Z-d Biomolekularnego NMR

Zakład Biomolekularnego NMR

dr Witold Andrałojć

Kierownik Zakładu

wandralojc@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1286

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Badania Zakładu koncentrują się wokół zagadnień związanych ze strukturą, funkcją i dynamiką biomolekuł, w szczególności kwasów nukleinowych. W badaniach wykorzystujemy głównie metody biomolekularnej spektroskopii NMR, wspieranej przez inne techniki biofizyczne i biochemiczne, takie jak np. spektroskopia UV i CD czy metody elektroforetyczne. Obecnie, główne tematy naszej działalności badawczej stanowią:

Struktury przestrzenne funkcjonalnych cząsteczek DNA, takich jak DNAzymy i apamery.
Układy DNA i RNA tworzące struktury G-kwadrupleksów oraz hybrydy strukturalne typu dupleks-kwadrupleks.
Rozwój i zastosowanie metod paramagnetycznego NMR dla kwasów nukleinowych.
Wpływ modyfikowanych jednostek nukleotydowych na strukturę cząsteczek DNA i RNA.
Oddziaływania ligandów małocząsteczkowych z oligonukleotydami RNA i DNA.

Słowa kluczowe

spektroskopia NMR
struktura i dynamika kwasów nukleinowych
DNAzymy
aptamery DNA
G-kwadrupleksy
strukturalne hybrydy typu dupleks-kwadrupleks
ligandy wiążące cząsteczki kwasów nukleinowych
efekty paramagnetycznego NMR
modyfikowane oligonukleotydy
konformacja modyfikowanych nukleozydów

Projekty badawcze

Badania strukturalne DNAzymów 8-17 i I-R2 metodami NMR, SONATA 14, 2018/31/D/ST4/01467, 2019-2024, kierownik projektu: dr Witold Andrałojć
Badanie zależności pomiędzy sekwencją DNA a strukturą jako punkt wyjścia do projektowania G-kwadrupleksów o określonej topologii -- zintegrowane podejście łączące symulacje molekularne i metody eksperymentalne; OPUS 18; 2019/35/B/ST4/03559; 2020-2026; Lider - Politechnika Gdańska; Kierownik projektu w ICHB PAN: prof. dr hab. Zofia Gdaniec
Oligonukleotydy wiążące lantanowce (OWL) jako znaczniki paramagnetyczne w spektroskopii NMR kwasów nukleinowych, OPUS 19, 2020/37/B/ST4/03182, 2021-2026, kierownik projektu: dr Witold Andrałojć
Strategia przeciwnowotworowa bazująca na indukowaniu kwadrupleksów. Właściwości strukturalne i biologiczne kompleksów ligand-RNA/mRNA., SONATA 16, 2020/39/D/ST4/03177, 2021-2025, kierownik projektu: dr Dorota Gudanis-Sobocińska
Synteza i badania strukturalne/biofizyczne modelowych oligomerów mRNA/mt-tRNA w celu określenia roli modyfikowanych nukleozydów (m5C, hm5C, f5C, ca5C, m1G) w translacji i chorobach człowieka, OPUS22, 2021/43/B/ST4/01570, 2022-2026, Lider - Politechnika Łódzka, Kierownik projektu w ICHB PAN: dr Witold Andrałojć

Wybrane publikacje

DNAzymy i aptamery
J. Wieruszewska, A. Pawłowicz, E. Połomska, K. Pasternak, Z. Gdaniec, W. Andrałojć, The 8-17 DNAzyme can operate in a single active structure regardless of metal ion cofactor, Nat. Commun., 2024, 15, 4218

W. Andrałojć, J. Wieruszewska , K. Pasternak, Z. Gdaniec, Solution Structure of a Lanthanide-binding DNA Aptamer Determined Using High Quality pseudocontact shift restraints, Chem. Eur. J., 2022, e202202114
G-kwadrupleksy i hybrydy dupleks-kwadrupleks
W. Andrałojć, K. Pasternak, J. Sarzynska, K. Zielinska, R. Kierzek, Z. Gdaniec, The origin of the high stability of 3′-terminal uridine tetrads: contributions of hydrogen bonding, stacking interactions, and steric factors evaluated using modified oligonucleotide analogs, RNA 2020, 26, 2000-2016

D. Gudanis, K. Zielińska, D. Baranowski, R. Kierzek, P. Kozłowski, Z. Gdaniec, Impact of a Single Nucleotide Change or Non-Nucleoside Modifications in G-Rich Region on the Quadruplex-Duplex Hybrid Formation, Biomolecules. 2021, 11, 1236

D. Gudanis, D. Kaniowski, K. Kulik, D. Baranowski, Z. Gdaniec, B.Nawrot, Formation of an RNA Quadruplex-Duplex Hybrid in Living Cells between mRNA of the Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) and a G-Rich Antisense Oligoribonucleotide, Cells, 2020, 9, 2375

C. Roxo, K. Zielińska, A. Pasternak, Bispecific G-quadruplexes as inhibitors of cancer cells growth, Biochimie, 2023, 214, 91-100
Metody paramagnetycznego NMR
W. Andrałojć, J. Wieruszewska , K. Pasternak, Z. Gdaniec, Solution Structure of a Lanthanide-binding DNA Aptamer Determined Using High Quality pseudocontact shift restraints, Chem. Eur. J., 2022, e202202114
Modyfikowane jednostki nukleotydowe
I. Yildirim, W. Andrałojć, A. Taghavi, D. Baranowski, Z. Gdaniec, R Kierzek, E Kierzek, Experimental and computational investigations of RNA duplexes containing N7-regioisomers of adenosine and LNA-adenosine, Nucleic Acids Res., 2025, 53, gkae1222

D. Baranowski, J. Boryski, T. Ostrowski, 7-(β-d-Ribofuranosyl)-3-methylguanine: Synthesis from guanine and comparative multinuclear NMR studies, J. Mol. Struct.,2022, 1250 (3), 131911

D. Baranowski, A. Mieczkowski, D. Trzybiński, K. Woźniak, K. Bednarska-Szczepaniak, Z. Gdaniec, Z. J. Leśnikowski, Insights into molecular structure of adenosine-boron cluster conjugates and theirs phenyl isosters as adenosine receptor ligands: Nuclear magnetic resonance, crystallographic and computational studies, J. Mol. Struct., 2023, 1274 (1), 134588
Oddziaływania małych cząsteczek z DNA/RNA
T. Laskowski, W. Andrałojć, J. Grynda, P. Gwarda, J. Mazerski, Z. Gdaniec, A strong preference for the TA/TA dinucleotide step discovered for an acridine-based, potent antitumor dsDNA intercalator, C-1305: NMR-driven structural and sequence-specificity studies, Sci. Rep, 2020, 10, 11697
Inne
J. M. González-Delgado, P. M Thompson, W. Andrałojć, Z. Gdaniec, R. A. Ghiladi, S. Franzen, Comparison of the Backbone Dynamics of Dehaloperoxidase-Hemoglobin Isoenzymes, J. Phys. Chem. B, 2024, 128 (14), 3383-3397

IBCH logo

Zakład Biomolekularnego NMR

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Biomolekularnego NMR

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Najważniejsze rodzaje układów DNA i RNA badane w Zakładzie

Przekrój wykorzystywanych technik eksperymentalnych

Zespół Zakładu i Pracowni NMR

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address