Miło nam poinformować, że artykuł zatytułowany „Naphthyridine carbamate dimer ligand induces formation of Z-RNA-like fold of disease-related RNA and exhibits a molecular glue characteristics in crystal lattice formation”, którego autorami są Martyna Mateja-Pluta, Leszek Błaszczyk, Magdalena Bejger, Kazuhiko Nakatani i Agnieszka Kiliszek został opublikowany w czasopiśmie Nucleic Acids Research.

Praca ta stanowi kontynuację badań grupy dr hab. Agnieszki Kiliszek, skupiających się na charakterystyce strukturalnej oddziaływań patogennych RNA z niskocząsteczkowymi ligandami. Autorzy określili strukturę krystalograficzną kompleksu RNA zawierającego motyw UGGAA związany z ataksją móżdżkowo-rdzeniową typu 31 (SCA31) z ligandem NCD (Naphthyridine Carbamate Dimer), a także strukturę samego RNA.

Szczegółowa analiza strukturalna kompleksu RNA-NCD wykazała, że ligand tworzy bezpośrednie, niekanoniczne oddziaływania z RNA. Porównanie RNA w postaci związanej z ligandem i wolnej wykazało, że wiązanie NCD indukuje duże i globalne zmiany struktury RNA, które przechodzi z formy typu A-RNA do formy przypominającej Z-RNA. Obserwacja ta jest unikalna i dostarcza bezcennych informacji na temat właściwości strukturalnych RNA oraz odziaływań RNA-ligand. Ponadto, NCD pełni funkcję kleju molekularnego i może być brany pod uwagę, jako czynnik ułatwiający tworzenie sieci krystalicznej, co przekłada się na poprawę jakości kryształów.

Nasza wiedza na temat natury odziaływań między cząsteczkami RNA a niskocząsteczkowymi ligandami jest ograniczona, a liczba struktur tego typu kompleksów jest nadal niewielka w porównaniu z białkami. Dane eksperymentalne dotyczące struktury kompleksów RNA-ligand mogą istotnie ułatwić selekcję związków z bibliotek używanych do wysokoprzepustowych badaniach przesiewowych, optymalizacji małych cząsteczek oraz poprawy bioinformatycznych narzędzi do przewidywania struktury.

Link do artykułu: https://academic.oup.com/nar/article/53/17/gkaf924/8256624