logo ICHB PAN
IBCH logo

IBCH logo

Pracownia Genomiki

prof. dr hab. Eliza Wyszko

dr hab. Luiza Handschuh, prof. ICHB PAN

Kierownik Pracowni

luizahan@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1249, 1106

Działalność badawcza

Słowa kluczowe
  • genomika,
  • transkryptomika
  • onkogenomika
  • archeogenomika
  • bioinformatyka
  • sekwencjonowanie nowej generacji (NGS)
  • identyfikacja mutacji
  • identyfikacja mutacji,
  • białaczki i inne nowotwory układu krwiotwórczego

Oferta

Pracownia Genomiki dysponuje zaawansowaną infrastrukturą badawczą do wysokoprzepustowego sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji. Cztery sekwenatory Illuminy: NovaSeq X Plus, NovaSeq 6000, NextSeq 550 i MiSeq pozwalają na sekwencjonowanie krótkich odczytów (150, 250, 300 pz), a sekwenator Sequel IIe (Pac-Bio) umożliwia generowanie długich odczytów HiFi (długość do 25 000 pz, precyzja >99.9%). Obie platformy można wykorzystywać do sekwencjonowania pełnych genomów, metylomów, eksomów i transkryptomów. Pracownia oferuje wsparcie w zakresie projektowania eksperymentu, izolacji DNA i RNA, oceny jakościowej materiału, przygotowania bibliotek, sekwencjonowania i analizy wyników, a także wyceny kosztów na potrzeby projektu.

Dodatkowo Pracownia posiada dostęp do danych z sekwencjonowania ~10.000 pełnych genomów ludzkich uzyskanych w ramach dwóch dużych projektów realizowanych w ICHB PAN:

  • Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki (POIR 04.02.00-30-A004/16-02) realizowanego w latach 2016-2023 (Genomiczna Mapa Polski (GMP), sekwencje ~5700 genomów mieszkańców Polski)
  • ECBiG- Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki – MOSAIC (POIR 04.02.00-00-D017/20) realizowanego w latach 2021-2023 (sekwencje ~4300 genomów pacjentów kardiologicznych i onkologicznych)

Wybrane publikacje

  • Zenczak M, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Stolarek I, Golubiński M, Juras A, Trzciński D, Chyleński M, Dębski A, Losik A, Jasiński T, Wrzesińska A, Matla M, Kóčka-Krenz H, Legocki AB, Dobosz J, Figlerowicz M. Genetic genealogy of the Piast dynasty and related European royal families. Nature Communications, 2026, 17:3224. doi: 10.1038/s41467-026-71457-1.
  • Pewinska-Kolodziejczak M, Kotowska-Zimmer A, Przybyl L, Wronka D, Karlik A, Smuszkiewicz M, Balcerek J, Suszynska-Zajczyk J, Piaszyk-Borychowska A, Urbanek-Trzeciak M, Sablok G, Kozlowska E, Podkowinski J, Fiszer A, Kozlowski P, Handschuh L, Olejniczak M. CAG-targeting artificial miRNA with reduced off-target risk for efficient lowering of pathogenic polyglutamine proteins. NAR Molecular Medicine, 2026, 3, ugag023. doi: 10.1093/narmme/ugag023. 

  • Broniarek I, Kwiatkowski DJ, Rajan N, Seyama K, Drzewiecki M, Stolarek I, Handschuh L, Figlerowicz M, Kozlowski P, Klonowska K. Genotype-based prevalence of Birt-Hogg-Dubé syndrome in the healthcare and genomic registry populations - breaking the 'rare disease' status? NPJ Genomic Medicine, 2026, 11:17. doi: 10.1038/s41525-026-00563-2. 

  • Płotka A, Marcinkowska-Swojak M, Rakoczy M, Zeńczak M, Litowczenko W, Koralewska N, Kanduła Z, Gil L, Handschuh L, Lewandowski K. Genomic characterization of resistant and relapsed adult B-cell acute lymphoblastic leukemia. Journal of Applied Genetics, 2026 Mar 26. doi: 10.1007/s13353-026-01057-8.

  • Przybysz S, Łojko-Dankowska A, Rakoczy M, Marcinkowska-Swojak M, Zeńczak M, Gwóźdź-Bąk K, Handschuh L, Lewandowski K. Genetic background of Richter transformation of atypical chronic lymphocytic leukemia to diffuse large B-cell lymphoma - a case study. Journal of Applied Genetics, 2025, Aug 9. doi: 10.1007/s13353-025-00999-9. 

  • Hirschfeld AS, Misiorek JO, Dabrowska M, Muszynski J, Gerhart BJ, Zenczak M, Rakoczy M, Rolle K, Switonski PM, Napierala JS, Handschuh L, Napierala M, Badura-Stronka M. Spinocerebellar ataxia 27B (SCA27B)-a systematic review and a case report of a Polish family. Journal of Applied Genetics, 2025, doi: 10.1007/s13353-025-00967-3.

  • Rakoczy M, Podkowinski J, Figlerowicz M. Overexpression of UGPase and SPP genes in Nicotiana tabacum leaves causes accelerated plant development and increased biomass. BioTechnologia, 2025, 106, 31-48. doi: 10.5114/bta/201460.

  • Marcinkowska-Swojak M, Rakoczy M, Podkowiński J, Handschuh J, Wojciechowski P, Handschuh L. From Sanger to genome sequencing - an overview of DNA sequencing technologies (article in Polish). Postępy Biochemii, 2024, 70, 173-189. doi: 10.18388/pb.2021_534.

  • B. Mirska, M. Zenczak, K. Nowis, I. Stolarek, J. Podkowiński, M. Rakoczy, M. Marcinkowska-Swojak, N. Koralewska, P. Zmora, E. Lenartowicz-Onyekaa, M. Osuch, K. Łasińska, J. Kuczma-Napierała, M. Jaworska, Ł. Madej, M. Ciechomska, A. Jamsheer, K. Kurowski, M. Figlerowicz, L. Handschuh. The landscape of the COVID-19 pandemic in Poland emerging from epidemiological and genomic data, Scientific Reports, 2024, 14, 14416. doi: 10.1038/s41598-024-65468-5.

  • Stolarek I, Zenczak M, Handschuh L, Juras A, Marcinkowska-Swojak M, Spinek A, Dębski A, Matla M, Kóčka-Krenz H, Piontek J; Polish Archaeogenomics Consortium Team; Figlerowicz M. Genetic history of East-Central Europe in the first millennium CE. Genome Biology, 2023, 24:173. doi: 10.1186/s13059-023-03013-9.

  • Szóstak N, Szymanek A, Havránek J, Tomela K, Rakoczy M, Samelak-Czajka A, Schmidt M, Figlerowicz M, Majta J, Milanowska-Zabel K, Handschuh L, Philips A. The standardisation of the approach to metagenomic human gut analysis: from sample collection to microbiome profiling. Scientific Reports, 2022, 12:8470. doi: 10.1038/s41598-022-12037-3.

  • Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Lewandowski K. Transcript-Level Dysregulation of BCL2 Family Genes in Acute Myeloblastic Leukemia. Cancers. 2021, 13:3175. doi: 10.3390/cancers13133175.

  • Handschuh L, Not Only Mutations Matter: Molecular Picture of Acute Myeloid Leukemia Emerging from Transcriptome Studies. Journal of Oncology, 2019, 7239206. doi: 10.1155/2019/7239206.

  • Stolarek I, Handschuh L, Juras A, Nowaczewska W, Kóčka-Krenz H, Michalowski A, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Goth migration induced changes in the matrilineal genetic structure of the central-east European population. Scientific Reports. 2019, 9:6737, doi: 10.1038/s41598-019-43183-w.

  • Stolarek I, Juras A, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Zenczak M, Dębski A, Kóčka-Krenz H, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age. Scientific Reports. 2018, 8:2455, doi: 10.1038/s41598-018-20705-6.

  • Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Marcinkowska-Swojak M, Luczak M, Lewandowski K, Komarnicki M, Blazewicz J, Figlerowicz M, Kozlowski P. NPM1 alternative transcripts are upregulated in acute myeloid and lymphoblastic leukemia and their expression level affects patient outcome. Journal of Translational Medicine, 2018, 16:232. doi: 10.1186/s12967-018-1608-2.

  • Handschuh L, Kaźmierczak M, Milewski MC, Góralski M, Łuczak M, Wojtaszewska M, Uszczyńska-Ratajczak B, Lewandowski K, Komarnicki M, Figlerowicz M. Gene expression profiling of acute myeloid leukemia samples from adult patients with AML-M1 and -M2 through boutique microarrays, real-time PCR and droplet digital PCR. International Journal of Oncology, 2018, 52, 656-678. doi: 10.3892/ijo.2017.4233.
Przejdź do treści