Pracownia Modelowych Organizmów Bezkręgowych

dr hab. Agata Tyczewska, prof. ICHB PAN

Kierownik Pracowni

agatat@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1134

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Caenorhabditis elegans
C. elegans
Saccharomyces cerevisiae
S. cerevisiae
starzenie organizmów
regulacja ekspresji genów przez krótkie niekodujące RNA
krótkie niekodujące RNA pochodzące z tRNA (tRF) i snoRNA (sdRNA)
krótkie niekodujące RNA oddziałujące z rybosomami (rancRNA)

Oferta

przygotowanie i sterylizacja podłoży mikrobiologicznych od 1 l do 10 l, 50 programów pracy ze zdefiniowanymi parametrami: temperatura sterylizacji, czas sterylizacji, temperatura rozlewania podłoża
rozlewanie sterylnych podłoży mikrobiologicznych na płytki Petriego (średnica 35 mm, 60 mm, 90 mm), do 330 płytek/ godzinę
przygotowywanie mikroigieł
mikroiniekcje (możliwość wykorzystania do gonad C. elegans, jąder komórkowych lub cytoplazmy komórek adherentnych, pronukleusa zapłodnionych mysich oocytów, oocytów Xenopus laevis oraz embrionów rybich we wczesnych fazach rozwojowych)
analizy przeżyciowe C. elegans i S. cerevisiae (np. pod wpływem związków niskocząsteczkowych)
profilowanie ekspresji genów z wykorzystaniem PCR oraz PCR w czasie rzeczywistym
analiza ilościowa i jakościowa kwasów nukleinowych
detekcja krótkich niekodujących RNA występujących w małych ilościach

Wyposażenie

w pełni wyposażony pokój do hodowli mikroorganizmów z komorą laminarną BIO BAN 48
aparat do przygotowywania podłoży mikrobiologicznych Mediaclave 10 Integra
aparat do automatycznego wypełniania płytek Petriego w warunkach sterylnych z karuzelami do płytek Ø 35 mm, 60 mm, 90 mm MediaJet Vario Integra
inkubatory o dużej pojemności
urządzenie do wytwarzania mikroigieł o średnicy 1µm - 10 µm ze szkła borowo-krzemowego PC-100 firmy Narishige
mikroskop fluorescencyjny z odwróconym kontrastem Axio Vert.A1 firmy Zeiss, wykorzystujący wszystkie standardowe techniki kontrastu: jasne pole, kontrast fazowy, PlasDIC, ulepszony kontrast modulacji Hoffmana (iHMC) i kontrast fluorescencji oraz światło LED delikatne dla żywych próbek
zintegrowany z mikroskopem fluorescencyjnym zestaw do mikroiniekcji firmy Eppendorf: mikromanipulator InjectMan 4 z dynamiczną kontrolą ruchu oraz programowalny mikroiniektor FemtoJet 4i ze zintegrowanym zasilaniem ciśnieniowym
fluorescencyjny stereomikroskop Nicon SMZ25 z kamerą FHD (HDMI16MDPXII) – DeltaPix do obserwacji przyżyciowych
mikroskopy stereoskopowe Leica i binokulary Nikon
stacja do uzdatniania wody Miliq oraz ddH2O HydroLab
system dokumentacji żeli, chemiluminescencji Azure Biosystems
autoklawy stołowe Classic Prestige Medical
homogenizator do średnio- i wysokowydajnego rozdrabniania w niskiej temperaturze Tissue Lyser Eppendorf z adapterami 24 x 2ml oraz 2 x 10 ml
wirówki Eppendorf 5804R i 5424
fluorymetr Qubit 4 firmy Invitrogen
spektrofotometr Nanodrop One
termocyklery ProFlex i BioRad
aparat do przygotowania liniowych gradientów sukrozowych i glicerolowych
transiluminatory BluPAD i GeneDire
pHmetry
aparaty do transferu białek i kwasów nukleinowych TransBlot Turbo oraz Mini Blot Module
czytnik płytek Victor Nivo (tryby detekcji: Abs, Lum, FI, FP, TRF, oraz Alpha, dyspenser i kontroler gazów, czasowo rozdzielcza fluorescencja)

Projekty badawcze

Badania przesiewowe leków o niskiej masie cząsteczkowej przy użyciu Caenorhabditis elegans
Identyfikacja i charakterystyka krótkich niekodujących RNA pochodzących z tRNA (tRF) w trakcie starzenia w Caenorhabditis elegans
Krótkie RNA pochodzące z tRNA (tRF) jako reagujące na stres cząsteczki regulatorowe u soi
Zmiany w składzie białek rybosomalnych i w oddziałujących z rybosomami krótkich niekodujących RNA w Saccharomyces cerevisiae w odpowiedzi na stres środowiskowy
Zmiany morfologiczne w Saccharomyces cerevisiae w odpowiedzi na stres środowiskowy

Wybrane publikacje

Pietras PJ, Wasilewska-Burczyk A, Pepłowska K, Marczak Ł, Tyczewska A, Grzywacz K (2024) Dynamic protein composition of Saccharomyces cerevisiae ribosomes in response to multiple stress conditions reflects alterations in translation activity. Int J Biol Macromol 268(Pt 2): 132004 DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2024.132004
Tyczewska A, Rzepczak A, Sobańska D, Grzywacz (2023) The emerging roles of tRNAs and tRNA-derived fragments during aging: Lessons from studies on model organisms. Ageing Research Reviews 85: 101863 https://doi.org/10.1016/j.arr.2023.101863
Aygün I, Rzepczak A, Miki TS (2023) A germline-targeted genetic screen for xrn-2 suppressors identifies a novel gene C34C12.2 in Caenorhabditis elegans. Genet Mol Biol 46(2): e20220328 https://doi.org/10.1590/1678-4685-GMB-2022-0328
Tyczewska A, Twardowski T, Woźniak-Gientka E (2023) Agricultural biotechnology for sustainable food security. Trends in Biotechnology 41(3): 331-334 https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2022.12.013
Tyczewska A, Grzywacz K (2022) tRNA-derived fragments as new players in regulatory processes in yeast. Yeast 40(8): 283-289 https://doi.org/10.1002/yea.3829
Machtel P, Wasilewska-Burczyk A, Zacharjasz J, Grzywacz K (2022) PTT-quant: a new method for direct identification and absolute quantification of premature transcription termination events, following the example of bacterial riboswitches. Appl Microbiol Biotechnol 106(4): 1557-1570 DOI: 10.1007/s00253-022-11809-1
Sobanska D, Komur AA, Chabowska-Kita A, Gumna J, Kumari P, Pachulska-Wieczorek K, Ciosk R (2022) The silencing of ets-4 mRNA relies on the functional cooperation between REGE-1/Regnase-1 and RLE-1/Roquin-1. Nucleic Acids Research 50: 8226-8239 https://doi.org/10.1093/nar/gkac609
Pekec T, Lewandowski J, Komur AA, Sobanska D, Guo Y, Switonska-Kurkowska K, Malecki JM, Dubey AA, Pokrzywa W, Frankowski M, Figiel M, Ciosk R (2022) Ferritin-mediated iron detoxification promotes hypothermia survival in Caenorhabditis elegans and murine neurons. Nature Communications 13: 4883 https://doi.org/10.1038/s41467-022-32500-z
Woźniak-Gientka E, Tyczewska A, Perisic M, Beniermann A, Eriksson D, Vangheluwe N, Gheysen G, Cetiner S, Abiri N, Twardowski T (2022) Public perception of plant gene technologies worldwide in the light of food security. GM Crops & Food 13(1): 218-241 https://doi.org/10.1080/21645698.2022.2111946
Woźniak E, Tyczewska A, Twardowski T (2021) Bioeconomy development factors in the European Union and Poland. New Biotechnology 60: 2-8 DOI: 10.1016/j.nbt.2020.07.004
Woźniak E, Tyczewska A, Twardowski T (2021) A shift towards biotechnology: Social opinion in the EU. Trends Biotechnol 39(3): 214–218 DOI: 10.1016/j.tibtech.2020.08.001
Tyczewska A, Woźniak E, Gracz J, Kuczyński J, Twardowski T (2018) Towards Food Security: Current State and Future Prospects of Agrobiotechnology. Trends Biotechnol 36(12): 1219-1229 DOI: 10.1016/j.tibtech.2018.07.008

IBCH logo

Pracownia Modelowych Organizmów Bezkręgowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Pracownia Modelowych Organizmów ​Bezkręgowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Sample Title

Sample Title

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Pracownia Modelowych Organizmów Bezkręgowych