Z-d Bioinformatyki Strukturalnej

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej

prof. dr hab. inż. Marta Szachniuk

Kierownik Zakładu

mszachniuk@cs.put.poznan.pl
tel. 61 6653030

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Badanie struktur molekularnych oraz oddziaływań makrocząsteczkowych, ze szczególnym uwzględnieniem RNA i odziaływań RNA-białko.
Definiowanie nowych zagadnień bioinformatycznych związanych z biologią strukturalną kwasów nukleinowych.
Projektowanie oraz wykonywanie eksperymentów in silico wspomaganych opcjonalnie danymi biologicznymi i chemicznymi.
Rozwój platformy RNApolis (http://rnapolis.pl/); wirtualnego laboratorium bioinformatyki RNA.
Rozwój systemów obliczeniowych dla współczesnych problemów biologii RNA, m.in.: RNA FRABASE, RNAComposer, RNApdbee, RNAvista, RNAfitme, RNaspider.
Modelowanie II- i III-rzędowej struktury RNA.
Analiza struktury makromolekuł w przestrzeni kątowej.
Anotowanie i klasyfikacja pseudowęzłów.
Rozwój systemów obliczeniowych do identyfikowania, analizy i modelowania kwadrupleksów (w ramach zestawu narzędzi bioinformatycznych SpaceTetrado).

Słowa kluczowe

modele i algorytmy dla biologii strukturalnej,
bazy danych strukturalnych,
aplikacje internetowe do analizy struktur 2D i 3D kwasów nukleinowych,
analiza parametrów struktur makrocząsteczek,
komputerowe przewidywanie struktur RNA,
porównywanie i ocena podobieństwa modeli 3D,
automatyczna identyfikacja i analiza pseudowęzłów,
algorytmy do klasyfikacji i adnotowania kwadrupleksów

Projekty badawcze

2024/53/B/ST6/02789 Modelowanie struktury RNA ukierunkowane na motywy funkcjonalne. NCN - OPUS 27 (MS)
2020/39/O/ST6/01488 Przewidywanie struktur 3D RNA z wykorzystaniem generatywnych sieci przestawnych. NCN - Preludium Bis 2 (MS)
2019/35/B/ST6/03074 Eksploracja cech i modelowanie struktury kwadrupleksów. NCN - OPUS 18 (MS)
2016/23/B/ST6/03931 RNApolis - metody i algorytmy do modelowania i analizy struktury RNA. NCN - OPUS 12 (MS)

Wybrane publikacje

M. Weber, F. Erichson, M. Antczak, V. Schumann, J. Meitzner, T. Zok, F.D. Steffen, M. Szachniuk, R. Borner, FRET-guided selection of RNA 3D structures, Nucleic Acids Research 54(5), 2026, gkag147 (doi:10.1093/nar/gkag147).
F. Bu, Y. Adam, R.W. Adamiak, M. Antczak, B.R.H. de Aquino, N.G. Badepally, R.T. Batey, E.F. Baulin, P. Boinski, M. J. Boniecki, J.M. Bujnicki, K.A. Carpenter, J. Chacon, S.J. Chen, W. Chiu, P. Cordero, N. K. Das, R. Das, W.K. Dawson, F. DiMaio, F. Ding, A.C. Dock-Bregeon, N. V. Dokholyan, R.O. Dror, S. Dunin-Horkawicz, S. Eismann, E. Ennifar, R. Esmaeeli, M.A. Farsani, A.R. Ferre-D'Amare, C. Geniesse, G.E. Ghanim, H. V. Guzman, I.V. Hood, L. Huang, D.S. Jain, F. Jaryani, L. Jin, A. Joshi, M. Karelina, J.S. Kieft, W. Kladwang, S. Kmiecik, D. Koirala, M. Kollmann, R.C. Kretsch, M. Kurcinski, J. Li, S. Li, M. Magnus, B. Masquida, S. N. Moafinejad, A. Mondal, S. Mukherjee, T.H.D. Nguyen, G. Nikolaev, C. Nithin, G. Nye, I.P.N. Pandaranadar Jeyeram, A. Perez, P. Pham, J.A. Piccirilli, S.P. Pilla, R. Pluta, S. Poblete, A. Ponce-Salvatierra, M. Popenda, L. Popenda, F. Pucci, R. Rangan, A. Ray, A. Ren, J. Sarzynska, C. M. Sha, F. Stefaniak, Z. Su, K.C. Suddala, M. Szachniuk, R. Townshend, R.J. Trachman III, J. Wang, W. Wang, A. Watkins, T.K. Wirecki, Y. Xiao, P. Xiong, Y. Xiong, J. Yang, J.D. Yesselman, J. Zhang, Y. Zhang, Z. Zhang, Y. Zhou, T. Zok, D. Zhang, S. Zhang, A. Zyla, E. Westhof, Z. Miao, RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures, Nature Methods 22, 2025, 399-411 (doi:10.1038/s41592-024-02543-9).
M. Justyna, C.L. Zirbel, M. Antczak, M. Szachniuk, Graph Neural Network and Diffusion Model for modeling RNA interatomic interactions, Bioinformatics 41(9), 2025, btaf515 (doi:10.1093/bioinformatics/btaf515).
J. Pielesiak, M. Antczak, M. Szachniuk, T. Zok, RNAtive to recognize native-like structure in a set of RNA 3D models, Bioinformatics 41(11), 2025, btaf601 (doi:10.1093/bioinformatics/btaf601).
B.A. Gren, M. Antczak, T. Zok, J.I. Sulkowska, M. Szachniuk, Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures, PLoS Computational Biology 20(6), 2024, e1011959 (doi:10.1371/journal.pcbi.1011959).
M. Mackowiak, B. Adamczyk, M. Szachniuk, T. Zok, RNAtango: analysing and comparing RNA 3D structures via torsional angles, PLoS Computational Biology 20(10), 2024, e1012500 (doi:10.1371/journal.pcbi.1012500).
B. Schneider, B. Sweeney, A. Bateman, J. Cerny, T. Zok, M. Szachniuk, When will RNA get its AlphaFold moment?, Nucleic Acids Research 51(18), 2023, 9522-9532 (doi:10.1093/nar/gkad726).
B. Adamczyk, M. Zurkowski, M. Szachniuk, T. Zok, WebTetrado: a webserver to explore quadruplexes in nucleic acid 3D structures, Nucleic Acids Research 51(W1), 2023, W607-W612 (doi:10.1093/nar/gkad346).
M. Zurkowski, M. Antczak, M. Szachniuk, High-quality, customizable heuristics for RNA 3D structure alignment, Bioinformatics 39(5), 2023, btad315 (doi:10.1093/bioinformatics/btad315).
M. Justyna, M. Antczak, M. Szachniuk, Machine learning for RNA 2D structure prediction benchmarked on experimental data, Briefings in Bioinformatics 24(3), 2023, bbad153 (doi:110.1093/bib/bbad153).
J. Wiedemann, J. Kaczor, M. Milostan, T. Zok, J. Blazewicz, M. Szachniuk, M. Antczak, RNAloops: a database of RNA multiloops, Bioinformatics 38(17), 2022, 4200-4205 (doi:10.1093/bioinformatics/btac484).
T. Zok, N. Kraszewska, J. Miskiewicz, P. Pielacinska, M. Zurkowski, M. Szachniuk, ONQUADRO: a database of experimentally determined quadruplex structures, Nucleic Acids Research 50(D1), 2022, D253-D258 (doi:10.1093/nar/gkab1118).
F. Carrascoza, M. Antczak, Z. Miao, E. Westhof, M. Szachniuk, Evaluation of the stereochemical quality of predicted RNA 3D models in the RNA-Puzzles submissions, RNA 28(2), 2022, 250-262 (doi:10.1261/rna.078685.121).
K. Luwanski, V. Hlushchenko, M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, D. Martsich, M. Szachniuk, M. Antczak, RNAspider: a webserver to analyze entanglements in RNA 3D structures, Nucleic Acids Research 50(W1), 2022, W663-W669 (doi:10.1093/nar/gkac218).
B. Adamczyk, M. Antczak, M. Szachniuk, RNAsolo: a repository of cleaned PDB-derived RNA 3D structures, Bioinformatics 38(14), 2022, 3668-3670 (doi:10.1093/bioinformatics/btac386).
A. Belter, M. Popenda, M. Sajek, T. Wozniak, M.Z. Naskret-Barciszewska, M. Szachniuk, S. Jurga, J. Barciszewski, A new molecular mechanism of RNA circularization and the microRNA sponge formation, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 40(7), 2022, 3038-3045 (doi:10.1080/07391102.2020.1844802).
M. Popenda, T. Zok, J. Sarzynska, A. Korpeta, R.W. Adamiak, M. Antczak, M. Szachniuk, Entanglements of structure elements revealed in RNA 3D models, Nucleic Acids Research 49(17), 2021, 9625-9632 (doi:10.1093/nar/gkab716).
J. Miskiewicz, J. Sarzynska, M. Szachniuk, How bioinformatics resources work with G4 RNAs, Briefings in Bioinformatics 22(3), 2021, bbaa201 (doi:10.1093/bib/bbaa201
T.P. Lehmann, J. Miskiewicz, N. Szostak, M. Szachniuk, S. Grodecka-Gazdecka, P.P. Jagodzinski, In vitro and in silico analysis of miR-125a with rs12976445 polymorphism in breast cancer patients, Applied Sciences 10(20), 2020, 7275 (doi:10.3390/app10207275).
J. Gumna, T. Zok, K. Figurski, K. Pachulska-Wieczorek, M. Szachniuk, RNAthor - fast, accurate normalization, visualization and statistical analysis of RNA probing data resolved by capillary electrophoresis, PLOS ONE 15(10), 2020, e0239287 (doi:10.1371/journal.pone.0239287).

IBCH logo

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej

Pracownicy techniczni

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład ​​Bioinformatyki Strukturalnej

Pracownicy techniczni

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

zbs_rysunek_5

zbs_rysunek_3

zbs_rysunek_2

zbs_rysunek_1

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Bioinformatyki Strukturalnej