W najnowszym numerze czasopisma „Nucleic Acids Research” ukazał się artykuł zatytułowany „FRET-guided selection of RNA 3D structures” autorstwa Mirko Webera, Felixa Erichsona, Macieja Antczaka, Vanessy Schumann, Josephine Meitzner, Tomasza Zoka, Fabio D. Steffena, Marty Szachniuk i Richarda Börnera.

Praca koncentruje się na komputerowym przewidywaniu trójwymiarowej organizacji cząsteczek RNA. Jest to problem znany ze swojej trudności, ponieważ RNA są z natury dynamiczne i często występują w szerokim zakresie stanów konformacyjnych, a nie w jednej statycznej strukturze. Aby przezwyciężyć ograniczenia tradycyjnego modelowania w jednym stanie, naukowcy opracowali zintegrowany proces łączący przewidywania obliczeniowe z eksperymentalnymi danymi FRET pojedynczej cząsteczki (smFRET). W badaniu wykorzystano popularne narzędzia prognostyczne, w tym RNAComposer (opracowany w naszym Instytucie), FARFAR2 i AlphaFold3, w celu wygenerowania ogromnych zbiorów potencjalnych konformacji.

Dzięki zastosowaniu narzędzia FRETraj do symulacji rozkładów FRET i ich ważeniu względem wyników eksperymentalnych zespół był w stanie wybrać zbiory struktur, które wiernie odzwierciedlają zachowanie RNA w roztworze. Podejście to stanowi zmianę paradygmatu w biologii strukturalnej RNA, odchodząc od poszukiwania jednego „najlepszego” modelu w kierunku identyfikacji zbiorów struktur, które oddają rzeczywistą elastyczność motywów, takich jak tetraloop GAAA.

Link do publikacji: https://doi.org/10.1093/nar/gkag147

Gratulujemy międzynarodowemu zespołowi tego przełomowego osiągnięcia!