Z-d Struktury i Funkcji RNA

Zakład Struktury i Funkcji RNA

dr hab. Katarzyna Pachulska-Wieczorek, prof. ICHB PAN

Kierownik Zakładu

kasiapw@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1236

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Korelacja pomiędzy strukturą RNA a jego funkcją i stabilnością w komórce
Zmiany struktury RNA w trakcie jego życia w komórce
Struktura RNA wirusów i retrotransposzonów na różnych etapach replikacji oraz w kompartmentach komórki
Mechanizm pakowania genomowego RNA do cząstek wirusopodobnych (VLPs) oraz wirionów
Białka Gag i Gag pochodne, odziaływanie z RNA oraz funkcje
Narzędzia komputerowe do wizualizacji i analizy statystycznej danych z eksperymentów mapowania struktury 2D RNA (RNAthor)
Modelowanie struktury drugorzędowej RNA z wykorzystaniem danych eksperymentalnych (np. SHAPE, DMS)
Analiza porównawcza modeli strukturalnych RNA
Mechanizmy kontroli mobilności retrotranspozonów (współpraca D.J. Garfinkel, UGA USA)

Słowa kluczowe

Struktura RNA w komórce
Mapowanie struktury RNA
Oddziaływania RNA-białko
Bioinformatyka strukturalna
LTR-retrotranspozony (Ty1, Ty3),
Retrowirusy,
Drożdże,
Gag
Arc

Projekty badawcze

Analiza struktury RNA w komórce i jej kompartmentach w skali transkryptomowej oraz identyfikacja wpływu czynników komórkowych na strukturę RNA w S. cerevisiae, NCN – OPUS 20
Badanie struktury genomowego RNA Ty3 podczas retrotranspozycji w drożdżach, NCN – PRELUDIUM 20
Arc jako neuronalny Gag. Badanie wirusowych właściwości i funkcji głównego regulatora plastyczności synaptycznej., NCN – PRELUDIUM 18
Struktura RNA i jego oddziaływania z białkiem Gag warunkujące funkcje RNA Ty1 na różnych etapach replikacji retrotranspozonu, NCN – SONATA BIS 6
Yeast cell factory for mRNA bioproduction (YSCRIPT), Pathfinder EIC
Efektory mobilności retrotranspozonów. Zadanie: Wpływ faktorów restrykcyjnych na strukturę i dynamikę RNA Retrotranspozonów. PI D.J. Garfinkel, UGA USA, NIH

Wybrane publikacje

Andrzejewska-Romanowska A, Gumna J, Tykwińska E, Pachulska-Wieczorek K. Mapping the structural landscape of the yeast Ty3 retrotransposon RNA genome. Nucleic Acids Res. (2024)
Biesiada M, Hu MY, Williams LD, Purzycka KJ, Petrov AS. rRNA expansion segment 7 in eukaryotes: from Signature Fold to tentacles. Nucleic Acids Res. (2022)
Gumna J, Antczak M, Adamiak RW, Bujnicki JM, Chen SJ, Ding F, Ghosh P, Li J, Mukherjee S, Nithin C, Pachulska-Wieczorek K, Ponce-Salvatierra A, Popenda M, Sarzynska J, Wirecki T, Zhang D, Zhang S, Zok T, Westhof E, Miao Z, Szachniuk M, Rybarczyk A. Computational Pipeline for Reference-Free Comparative Analysis of RNA 3D Structures Applied to SARS-CoV-2 UTR Models. Int J Mol Sci. (2022)
Zawadzka M, Andrzejewska-Romanowska A, Gumna J, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. Cell compartment-specific folding of Ty1 long terminal repeat retrotransposon RNA genome. Viruses (2022)
Sobańska D, Komur AA, Chabowska-Kita A, Gumna J, Kumari P, Pachulska-Wieczorek K, Ciosk R. The silencing of ets-4 mRNA relies on the functional cooperation between REGE-1/Regnase-1 and RLE-1/Roquin-1. Nucleic Acids Res. (2022)
Gumna J, Andrzejewska-Romanowska A, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. RNA binding properties of the Ty1 LTR-retrotransposon Gag protein. Int J Mol Sci., 22(16):9103 (2021)
Andrzejewska A, Zawadzka M, Gumna J, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. In vivo structure of the Ty1 retrotransposon RNA genome. Nucleic Acids Res. (2021)
Gumna J, Zok T, Figurski K, Pachulska-Wieczorek K, Szachniuk M. RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis. PLoS One., 15(10):e0239287 (2020)
Andrzejewska A, Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. On the Way to Understanding the Interplay between the RNA Structure and Functions in Cells: A Genome-Wide Perspective. Int J Mol Sci., 21(18):6770 (2020)
Gumna J, Purzycka KJ, Ahn HW, Garfinkel DJ, Pachulska-Wieczorek K. Retroviral-like determinants and functions required for dimerization of Ty1 retrotransposon RNA. RNA Biol., 16(12):1749-1763 (2019)
Zawadzka M, Pachulska-Wieczorek K. Na dobre i na złe: rola endogennych retroelementów u człowieka [For good and for bad: the role of endogenous retroelements in humans]. Postepy Biochem., 65(3):217-223 (2019)
Kumari P, Aeschimann F, Gaidatzis D, Keusch JJ, Ghosh P, Neagu A, Pachulska-Wieczorek K, Bujnicki JM, Gut H, Großhans H, Ciosk R. Evolutionary plasticity of the NHL domain underlies distinct solutions to RNA recognition. Nat Commun., 9(1):1549 (2018)
Lepeta K, Purzycka KJ, Pachulska-Wieczorek K, Mitjans M, Begemann M, Vafadari B, Bijata K, Adamiak RW, Ehrenreich H, Dziembowska M, Kaczmarek LA normal genetic variation modulates synaptic MMP-9 protein levels and the severity of schizophrenia symptoms.EMBO Molecular Medicine, 9(8):1100-1116 (2017)
Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, R.T. Batey, A.J. Becka, M. Biesiada, M.J. Boniecki, J. Bujnicki, S.J. Chen, C.Y. Cheng, F.C. Chou, A.R. Ferré-D’Amaré, R. Das, W.K. Dawson, D. Feng, N.V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G.E. Łach, F. Major, T.H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D.J. Patel, J.A. Piccirilli, M. Popenda, K.J. Purzycka, A. Ren, G.M. Rice, J.J. Santalucia, J. Sarzynska, M. Szachniuk, M. Tandon, J.J. Trausch, S.Tian, J. Wang, K.M. Weeks, B. Williams, Y. Xiao, X. Xu, D. Zhang, T. Zok, E. WesthofRNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme.RNA, 23(5):655-672 (2017)
Błaszczyk L, Biesiada M, Saha A, Garfinkel DJ, Purzycka KJ.Structure of Ty1 Internally Initiated RNA Influences Restriction Factor Expression.Viruses, 9(4). pii: E74 (2017)
K. Pachulska-Wieczorek, S.F. Le Grice, K.J. Purzycka Determinants of Genomic RNA Encapsidation in the Saccharomyces cerevisiae Long Terminal Repeat Retrotransposons Ty1 and Ty3.Viruses, 8(7) (2016)

IBCH logo

Zakład Struktury i Funkcji RNA

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Struktury i Funkcji RNA

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

rys. 1

Rys. 2

Rys. 3

Rys. 4

Rys. 5

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address