Z-d Biologii Molekularnej i Systemowej

Dofinansowanie ze środków budżetu państwa

Deklaracja dostępności

Zakład Biologii Molekularnej i Systemowej

prof. dr hab. Mirosława Z. Naskręt-Barciszewska

prof. dr hab. Marek Figlerowicz

Kierownik Zakładu

marek.figlerowicz@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1103

Pracownicy naukowi

dr Lucyna Budźko
adiunkt

dr Ireneusz Stolarek
adiunkt

mgr inż. Karolina Hoffa-Sobiech
asystent

dr Mikołaj Zaborowski
adiunkt

dr Marcin Jukiewicz
asystent

mgr Łukasz Ciecierski
asystent

mgr Kinga Piątek-Bajan
asystent

dr Katarzyna Ratajczak
adiunkt

Pracownicy techniczni

mgr Jarosław Sikora
specjalista bioinformatyk

mgr Marcin Osuch
biolog

mgr Joanna Delimata-Raczek
specjalista biolog

lic. Katarzyna Zielezińska
biolog

dr Michał Prendecki
area expert

dr Bart Krist
specjalista biolog

Profesorowie afiliowani

dr hab. Zbigniew Warkocki
profesor Instytutu

Doktoranci

mgr Mariana Alegria
doktorant

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Rysunek-1-Udzial-RNA-w-procesach-regeneracji-i-wymiany-komorek

RNA jako regulator różnicowania i regeneracji
Niekodujące RNA jako sygnały molekularne
Rybonukleazy zaangażowane w metabolizm niekodujących RNA
Biogeneza i funkcje zewnątrzkomórkowych pęcherzyków błonowych
Białka zaangażowane w transport RNA między komórkami
Edycja RNA w procesach regulacyjnych i sygnalnych

Rysunek-2-Genomika-czlowieka--obszary-dzialalnosci

Archeogenomika – historia biologiczna populacji zamieszkujących Europę Centralną i Wschodnią
Zmienność genetyczna współczesnej populacji zamieszkującej na terenie Polski
Związek pomiędzy genotypem a osobniczymi cechami fizycznymi
Struktura chromatyny w procesach starzenia, nowotworzenia i regeneracji
Genomika w badaniach chorób człowieka

Słowa kluczowe

niekodujące RNA, modyfikacje RNA, rybonukleazy, zewnątrzkomórkowe pęcherzyki błonowe, transport RNA, deaminazy, chromatyna, genomika, genetyka, populacyjna, archeogenomika

Projekty badawcze

Mikroświaty wyobraźni, czyli biologia, chemia i fizyka w jednym kadrze. Projekt współfinansowany w ramach Programu Odkrywcy Ministerstwa Edukacji Narodowej. Okres realizacji: 2025.
ECBiG – Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – MOSAIC 3D (FENG.02.04-IP.04-0012/24). Projekt współfinansowany w ramach Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021-2027 (FENG), Działanie 2.4 Badawcza Infrastruktura Nowoczesnej Gospodarki. Okres realizacji: 2025-2028.
INTERCEPT – Technologia ukierunkowanej analizy pojedynczych komórek na potrzeby diagnostyki nowotworów – wstęp do rozwoju komórkowej medycyny interceptywnej (UoF/02-WIB-3/2023-004). Projekt finansowany w ramach programu Wirtualny Instytut Badawczy ze środków Funduszu Polskiej Nauki. Okres realizacji: 2024-2028.
U zarania państwowości środkowoeuropejskich na przykładzie Czech i Polski. Dynastie – elity – społeczeństwa (koniec IX – XI wiek). NCN, OPUS 26 LAP. Okres realizacji: 2024-2027
Algorytm do personalizacji leczenia raka jajnika na podstawie przestrzennego modelu transkryptomicznego tkanki guza o rozdzielczości jednokomórkowej (FENG.02.02-IP.05-0361/23). FIRST TEAM FNP. Projekt współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021-2027 (FENG). Okres realizacji: 2024-2028.
Platforma obliczeniowa do optymalizacji ścieżek rozwojowych komórek w celu uzyskania populacji jednorodnych. NCBiR, Lider XIII. Okres realizacji: 2022-2026
Opracowanie uniwersalnej platformy szybkiego reagowania, opartej na technologii RNA, zapewniającej krajowe bezpieczeństwo lekowe i epidemiologiczne (2021/ABM/05/00004-00). Projekt współfinansowany przez Agencję Badań Medycznych. Okres realizacji: 2021-2027.
ECBiG – Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – MOSAIC (POIR.04.02.00-00-D017/20). Projekt jest współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014-2020. Okres realizacji: 2021-2023.
NEBI – Krajowy Ośrodek Badań Obrazowych w Naukach Biologicznych i Biomedycznych (POIR.04.02.00-00-C004/19). Projekt współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. Okres realizacji: 2021-2023.
POIR.04.02.00-30-A004/16 Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – Genomiczna Mapa Polski. PO IR – Działanie 4.2. Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki

Wybrane publikacje

L. Budzko, A. Mierzwa, M. Figlerowicz. AID/APOBEC: an expanding repertoire of targets and functions Trends Biochem Sci, 2025. Aug;50(8):642-64. doi: 10.1016/j.tibs.2025.02.006.
A.M. Majewska, M.A. Dietrich , L. Budzko, M. Adamek, M. Figlerowicz and A. Ciereszko. Secreted novel AID/APOBEC-like deaminase 1 (SNAD1) – a new important player in fish immunology, Frontiers in Immunology, 2024, 15, 10.3389/fimmu.2024.1340273
B. Mirska, M. Zenczak, K. Nowis, I. Stolarek, J. Podkowiński, M. Rakoczy, M. Marcinkowska-Swojak, N. Koralewska, P. Zmora, E. Lenartowicz-Onyekaa, M. Osuch, K. Łasińska, J. Kuczma-Napierała, M. Jaworska, Ł. Madej, M. Ciechomska, A. Jamsheer, K. Kurowski, M. Figlerowicz, L. Handschuh. The landscape of the COVID-19 pandemic in Poland emerging from epidemiological and genomic data, Scientific Reports, 2024, 14(1):14416. doi: 10.1038/s41598-024-65468-5.
D. M. Janecki, R. Sen, N. Szóstak, A. Kajdasz, M. Kordyś, K. Plawgo, D. Pandakov, A. Philips, Z. Warkocki. LINE-1 mRNA 3' end dynamics shape its biology and retrotransposition potential. Nucleic Acids Research, 2024;52(6):3327-3345. doi: 10.1093/nar/gkad1251.
N. Koralewska, E. Corradi, M. C. Milewski, L. Masante, A. Szczepanska, R Kierzek, M. Figlerowicz, M-L. Baudet, A. Kurzynska-Kokorniak. Short 2′-O-methyl/LNA oligomers as highly-selective inhibitors of miRNA production in vitro and in vivo. Nucleic Acids Research, 2024, 52(10) 5804–5824, doi.org/10.1093/nar/gkae284
L. Budzko, K. Hoffa-Sobiech, P. Jackowiak, M. Figlerowicz. Engineered deaminases as a key component of DNA and RNA editing tools. Mol Ther Nucleic Acids 2023, 34:102062, 10.1016/j.omtn.2023.102062
I. Stolarek, M. Zeńczak, L. Handschuh, A. Juras, M. Marcinkowska-Swojak, A. Spinek, A. Dębski, M. Matla, H. Kocka-Krenz, J. Piontek. Polish Archaeogenomics Consortium, M. Figlerowicz. Genetic history of East-Central Europe in the first millennium CE. Genome Biology, 2023, 24, 10.1186/s13059-023-03013-9
L. Ciecierski, I. Stolarek, M. Figlerowicz. Human AGEs: an interactive spatio-temporal visualization and database of human archeogenomics. Nucleic Acids Research, 2023, 51, 10.1093/nar/gkad428
N. Szostak, M. Figlerowicz, A. Philips. The emerging role of the gut mycobiome in liver diseases, Gut Microbes, 2023 15 (1), 10.1080/19490976.2023.2211922
I. Stolarek, A. Samelak-Czajka, M. Figlerowicz, P. Jackowiak. Dimensionality reduction by UMAP for visualizing and aiding in classification of imaging flow cytometry data. iScience, 2022, 25 (10): 105142, DOI: 10.1016/j.isci.2022.105142
M. Ruszkowski, A. Strugala, P. Indyka, G. Tresset, M. Figlerowicz, A. Urbanowicz. Cryo-EM reconstructions of BMV-derived virus-like particles reveal assembly defects in the icosahedral lattice structure. Nanoscale 2022, 14 (8), pp.3224-3233. doi:10.1039/D1NR05650F
H. Ehrlich, M. Luczak, R. Ziganshin, I. Mikšík, M. Wysokowski, P. Simon, I. Baranowska-Bosiacka, P. Kupnicka, A. Ereskovsky, R. Galli, S. Dyshlovoy, J. Fischer, K. Tabachnick, I. Petrenko, T. Jesionowski, A. Lubkowska, M. Figlerowicz, V. Ivanenko, A. Summers. Arrested in Glass: Actin within Sophisticated Architectures of Biosilica in Sponges. Advanced Science 2022, 9 (11) 2105059. doi:10.1002/advs.202105059
N. Koralewska, A. Szczepanska, K. Ciechanowska, M. Wojnicka, M. Pokornowska, M. C. Milewski, D.Gudanis, D. Baranowski, Ch. Nithin, J. M. Bujnicki, Z. Gdaniec, M. Figlerowicz, A. Kurzynska-Kokorniak. RNA and DNA G-quadruplexes bind to human dicer and inhibit its activity. Cellular and Molecular Life Sciences 2021, 78, 3709–3724, DOI: 10.1007/s00018-021-03795-w
Philips A, Nowis K, Stelmaszczuk M, Jackowiak P, Podkowiński J, Handschuh L, Figlerowicz M. Expression landscape of circRNAs in Arabidopsis thaliana seedlings and adult tissues. Frontiers in Plant Science 2020, in press
Philips A , Nowis K, Stelmaszczuk M , Podkowiński J, Handschuh L , Jackowiak P, Figlerowicz M. Arabidopsis thaliana cbp80, c2h2, and flk knockout mutants accumulate increased amounts of circular RNAs. Cells 2020; 9(9):E1937
Perrigue PM, Rakoczy M, Pawlicka KP, Belter A, Giel-Pietraszuk M, Naskręt-Barciszewska M, Barciszewski J, Figlerowicz M. Cancer stem cell-inducing media activates senescence reprogramming in fibroblasts. Cancers 2020; 12(7): 1745
Zmienko A, Marszalek-Zenczak M, Pawel Wojciechowski P, Samelak-Czajka A, Luczak M, Kozlowski P, Karlowski WM, Figlerowicz M. AthCNV: A Map of DNA Copy Number Variations in the Arabidopsis Genome. Plant Cell 2020; 32(6): 1797–1819
Stolarek I, Handschuh L, Juras A, Nowaczewska W, Kóčka-Krenz H, Michalowski A, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Goth migration induced changes in the matrilineal genetic structure of the central-east European population. Sci Rep. 2019; 9(1):6737
Jackowiak P, Lis A, Luczak M, Stolarek I, Figlerowicz M. Functional characterization of RNA fragments using high-throughput interactome screening. J Proteomics. 2019;193:173-183
Stolarek I, Juras A, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Zenczak M, Dębski A, Kóčka-Krenz H, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age. Sci Rep. 2018;8(1):2455
Jackowiak P, Hojka-Osinska A, Philips A, Zmienko A, Budzko L, Maillard P, Budkowska A, Figlerowicz M. Small RNA fragments derived from multiple RNA classes - the missing element of multi-omics characteristics of the hepatitis C virus cell culture model. BMC Genomics. 2017;18(1):502
Budzko L, Jackowiak P, Kamel K, Sarzynska J, Bujnicki JM, Figlerowicz M. Mutations in human AID differentially affect its ability to deaminate cytidine and 5-methylcytidine in ssDNA substrates in vitro. Sci Rep. 2017;7(1):3873
Philips A, Stolarek I, Kuczkowska B, Juras A, Handschuh L, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Comprehensive analysis of microorganisms accompanying human archaeological remains. Gigascience. 2017;6(7):1-13
Zmienko A, Samelak-Czajka A, Kozlowski P, Szymanska M, Figlerowicz M. Arabidopsis thaliana population analysis reveals high plasticity of the genomic region spanning MSH2, AT3G18530 and AT3G18535 genes and provides evidence for NAHR-driven recurrent CNV events occurring in this location. BMC Genomics. 2016;17(1):893
Kurzynska-Kokorniak A, Koralewska N, Pokornowska M, Urbanowicz A, Tworak A, Mickiewicz A, Figlerowicz M. The many faces of Dicer: the complexity of the mechanisms regulating Dicer gene expression and enzyme activities. Nucleic Acids Res. 2015;43(9):4365-80
Zmienko A, Samelak A, Kozlowski P, Figlerowicz M. Copy number polymorphism in plant genomes. Theor Appl Genet. 2014;127(1):1-18
Jackowiak P, Nowacka M, Strozycki PM, Figlerowicz M. RNA degradome – its biogenesis and functions. Nucleic Acids Res. 2011;39(17):7361-70

Cart

Your cart is empty! Return to shop