nm.
■
■

Pomiary fluorescencji: detektor do pomiarów fluorescencyjnych umożliwiających rejestrację widm emisyjnych: zakres spektralny od 200 nm do 800 nm.

Spektrofotometr UV VIS Jasco V-650:

■

Dwuwiązkowy spektrofotometr UV VIS pracujący w szerokim zakresie długości fal od 190 do 900 nm z fotopowielaczem jako detektorem.
■
■

Bogaty zestaw wyposażenia dodatkowego: przystawki termostatowane, zmieniacze kuwet pozwalają na zaprogramowanie i rejestrację widm do 6 próbek w zakresie temperatur od 0°C do 100°C.
■
■

Możliwość kilku trybów pracy takich jak pomiary w funkcji długości fali, w funkcji czasu, dla stałej długości fali, analiza ilościowa wraz z oprogramowaniem do pełnej obróbki widm i zarządzania danymi.

Wysokosprawny chromatograf cieczowy Agilent Tech 1260 Infinity:

■

Zaawansowany system oczyszczania i weryfikacji czystości próbek w skali analitycznej lub semipreparatywnej.
■

Wyposażony w autosampler, detektor UV z macierzami diodowymi, wielokanałowy detektor UV, wielosygnałowy detektor sygnału fluorescencyjnego, poczwórną pompę, miniukład odgazowujący, termostatowany przedział kolumnowy, kolektor frakcji oraz przedział na pojemniki z rozpuszczalnikami. System ten jest zoptymalizowany do pracy z oligomerami RNA/DNA oraz białkami.

Projekty badawcze

Badanie zależności pomiędzy sekwencją DNA a strukturą jako punkt wyjścia do projektowania G-kwadrupleksów o określonej topologii – zintegrowane podejście łączące symulacje molekularne i metody eksperymentalne. NCN – OPUS 18 (projekt realizowany w konsorcjum; lider projektu: Politechnika Gdańska).
Oligonukleotydy wiążące lantanowce (OWL) jako znaczniki paramagnetyczne w spektroskopii NMR kwasów nukleinowych. NCN – OPUS 19.
Badania strukturalne DNAzymów 8-17 i I-R2 metodami NMR. NCN – SONATA 14.

Wybrane publikacje

Stefański T., Mikstacka R., Kurczab R., Dutkiewicz Z., Kucińska M., Murias M., Zielińska-Przyjemska M., Cichocki M., Teubert A., Kaczmarek M., Hogendorf A., Sobiak S.Design, synthesis, and biological evaluation of novel combretastatin A-4 thio derivatives as microtubule targeting agentsEuropean Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 144, 797-816.
Długaszewska J., Szczółko W., Koczorowski T., Skupin-Mrugalska P., Teubert A., Konopka K., Kucińska M., Murias M., Düzgüneş N., Mielcarek J., Goślinski T.Antimicrobial and anticancer photodynamic activity of a phthalocyanine photosensitizer with N-methyl morpholiniumethoxy substituents in non-peripheral positions
Journal of Inorganic Biochemistry, 2017, 172, 67-79.
Wierzchowski M., Dutkiewicz Z., Gielara-Korzańska A., Korzański A., Teubert A., Teżyk A., Stefański T., Baer-Dubowska W., Mikstacka R.Synthesis, biological evaluation and docking studies of trans-stilbene methylthio derivatives as cytochromes P450 family 1 inhibitorsChem Biol Drug Des.
2017, 90(6), 1226-1236.
Koczorowski T., Szczółko W., Burda K., Nowak M., Dawidowska M., Teubert A., Sobotta L., Gdaniec M., Korecki J., Mielcarek J., Tykarska E., Goślinski T.Influence of bulky pyrrolyl substitent on the physicochemical properties of porphyrazinesDyes and Pigments, 2015, 112, 138-144.
Kryjewski M., Tykarska E., Rebis T., Długaszewska J., Ratajczak M., Teubert A., Gapiński J., Patkowski A., Piskorz J., Milczarek G., Gdaniec M., Goślinski T., Mielcarek J.Porphyrazine with bulky 2-(1-adamantyl)-5-phenylpyrrol-1-yl periphery tuning its spectral and electrochemical propertiesPolyhedron, 2015, 98, 217-223.
Kucińska M., Skupin-Mrugalska P., Szczółko W., Sobotta Ł., Sciepura M., Tykarska E., Wierzchowski M., Teubert A., Fedoruk-Wyszomirska A., Wyszko E., Gdaniec M., Kaczmarek M., Goślinski T., Mielcarek J.,Murias M. Phthalocyanine Derivatives Possessing 2-(Morpholin-4-yl)ethoxy Groups As Potential Agents for Photodynamic TherapyJournal of Medicinal Chemistry, 2015, 58 (5), 2240-2255.
Stefański T., Mikstacka R., Kurczab R., Dutkiewicz Z., Kucińska M., Murias M., Zielińska-Przyjemska M., Cichocki M., Teubert A., Kaczmarek M., Hogendorf A., Sobiak S.Design, synthesis, and biological evaluation of novel combretastatin A-4 thio derivatives as microtubule targeting agentsEuropean Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 144, 797-816.
Długaszewska J., Szczółko W., Koczorowski T., Skupin-Mrugalska P., Teubert A., Konopka K., Kucińska M., Murias M., Düzgüneş N., Mielcarek J., Goślinski T.Antimicrobial and anticancer photodynamic activity of a phthalocyanine photosensitizer with N-methyl morpholiniumethoxy substituents in non-peripheral positionsJournal of Inorganic Biochemistry, 2017, 172, 67-79.
Wierzchowski M., Dutkiewicz Z., Gielara-Korzańska A., Korzański A., Teubert A., Teżyk A., Stefański T., Baer-Dubowska W., Mikstacka R.Synthesis, biological evaluation and docking studies of trans-stilbene methylthio derivatives as cytochromes P450 family 1 inhibitorsChem Biol Drug Des.
2017, 90(6), 1226-1236.
Koczorowski T., Szczółko W., Burda K., Nowak M., Dawidowska M., Teubert A., Sobotta L., Gdaniec M., Korecki J., Mielcarek J., Tykarska E.Goślinski T. Influence of bulky pyrrolyl substitent on the physicochemical properties of porphyrazinesDyes and Pigments, 2015, 112, 138-144.

IBCH logo

Pracownia NMR

Pracownicy techniczni

Pracownicy badawczo - techniczni

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Pracownia NMR

Pracownicy techniczni

Pracownicy badawczo - techniczni

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Rys. 1

Rys. 2.

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address