Z-d Chemii i Biologii Strukturalnej Kwasów Nukleinowych

Zakład Chemii i Biologii Strukturalnej Kwasów Nukleinowych

prof. dr hab. Ryszard Kierzek

Kierownik Zakładu

rkierzek@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1143, 1113

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Allelospecyficzna degradacja patogennych RNA z wykorzystaniem modyfikowanych antysensowych oligonukleotydów tworzących niehelikalne motywy strukturalne z docelowym RNA w oparciu o badania in vitro i na liniach komórkowych.
Allelospecyficzna degradacja patogennych RNA oparta o tandemowe modyfikowane antysensowe oligonukleotydy w oparciu o badania in vitro i na liniach komórkowych.
Modulowanie procesami dojrzewania RNA i analiza tego procesu w oparciu o badania in vitro i na liniach komórkowych.
Badania trwałości termodynamicznej i struktur RNA utworzonych przez powtórzenia multinukleotydowe.
Badania struktury i funkcjonalności RNA w oparciu o konformacyjnie usztywnione kwasy nukleinowe.
Badanie zdolności cząsteczek RNA zbudowanych z powtórzeń trinukleotydowych CGG, AGG i UGG do tworzenia struktur kwadrupleksów.
Badania konformacyjne wybrzuszonych dupleksów RNA.
Uwarunkowania strukturalne powodujące podwyższenie trwałości termodynamicznej dupleksów 2′-OMeRNA/RNA zawierających jednostkę typu LNA.
Badanie fałdowania się RNA podczas transkrypcji.
Interakcje pomiędzy wirusem a komórką gospodarza
Poszukiwanie inhibitorów cyklu replikacyjnego wirusów
Badanie struktury i potencjalnych funkcji RNA bogatych w reszty G pochodzących z genomu wirusa grypy

Słowa kluczowe

struktura, dynamika i funkcja RNA,
dynamika strukturalna RNA,
modyfikowane oligonukleotydy,
termodynamika kwasów nukleinowych,
post-transkrypcyjne fałdowanie RNA,
antysensowe oligonukleotydy,
alternatywne dojrzewanie,
mikromacierze oligonukleotydowe,
mapowanie mikromacierzowe,
konformacyjnie usztywnione kwasy nukleinowe,
terapia celowana w RNA,
chemia i biologia molekularna RNA,
bioinformatyka strukturalna
kwadrupleksy RNA
transbłonowe proteazy serynowe typu II (TTSPs)
wnikanie wirusów

Projekty badawcze

Kotranskrypcyjne fałdowanie vRNA wirusa grypy w obecności antysensowych oligonukleotydów w zainfekowanych wirusem komórkach MDCK. Nowa metoda chemicznego mapowania struktury RNA w oparciu o metodę głębokiego sekwencjonowania. NCN – OPUS 13 (kierownik: profesor Ryszard Kierzek)
Parametry termodynamiczne i reguły fałdowania się RNA w warunkach komórkowych (in vivo-like). Przewidywanie fałdowania się RNA dla lepszego poznania ich struktury i funkcji w komórkach ssaczych. NCN – OPUS 17 (kierownik; profesor Ryszard Kierzek)
Molekularne podstawy aktywacji wirusów grypy przez transbłonowe proteazy serynowe typu II. NCN – Beethoven Life 1 (kierownik: doktor Paweł Zmora)
TMPRSS2 – potencjalny cel dla nowych leków oraz wyznacznik przebiegu COVID19. NCN – szybka ścieżka dostępu do funduszy na badania SARS-CoV-2 (kierownik: doktor Paweł Zmora)
Sekwencje bogate w reszty G w genomie wirusa grypy typu A - cechy strukturalne i potencjalna funkcja biologiczna w cyklu replikacyjnym wirusa. NCN – SONATA 15 (kierownik: doktor: doktor Marta Szabat)

Wybrane publikacje

J. Piasecka, E. Lenartowicz, M. Soszynska-Jozwiak, B. Szutkowska, R. Kierzek E. Kierzek. RNA Secondary structure motifs of the influenza A virus as targets for siRNA-mediated RNA interference. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 19, 627-642 (2020)
Ł. Pielok, M. Karczewski, W. Cierach, P. Zmora, E. Lenartowicz, J. Stefaniak. Portal hypertension as a result of the incomplete surgically treated advanced alveolar echinococcosis: a case description. BMC Gastroenterology, 20, 176 (2020)
W. Andralojc, M. Malgowska, J. Sarzynska, K. Pasternak, K. Szpotkowski, R. Kierzek, Z. Gdaniec. Unraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3' terminus. RNA, 25, 121-134 (2019)
P. Michalak, M. Soszyńska-Jozwiak, E. Biała, W.N. Moss, J. Kęsy, B. Szutkowska, E. Lenartowicz, R. Kierzek, E. Kierzek. Secondary structure of the segment 5 genomic RNA of influenza A virus and its application for designing antisense oligonucleotides. Scientific Reports, 9, 3801 (2019)
M. Gładysz, W. Andralojc, T. Czapik, Z. Gdaniec, R. Kierzek. Thermodynamic and structural contributions of the 6-thioguanosine residue to helical properties of RNA. Scientific Reports, 9, 4385 (2019)
J. Tan, L. Yang, A. L. Ong, J. Shi, Z. Zhong, M. L. Lye, S. Liu, J. Lisowiec-Wachnicka, R. Kierzek, X. Roca, G. Chen. A Disease-causing intronic point mutation C19G alters tau exon 10 splicing via RNA secondary structure rearrangement. Biochemistry, 58, 1565 (2019)
172/ N. Bartyś, R. Kierzek, J. Lisowiec-Wachnicka, The regulation properties of RNA secondary structure in alternative splicing. Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms, 1862, 194401 (2019)
Ł. Pielok, S. Nowak, M. Kłudkowska, K. Frąckowiak, Ł. Kuszel, P. Zmora, J. Stefaniak. Massive Cryptosporidium infections and chronic diarrhoea in HIV-negative patients. Parasitology Research, 118, 1937-1942 (2019)
S.P. Nowak, P. Zmora, L. Pielok, L. Kuszel, R. Kierzek, J. Stefaniak, M. Paul. Case of plasmodium knowlesi malaria in Poland linked to travel in Southeast Asia. Emerging Infectious Diseases, 25, 1772-1773 (2019)
R. Rudiger, S.Y. Kupke, T. Laske, P. Zmora, U. Reichl. Multiscale modeling of influenza A virus replication in cell cultures predicts infection dynamics for highly different infection conditions. Plos Computational Biology, 15, e1006819 (2019)
A.A.L. Ong, J. Tan, M. Bhadra, C. Dezanet, K. Patil, M.S. Chong, R. Kierzek, J.L. Decout, X. Roca, G. Chen. RNA Secondary structure-based design of antisense peptide nucleic acids for modulating disease-associated aberrant Tau pre-mRNA alternative splicing. Molecules, 24, 3020 (2019)
K.J. Messina, R. Kierzek, M.A. Tracey, P.C. Bevilacqua. Small molecule rescue and glycosidic conformational analysis of the twister ribozyme. Biochemistry, 58, 4857-4868 (2019)
I. Deb, L. Popenda, J. Sarzynska, M. Małgowska, A. Lahiri, Z. Gdaniec, R. Kierzek. Computational and NMR studies of RNA duplexes with an internal pseudouridine-adenosine base pair. Scientific Reports, 9, 16278 (2019)
A. Spasic, S.D. Kennedy, L. Needham, M. Manoharan, R. Kierzek, D.H. Turner, D. Mathews. Molecular dynamics correctly models the unusual major conformation of the GAGU RNA internal loop and with NMR reveals an unusual minor conformation. RNA, 24, 656-672 (2018)
W. Kotkowiak, J. Lisowiec-Wachnicka, J. Grynda, R. Kierzek, J. Wengel, A. Pasternak. Thermodynamic, anticoagulant, and antiproliferative properties of thrombin binding aptamer containing novel UNA derivative. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 10, 304-316 (2018)
M. Szabat, E. Kierzek, R. Kierzek. Modified RNA triplexes: Thermodynamics, structure and biological potential. Scientific Reports, 8, 13023 (2018)
M. Szabat, R. Kierzek. Parallel-stranded DNA and RNA duplexes – structural features and potential applications. The FEBS Journal, 284, 3986-3999 (2017)
D. Magner, E. Biała, J. Lisowiec-Wąchnicka, R. Kierzek. Influence of mismatched and bulged nucleotides on SNP preferential RNase H cleavage of RNA-antisense gapmer heteroduplex. Scientific Reports, 7, 12532 (2017)
M. Soszynska-Jozwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, J. Kęsy, E. Kierzek. Influenza virus segment 5 (+) RNA – secondary structure and new targets for antiviral strategies. Scientific Reports, 7, 15041 (2017)
A. Kiliszek, L. Błaszczyk, R. Kierzek, W. Rypniewski. Stabilization of RNA hairpins using non-nucleotide linkers and circularization. Nucleic Acid Research, 45, e92 (2017)
A. Ruszkowska, E. Lenartowicz, W.N. Moss, R. Kierzek, E. Kierzek. Secondary structure model of the naked segment 7 influenza A virus genomic RNA. Biochemical Journal, 473, 4327-4348 (2016)
E. Lenartowicz, A. Nogales, E. Kierzek, R. Kierzek, L. Martinez-Sobrido, D.H. Turner. Antisense oligonucleotides targeting influenza A segment 8 genomic RNA inhibit viral replication. Nucleic Acids Therapeutics, 26, 277-285 (2016)
D. Gudanis, L. Popenda, K. Szpotkowski, R. Kierzek, Z. Gdaniec. Structural characterization of a dimer of RNA duplexes composed of 8-bromoguanosine modified CGG trinucleotide repeats: a novel architecture of RNA quadruplexes. Nucleic Acids Research, 44, 2409-2416 (2016)
M. Szabat, D. Gudanis, W. Kotkowiak, Z. Gdaniec, R. Kierzek, A. Pasternak. Thermodynamic features of structural motifs formed by beta-L-RNA. PloS One, 11, e0149478 (2016)
W. Kotkowiak, A. Pasternak, R. Kierzek. Studies on transcriptional incorporation of 5′-N-Triphosphates of 5′-amino-5′-deoxyribonucleosides. PloS One, 11, e0148282 (2016)
E. Lenartowicz, J. Kęsy, A. Ruszkowska, M. Soszyńska-Jóźwiak, P. Michalak, W.N. Moss, D.H. Turner, R. Kierzek, E. Kierzek. Self-folding of naked segment 8 genomic RNA of influenza A virus. PloS One, 11, e0148281 (2016)
M. Szabat; T. Pędziński, T. Czapik, E. Kierzek, R. Kierzek, Structural aspects of the antiparallel and parallel duplexes formed by DNA, 2′-O-Methyl RNA and RNA Oligonucleotides. PloS One, 10, e0143354 (2015)
D. Magner, E. Biala, J. Lisowiec-Wąchnicka, E. Kierzek, R. Kierzek. A Tandem oligonucleotide approach for SNP-selective RNA degradation using modified antisense oligonucleotides. PloS One, 10, e0142139 (2015)
M. Soszyńska-Jóźwiak, P. Michalak, W.N. Moss, R. Kierzek, E. Kierzek. A conserved secondary structural element in the coding region of the influenza A virus nucleoprotein (NP) mRNA is important for the regulation of viral proliferation. PloS One, 10, e0141132 (2015)
J. Lisowiec, D. Magner, E. Kierzek, E. Lenartowicz, R. Kierzek. Structural determinants for alternative splicing regulation of the MAPT pre-mRNA. RNA Biology, 12, 330-342 (2015)
R. Kierzek, D.H. Turner, E. Kierzek. Microarrays for identifying binding sites and probing structure of RNAs. Nucleic Acids Research, 43, 1-12 (2015)

IBCH logo

Zakład Chemii i Biologii Strukturalnej Kwasów Nukleinowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład ​Chemii i Biologii Strukturalnej Kwasów Nukleinowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Fig. 1

Fig. 2

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Chemii i Biologii Strukturalnej Kwasów Nukleinowych