Pracownia Genomiki

dr hab. Luiza Handschuh, prof. ICHB PAN

Kierownik Pracowni

luizahan@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1249, 1106

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

genomika,
transkryptomika
onkogenomika
archeogenomika
bioinformatyka
sekwencjonowanie nowej generacji (NGS)
identyfikacja mutacji
identyfikacja mutacji,
białaczki i inne nowotwory układu krwiotwórczego

Oferta

Pracownia Genomiki dysponuje zaawansowaną infrastrukturą badawczą do wysokoprzepustowego sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji. Cztery sekwenatory Illuminy: NovaSeq X Plus, NovaSeq 6000, NextSeq 550 i MiSeq pozwalają na sekwencjonowanie krótkich odczytów (150, 250, 300 pz), a sekwenator Sequel IIe (Pac-Bio) umożliwia generowanie długich odczytów HiFi (długość do 25 000 pz, precyzja >99.9%). Obie platformy można wykorzystywać do sekwencjonowania pełnych genomów, metylomów, eksomów i transkryptomów. Pracownia oferuje wsparcie w zakresie projektowania eksperymentu, izolacji DNA i RNA, oceny jakościowej materiału, przygotowania bibliotek, sekwencjonowania i analizy wyników, a także wyceny kosztów na potrzeby projektu.

Dodatkowo Pracownia posiada dostęp do danych z sekwencjonowania ~10.000 pełnych genomów ludzkich uzyskanych w ramach dwóch dużych projektów realizowanych w ICHB PAN:

Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki (POIR 04.02.00-30-A004/16-02) realizowanego w latach 2016-2023 (Genomiczna Mapa Polski (GMP), sekwencje ~5700 genomów mieszkańców Polski)
ECBiG- Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – MOSAIC (POIR 04.02.00-00-D017/20) realizowanego w latach 2021-2023 (sekwencje ~4300 genomów pacjentów kardiologicznych i onkologicznych)

Wyposażenie

Wysokoprzepustowy sekwenator NovaSeq X Plus (Illumina)
Wysokoprzepustowy sekwenator NovaSeq 6000 (Illumina)
Sekwenator NextSeq 550 (Illumina)
Sekwenator MiSeq (Illumina)
Sekwenator trzeciej generacji do odczytów długich fragmentów DNA technologią SMRT (single-molecule real-time) Sequel IIe (Pacific Biosciences)
Automatyczna stacja pipetująca do izolacji DNA/RNA – Biomek i5 (Beckman Coulter)
Automatyczna stacja pipetująca do przygotowywania bibliotek do sekwencjonowania – Biomek i5 (Beckman Coulter)
Aparat do ilościowego PCR w kroplach QX200 Droplet Digital PCR System (Bio-Rad)
Aparat do ilościowego PCR Rotor-Gene Q (Qiagen)
Bioanalyzer 2100 (Agilent)
Sonikator Bioruptor NextGen (Diagenode)
Spektrofotometr Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific)
Fluorymetr Qubit 4(Invitrogen)
Termocyklery T100 (Bio-Rad)

Projekty badawcze

Pracownia Genomiki uczestniczy w realizacji licznych projektów Instytutu oraz innych jednostek, z którymi współpracuje. Najważniejsze z obecnie realizowanych w Pracowni projektów to:

Genome of Europe (GoE) – projekt finansowany przez Unię Europejską w ramach Horyzontu Europa oraz programu DIGITAL-2023-CLOUD-AI-04, realizowany przez konsorcjum 49 jednostek z 27 krajów Europy, lider: Erasmus Medical Center, okres realizacji: 2024-2028
Opracowanie uniwersalnej platformy szybkiego reagowania opartej na technologii RNA, zapewniającej lekowe i epidemiologiczne bezpieczeństwo kraju – projekt finansowany przez Agencję Badań Medycznych w ramach konkursu na rozwój innowacyjnych rozwiązań terapeutycznych z wykorzystaniem technologii RNA, lider: Polpharma, okres realizacji: 2021-2027
INTERCEPT – Technologia ukierunkowanej analizy pojedynczych komórek na potrzeby diagnostyki nowotworów – wstęp do rozwoju komórkowej medycyny interceptywnej (UoF/02-WIB-3/2023-004) - projekt finansowany w ramach programu Wirtualny Instytut Badawczy ze środków Funduszu Polskiej Nauki, okres realizacji: 2024-2028
ECBiG – Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – MOSAIC 3D (FENG.02.04-IP.04-0012/24) - projekt współfinansowany w ramach Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021-2027 (FENG), Działanie 2.4 Badawcza Infrastruktura Nowoczesnej Gospodarki, okres realizacji: 2025-2028
U zarania państwowości środkowoeuropejskich na przykładzie Czech i Polski. Dynastie – elity – społeczeństwa (koniec IX – XI wiek) - projekt NCN OPUS 26 LAP, okres realizacji: 2024-2027
Algorytm do personalizacji leczenia raka jajnika na podstawie przestrzennego modelu transkryptomicznego tkanki guza o rozdzielczości jednokomórkowej (FENG.02.02-IP.05-0361/23) - projekt FIRST TEAM FNP, okres realizacji: 2024-2028

Wybrane publikacje

Przybysz S, Łojko-Dankowska A, Rakoczy M, Marcinkowska-Swojak M, Zeńczak M, Gwóźdź-Bąk K, Handschuh L, Lewandowski K. Genetic background of Richter transformation of atypical chronic lymphocytic leukemia to diffuse large B-cell lymphoma - a case study. Journal of Applied Genetics. 2025, doi: 10.1007/s13353-025-00999-9.
Hirschfeld AS, Misiorek JO, Dabrowska M, Muszynski J, Gerhart BJ, Zenczak M, Rakoczy M, Rolle K, Switonski PM, Napierala JS, Handschuh L, Napierala M, Badura-Stronka M. Spinocerebellar ataxia 27B (SCA27B)-a systematic review and a case report of a Polish family. Journal of Applied Genetics, 2025, doi: 10.1007/s13353-025-00967-3.
Srinivasan A, Magner D, Kozłowski P, Philips A, Kajdasz A, Wojciechowski P, Wojciechowska M. Global dysregulation of circular RNAs in frontal cortex and whole blood from DM1 and DM2. Human Genetics, 2025, 144, 417-432. doi: 10.1007/s00439-025-02729-x.
Rakoczy M, Podkowinski J, Figlerowicz M. Overexpression of UGPase and SPP genes in Nicotiana tabacum leaves causes accelerated plant development and increased biomass. BioTechnologia, 2025, 106, 31-48. doi: 10.5114/bta/201460.
Od Sangera do sekwencjonowania genomów – przegląd technologii sekwencjonowania DNA [From Sanger to genome sequencing - an overview of DNA sequencing technologies]. Marcinkowska-Swojak M, Rakoczy M, Podkowiński J, Handschuh J, Wojciechowski P, Handschuh L. Postępy Biochemii, 2024, 70, 173-189. doi: 10.18388/pb.2021_534.
B. Mirska, M. Zenczak, K. Nowis, I. Stolarek, J. Podkowiński, M. Rakoczy, M. Marcinkowska-Swojak, N. Koralewska, P. Zmora, E. Lenartowicz-Onyekaa, M. Osuch, K. Łasińska, J. Kuczma-Napierała, M. Jaworska, Ł. Madej, M. Ciechomska, A. Jamsheer, K. Kurowski, M. Figlerowicz, L. Handschuh. The landscape of the COVID-19 pandemic in Poland emerging from epidemiological and genomic data, Scientific Reports, 2024, 14, 14416. doi: 10.1038/s41598-024-65468-5.
Szóstak N, Handschuh L, Samelak-Czajka A, Tomela K, Pietrzak B, Schmidt M, Galus Ł, Mackiewicz J, Mackiewicz A, Kozlowski P, Philips A. Gut Mycobiota Dysbiosis Is Associated with Melanoma and Response to Anti-PD-1 Therapy. Cancer Immunology Research, 2024, 12, 427-439. doi: 10.1158/2326-6066.CIR-23-0592.
Stolarek I, Zenczak M, Handschuh L, Juras A, Marcinkowska-Swojak M, Spinek A, Dębski A, Matla M, Kóčka-Krenz H, Piontek J; Polish Archaeogenomics Consortium Team; Figlerowicz M. Genetic history of East-Central Europe in the first millennium CE. Genome Biology, 2023, 24:173. doi: 10.1186/s13059-023-03013-9.
Szóstak N, Handschuh L, Samelak-Czajka A, Tomela K, Schmidt M, Pruss Ł, Milanowska-Zabel K, Kozlowski P, Philips A. Host Factors Associated with Gut Mycobiome Structure. mSystems, 2023, 8:e0098622. doi: 10.1128/msystems.00986-22.
Szóstak N, Szymanek A, Havránek J, Tomela K, Rakoczy M, Samelak-Czajka A, Schmidt M, Figlerowicz M, Majta J, Milanowska-Zabel K, Handschuh L, Philips A. The standardisation of the approach to metagenomic human gut analysis: from sample collection to microbiome profiling. Scientific Reports, 2022, 12:8470. doi: 10.1038/s41598-022-12037-3.
Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Lewandowski K. Transcript-Level Dysregulation of BCL2 Family Genes in Acute Myeloblastic Leukemia. Cancers. 2021, 13:3175. doi: 10.3390/cancers13133175.
Handschuh L, Not Only Mutations Matter: Molecular Picture of Acute Myeloid Leukemia Emerging from Transcriptome Studies. Journal of Oncology, 2019, 7239206. doi: 10.1155/2019/7239206.
Stolarek I, Handschuh L, Juras A, Nowaczewska W, Kóčka-Krenz H, Michalowski A, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Goth migration induced changes in the matrilineal genetic structure of the central-east European population. Scientific Reports. 2019, 9:6737, doi: 10.1038/s41598-019-43183-w.
Stolarek I, Juras A, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Zenczak M, Dębski A, Kóčka-Krenz H, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age. Scientific Reports. 2018, 8:2455, doi: 10.1038/s41598-018-20705-6.
Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Marcinkowska-Swojak M, Luczak M, Lewandowski K, Komarnicki M, Blazewicz J, Figlerowicz M, Kozlowski P. NPM1 alternative transcripts are upregulated in acute myeloid and lymphoblastic leukemia and their expression level affects patient outcome. Journal of Translational Medicine, 2018, 16:232. doi: 10.1186/s12967-018-1608-2.
Handschuh L, Kaźmierczak M, Milewski MC, Góralski M, Łuczak M, Wojtaszewska M, Uszczyńska-Ratajczak B, Lewandowski K, Komarnicki M, Figlerowicz M. Gene expression profiling of acute myeloid leukemia samples from adult patients with AML-M1 and -M2 through boutique microarrays, real-time PCR and droplet digital PCR. International Journal of Oncology, 2018, 52, 656-678. doi: 10.3892/ijo.2017.4233.

IBCH logo