Pracownia Analiz Pojedynczych Komórek

dr hab. Paulina Jackowiak, prof. ICHB PAN

Kierownik Pracowni

paulinaj@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1640
mail pracowni: labsinglecell@ibch.poznan.pl

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek
multi-omika
cytometria przepływowa
sortowanie komórek
wysokoprzepustowe obrazowanie

Oferta

Prowadzimy prace eksperymentalne oraz obliczeniowe ukierunkowane na wszechstronną charakterystykę różnorodnego materiału biologicznego z rozdzielczością pojedynczej komórki.

Infrastruktura Pracowni jest częścią platformy do wielowymiarowego obrazowania procesów biologicznych, utworzonej w ramach projektu NEBI - Krajowy Ośrodek Badań Obrazowych w Naukach Biologicznych i Biomedycznych. Pracownia wchodzi w skład jednego z centrów konsorcjum LifeTime (https://lifetime-initiative.eu), którego współzałożycielem jest Instytut Chemii Bioorganicznej PAN.

Oferujemy profilowanie ekspresji genów i dostępności chromatyny, a także sortowanie komórek oraz zaawansowane analizy z wykorzystaniem klasycznej i obrazowej cytometrii przepływowej. Udostępniamy aparaturę do ilościowej i jakościowej analizy kwasów nukleinowych.

Zapraszamy do współpracy w projektach obejmujących m.in. badania heterogennych lub rzadkich populacji komórek, wykrywanie pęcherzyków zewnątrzkomórkowych, czy wizualizację procesów i oddziaływań wewnątrzkomórkowych.

Informator

Informator DLA ICHB PAN - kliknij tutaj

Wyposażenie

wyposażenie pdf - pobierz

system do enkapsulacji pojedynczych komórek Chromium Controller firmy 10x Genomics
system do enkapsulacji pojedynczych komórek Chromium X firmy 10x Genomics
system do enkapsulacji pojedynczych komórek Drop-Seq firmy Fluigent
aparat do obrazowej cytometrii przepływowej Amnis ImageStreamX Mk II firmy Cytek Biosciences (wyposażony w lasery 405, 488, 561 i 642 nm)
sorter komórek FACSAria Fusion firmy Becton Dickinson (wyposażony w lasery 405, 488, 561 i 640 nm; z możliwością sortowania do probówek, na płytki wielodołkowe i szkiełka mikroskopowe)
cytometr przepływowy Guava easyCyte 12HT firmy Cytek Biosciences (wyposażony w lasery 405, 488 i 642 nm)
analizator komórek Guava Muse firmy Cytek Biosciences
system do ilościowego PCR w kroplach QX200 firmy BioRad
aparat do ilościowego PCR CFX96 firmy BioRad
aparat do frakcjonowania DNA BluePippin firmy Sage Science
analizator kwasów nukleinowych TapeStation 4150 firmy Agilent
komora laminarna firmy BioTectum
inkubator z kontrolą atmosfery CO2 CB 170 firmy Binder
dysocjator tkanek gentleMACS Octo firmy Miltenyi Biotec
homogenizator Minilys firmy Bertin Instruments
siekacz tkanek McIlwain
automatyczny licznik komórek EVE firmy NanoEnTek
automatyczny licznik komórek Countess 3 FL firmy Invitrogen
fluorymetr Qubit 4 firmy Invitrogen
termocykler T-100 firmy BioRad
termocykler VeritiPro firmy Applied Biosystems
automatyczna stacja pipetująca epMotion 5073t firmy Eppendorf
komputery dużej mocy obliczeniowej
dostęp do klastra obliczeniowego

Projekty badawcze

INTERCEPT – Technologia ukierunkowanej analizy pojedynczych komórek na potrzeby diagnostyki nowotworów – wstęp do rozwoju komórkowej medycyny interceptywnej (UoF/02-WIB-3/2023-004). Projekt finansowany w ramach programu Wirtualny Instytut Badawczy ze środków Funduszu Polskiej Nauki.
Kompleksowa analiza transkryptomu Schmidtea mediterranea - identyfikacja niekodujących RNA zaangażowanych w rozwój linii komórkowych podczas regeneracji (2019/35/B/NZ2/02658). NCN OPUS 18

Wybrane publikacje

Bartelt, L. C.; Fakhri, M.; Adamek, G.; Trybus, M.; Samelak-Czajka, A.; Jackowiak, P.; Fiszer, A.; Lowe, C. B.; La Spada, A. R.; Switonski, P. M. Antibody-assisted selective isolation of Purkinje cell nuclei from mouse cerebellar tissue. Cell Rep Methods, 2024, 4 (7): 100816.
Baliga-Gil, A.; Soszynska-Jozwiak, M.; Ruszkowska, A.; Szczesniak, I.; Kierzek, R.; Ciechanowska, M.; Trybus, M.; Jackowiak, P.; Peterson, J. M.; Moss, W. N.; Kierzek, E. Targeting sgRNA N secondary structure as a way of inhibiting SARS-CoV-2 replication. Antiviral Res, 2024, 228: 105946.
Mieloch, A.; Mleczko, A.; Samelak-Czajka, A.; Jackowiak, P.; Rybka, J. Biomimetic virus-like particles with magnetic core. From bioactivity to an immunodiagnostic tool. Chemical Engineering Journal, 2024, 485: 149714.
Szostak, N.; Handschuh, L.; Samelak-Czajka, A.; Tomela, K.; Pietrzak, B.; Schmidt, M.; Galus, Ł.; Mackiewicz, J.; Mackiewicz, A.; Kozlowski, P.; Philips, A. Gut mycobiota dysbiosis is associated with melanoma and response to anti-PD-1 therapy. Cancer Immunol Res, 2024, OF1–OF13.
Zimmer, K.; Chmielewska, A.M.; Jackowiak, P.; Figlerowicz, M.; Bienkowska-Szewczyk, K. Alterations in N-glycosylation of HCV E2 protein in children patients with IFN-RBV therapy failure. Pathogens, 2024, 13(3), 256.
Budzko, L.; Hoffa-Sobiech, K.; Jackowiak, P.; Figlerowicz, M. Engineered deaminases as a key component of DNA and RNA editing tools. Mol Ther Nucleic Acids, 2023, 34: 102062.
Kulak, K.; Wojciechowska, N.; Samelak-Czajka, A.; Jackowiak, P.; Bagniewska-Zadworna, A. How to explore what is hidden? A review of techniques for vascular tissue expression profile analysis. Plant Methods, 2023, 19 (1): 129.
Samelak-Czajka, A.; Wojciechowski, P.; Marszalek-Zenczak, M.; Figlerowicz, M.; Zmienko, A. Differences in the intraspecies copy number variation of Arabidopsis thaliana conserved and nonconserved miRNA genes. Funct Integr Genomics, 2023, 23 (2): 120.
Szostak, N.; Handschuh, L.; Samelak-Czajka, A.; Tomela, K.; Schmidt, M.; Pruss, L.; Milanowska-Zabel, K.; Kozlowski, P.; Philips, A. Host Factors Associated with Gut Mycobiome Structure. mSystems, 2023: e0098622.
Marszalek-Zenczak, M.; Satyr, A.; Wojciechowski, P.; Zenczak, M.; Sobieszczanska, P.; Brzezinski, K.; Iefimenko, T.; Figlerowicz, M.; Zmienko, A. Analysis of Arabidopsis non-reference accessions reveals high diversity of metabolic gene clusters and discovers new candidate cluster members. Front Plant Sci, 2023, 14: 1104303.
Stolarek, I.; Samelak-Czajka, A.; Figlerowicz, M.; Jackowiak, P. Dimensionality reduction by UMAP for visualizing and aiding in classification of imaging flow cytometry data. iScience, 2022, 25 (10): 105142.
Szostak, N.; Szymanek, A.; Havranek, J.; Tomela, K.; Rakoczy, M.; Samelak-Czajka, A.; Schmidt, M.; Figlerowicz, M.; Majta, J.; Milanowska-Zabel, K.; Handschuh, L.; Philips, A. The standardisation of the approach to metagenomic human gut analysis: from sample collection to microbiome profiling. Sci Rep, 2022, 12 (1): 8470.
Strybel, U.; Marczak, L.; Zeman, M.; Polanski, K.; Mielanczyk, L.; Klymenko, O.; Samelak-Czajka, A.; Jackowiak, P.; Smolarz, M.; Chekan, M.; Zembala-Nozynska, E.; Widlak, P.; Pietrowska, M.; Wojakowska, A. Molecular Composition of Serum Exosomes Could Discriminate Rectal Cancer Patients with Different Responses to Neoadjuvant Radiotherapy. Cancers (Basel), 2022, 14 (4).
Butkiewicz, D.; Krzesniak, M.; Gdowicz-Klosok, A.; Giglok, M.; Marszalek-Zenczak, M.; Suwinski, R. Polymorphisms in EGFR Gene Predict Clinical Outcome in Unresectable Non-Small Cell Lung Cancer Treated with Radiotherapy and Platinum-Based Chemoradiotherapy. Int J Mol Sci, 2021, 22 (11): 5605.
Rajewsky, N.; Almouzni, G.; Gorski, S. A.; Aerts, S.; Amit, I.; Bertero, M. G.; Bock, C.; Bredenoord, A. L.; Cavalli, G.; Chiocca, S.; Clevers, H.; De Strooper, B.; Eggert, A.; Ellenberg, J.; Fernandez, X. M.; Figlerowicz, M.; Gasser, S. M.; Hubner, N.; Kjems, J.; Knoblich, J. A.; Krabbe, G.; Lichter, P.; Linnarsson, S.; Marine, J. C.; Marioni, J. C.; Marti-Renom, M. A.; Netea, M. G.; Nickel, D.; Nollmann, M.; Novak, H. R.; Parkinson, H.; Piccolo, S.; Pinheiro, I.; Pombo, A.; Popp, C.; Reik, W.; Roman-Roman, S.; Rosenstiel, P.; Schultze, J. L.; Stegle, O.; Tanay, A.; Testa, G.; Thanos, D.; Theis, F. J.; Torres-Padilla, M. E.; Valencia, A.; Vallot, C.; van Oudenaarden, A.; Vidal, M.; Voet, T.; LifeTime Community Working Groups (inc. Jackowiak, P., Koralewska, N.). LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine. Nature, 2020, 587 (7834): 377-386.
Zmienko, A.; Marszalek-Zenczak, M.; Wojciechowski, P.; Samelak-Czajka, A.; Luczak, M.; Kozlowski, P.; Karlowski, W. M.; Figlerowicz, M. AthCNV: A Map of DNA Copy Number Variations in the Arabidopsis Genome. Plant Cell, 2020, 32 (6): 1797-1819.
Jackowiak, P.; Lis, A.; Luczak, M.; Stolarek, I.; Figlerowicz, M. Functional characterization of RNA fragments using high-throughput interactome screening. J Proteomics, 2019, 193: 173-183.

IBCH logo