Z-d Bioinformatyki Strukturalnej

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej

prof. dr hab. inż. Marta Szachniuk

Kierownik Zakładu

mszachniuk@cs.put.poznan.pl
tel. 61 6653030

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Badanie struktur molekularnych oraz oddziaływań makrocząsteczkowych, ze szczególnym uwzględnieniem RNA i odziaływań RNA-białko.
Definiowanie nowych zagadnień bioinformatycznych związanych z biologią strukturalną kwasów nukleinowych.
Projektowanie oraz wykonywanie eksperymentów in silico wspomaganych opcjonalnie danymi biologicznymi i chemicznymi.
Rozwój platformy RNApolis (http://rnapolis.pl/); wirtualnego laboratorium bioinformatyki RNA.
Rozwój systemów obliczeniowych dla współczesnych problemów biologii RNA, m.in.: RNA FRABASE, RNAComposer, RNApdbee, RNAvista, RNAfitme, RNaspider.
Modelowanie II- i III-rzędowej struktury RNA.
Analiza struktury makromolekuł w przestrzeni kątowej.
Anotowanie i klasyfikacja pseudowęzłów.
Rozwój systemów obliczeniowych do identyfikowania, analizy i modelowania kwadrupleksów (w ramach zestawu narzędzi bioinformatycznych SpaceTetrado).

Słowa kluczowe

modele i algorytmy dla biologii strukturalnej,
bazy danych strukturalnych,
aplikacje internetowe do analizy struktur 2D i 3D kwasów nukleinowych,
analiza parametrów struktur makrocząsteczek,
komputerowe przewidywanie struktur RNA,
porównywanie i ocena podobieństwa modeli 3D,
automatyczna identyfikacja i analiza pseudowęzłów,
algorytmy do klasyfikacji i adnotowania kwadrupleksów

Projekty badawcze

2020/39/O/ST6/01488 Przewidywanie struktur 3D RNA z wykorzystaniem generatywnych sieci przestawnych. NCN - Preludium Bis 2 (MS).
2019/35/B/ST6/03074 Eksploracja cech i modelowanie struktury kwadrupleksów. NCN - OPUS 18 (MS)
2016/23/B/ST6/03931 RNApolis - metody i algorytmy do modelowania i analizy struktury RNA. NCN - OPUS 12 (MS)

Wybrane publikacje

B. Adamczyk, M. Zurkowski, M. Szachniuk, T. Zok, WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures, Nucleic Acids Research 51(W1), 2023, W607-W612 (doi:10.1093/nar/gkad346).
M. Zurkowski, M. Antczak, M. Szachniuk, High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment, Bioinformatics 39(5), 2023, btad315 (doi:10.1093/bioinformatics/btad315).
M. Justyna, M. Antczak, M. Szachniuk, Machine learning for RNA 2D structure prediction benchmarked on experimental data, Briefings in Bioinformatics 24(3), 2023, bbad153 (doi:110.1093/bib/bbad153).
J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak, RNAloops: a database of RNA multiloops, Bioinformatics 38(17), 2022, 4200-4205 (doi:10.1093/bioinformatics/btac484).
T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk, ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures, Nucleic Acids Research 50(D1), 2022, D253-D258 (doi:10.1093/nar/gkab1118).
F. Carrascoza, M. Antczak, Z. Miao, E. Westhof, M. Szachniuk, Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions, RNA 28(2), 2022, 250-262 (doi:10.1261/rna.078685.121).
K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak, RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures, Nucleic Acids Research 50(W1), 2022, W663-W669 (doi:10.1093/nar/gkac218).
B. Adamczyk, M. Antczak, M. Szachniuk, RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures, Bioinformatics 38(14), 2022, 3668-3670 (doi:10.1093/bioinformatics/btac386).
A. Belter, M. Popenda, M. Sajek, T. Wozniak, M.Z. Naskret-Barciszewska, M. Szachniuk, S. Jurga, J. Barciszewski, A new molecular mechanism of RNA circularization and the microRNA sponge formation, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 40(7), 2022, 3038-3045 (doi:10.1080/07391102.2020.1844802).
M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk, Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models, Nucleic Acids Research 49(17), 2021, 9625-9632 (doi:10.1093/nar/gkab716).
J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk, How bioinformatics resources work with G4 RNAs, Briefings in Bioinformatics 22(3), 2021, bbaa201 (doi:10.1093/bib/bbaa201
T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski, In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients, Applied Sciences 10(20), 2020, 7275 (doi:10.3390/app10207275).
J. Gumna, T. Zok, K. Figurski, K. Pachulska-Wieczorek, M. Szachniuk, RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis, PLOS ONE 15(10), 2020, e0239287 (doi:10.1371/journal.pone.0239287).
M. Magnus, M. Antczak, T. Zok, J. Wiedemann, P. Lukasiak, Y. Cao, J.M. Bujnicki, E. Westhof, M. Szachniuk, Z. Miao, RNA-Puzzles toolkit: A computational resource of RNA 3D structure benchmark datasets, structure manipulation, and evaluation tools, Nucleic Acids Research 48(2), 2020, 576-588 (doi: 10.1093/nar/gkz1108)
M. Popenda, J. Miskiewicz, J. Sarzynska, T. Zok, M. Szachniuk, Topology-based classification of tetrads and quadruplex structures, Bioinformatics 36(4), 2020, 1129-1134 (doi:10.1093/bioinformatics/btz738)
T. Zok, M. Popenda, M. Szachniuk, ElTetrado: a tool for identification and classification of tetrads and quadruplexes, BMC Bioinformatics 21, 2020, 40 (doi:10.1186/s12859-020-3385-1)
Z. Miao, R.W. Adamiak, M. Antczak, M.J. Boniecki, J.M. Bujnicki, S-J. Chen, C.Y. Cheng, Y. Cheng, F-C. Chou, R. Das, N.V. Dokholyan, F. Ding, C. Geniesse, Y. Jiang, A. Joshi, A. Krokhotin, M. Magnus, O. Mailhot, F. Major, T.M. Mann, P. Piatkowski, R. Pluta, M. Popenda, J. Sarzynska, L. Sun, M. Szachniuk, S. Tian, J. Wang, A.M. Watkins, J. Wiedemann, X. Xu, J.D. Yesselman, D. Zhang, Z. Zhang, C. Zhao, P. Zhao, Y. Zhou, T. Zok, A. Zyla, A. Ren, R.T. Batey, B.L. Golden, L. Huang, D.M. Lilley, Y. Liu, D.J. Patel, E. Westhof, RNA-Puzzles Round IV: 3D structure predictions of four ribozymes and two aptamers, RNA 26, 2020, 982-995 (doi:10.1261/rna.075341.120)
M. Szachniuk, RNApolis: computational platform for RNA structure analysis, Foundations of Computing and Decision Sciences 44(2), 2019, 241-257 (doi:10.2478/fcds-2019-0012).
M. Antczak, M. Zablocki, T. Zok, A. Rybarczyk, J. Blazewicz, M. Szachniuk, RNAvista: a webserver to assess RNA secondary structures withnon-canonical base pairs, Bioinformatics 35(1), 2019, 152-155 (doi:10.1093/bioinformatics/bty609).
T. Zok, M. Antczak, M. Zurkowski, M. Popenda, J. Blazewicz, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation, Nucleic Acids Research 46(W1), 2018, W30-W35 (doi:10.1093/nar/gky314).
M. Antczak, T. Zok, M. Osowiecki, M. Popenda, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, RNAfitme: a webserver for modeling nucleobase and nucleoside residue conformation in fixed-backbone RNA structures, BMC Bioinformatics 19(1),2018, 304 (doi:10.1186/s12859-018-2317-9).
J. Miskiewicz, M. Szachniuk, Discovering structural motifs in miRNAprecursors from Viridiplantae kingdom, Molecules 23(6), 2018, 1367 (doi:10.3390/molecules23061367).
M. Antczak, M. Popenda, T. Zok, M. Zurkowski, R.W. Adamiak, M. Szachniuk, New algorithms to represent complex pseudoknotted RNA structures indot-bracket notation, Bioinformatics 34(8), 2018, 1304-1312 (doi:10.1093/bioinformatics/btx783).

IBCH logo

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej

Pracownicy techniczni

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład ​​Bioinformatyki Strukturalnej

Pracownicy techniczni

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

zbs_rysunek_5

zbs_rysunek_3

zbs_rysunek_2

zbs_rysunek_1

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej