Pracownia Genomiki dysponuje zaawansowaną infrastrukturą badawczą, służącą przede wszystkim do wysokoprzepustowego sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji. Dwa sekwenatory Illuminy, NextSeq 550 i NovaSeq 6000, pozwalają na sekwencjonowanie krótkich odczytów (150-250 pz), a jedyny jak dotąd w Polsce sekwenator Sequel IIe (Pac-Bio) umożliwia generowanie długich odczytów HiFi (długość do 25 000 pz, precyzja >99.9%). Obie platformy można wykorzystywać do sekwencjonowania pełnych genomów, eksomów i transkryptomów. Pracownia oferuje wsparcie w zakresie projektowania eksperymentu, izolacji DNA i RNA, oceny jakościowej materiału, przygotowania bibliotek, sekwencjonowania i analizy wyników, a także wyceny kosztów na potrzeby projektu. W celu weryfikacji wyników NGS udostępniamy aparaturę do PCR w czasie rzeczywistym, w tym do emulsyjnego PCR (droplet digital PCR, ddPCR).

• Stolarek I, Zenczak M, Handschuh L, Juras A, Marcinkowska-Swojak M, Spinek A, Dębski A, Matla M, Kóčka-Krenz H, Piontek J; Polish Archaeogenomics Consortium Team; Figlerowicz M. Genetic history of East-Central Europe in the first millennium CE. Genome Biology, 2023, 24:173.
  
  
• Szóstak N, Handschuh L, Samelak-Czajka A, Tomela K, Schmidt M, Pruss Ł, Milanowska-Zabel K, Kozlowski P, Philips A. Host Factors Associated with Gut Mycobiome Structure. mSystems. 2023, 8:e0098622.
  
  
• Lewandowski K, Kanduła Z, Gniot M, Paczkowska E, Nawrocka PM, Wojtaszewska M, Janowski M, Mariak M, Handschuh L, Kozlowski P.  Essential thrombocythaemia progression to the fibrotic phase is associated with a decrease in JAK2 and PDL1 levels. Annals of Hematology, 2022, 101:2665-2677.
  
  
• Galka-Marciniak P, Kanduła Z, Tire A, Wegorek W, Gwozdz-Bak K, Handschuh L, Giefing M, Lewandowski K, Kozlowski P.  Mutations in the miR-142 gene are not common in myeloproliferative neoplasms. Scientific Reports, 2022, 12:10924. 
  
  
• Szóstak N, Szymanek A, Havránek J, Tomela K, Rakoczy M, Samelak-Czajka A, Schmidt M, Figlerowicz M, Majta J, Milanowska-Zabel K, Handschuh L, Philips A. The standardisation of the approach to metagenomic human gut analysis: from sample collection to microbiome profiling. Sci Rep. 2022, 12:8470.
  
  
• Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Lewandowski K. Transcript-Level Dysregulation of BCL2 Family Genes in Acute Myeloblastic Leukemia. Cancers. 2021, 13:3175
  
  
• Philips A, Stolarek I, Handschuh L, Nowis K, Juras A, Trzciński D, Nowaczewska W, Wrzesińska A, Potempa J, Figlerowicz M. Analysis of oral microbiome from fossil human remains revealed the significant differences in virulence factors of modern and ancient Tannerella forsythia. BMC Genomics. 2020, 21:402
  
  
• Philips A, Nowis K, Stelmaszczuk M, Jackowiak P, Podkowiński J, Handschuh L, Figlerowicz M. Expression Landscape of circRNAs in Arabidopsis thaliana Seedlings and Adult Tissues. Frontiers in Plant Science. 2020, 11:576581
  
  
• Philips A, Nowis K, Stelmaszczuk M, Podkowiński J, Handschuh L, Jackowiak P, Figlerowicz M. Arabidopsis thaliana cbp80, c2h2, and flk Knockout Mutants Accumulate Increased Amounts of Circular RNAs. Cells. 2020, 9:1937
  
  
• Szenajch J, Szabelska-Beręsewicz A, Świercz A, Zyprych-Walczak J, Siatkowski I, Góralski M, Synowiec A, Handschuh L. Transcriptome Remodeling in Gradual Development of Inverse Resistance between Paclitaxel and Cisplatin in Ovarian Cancer Cells. International Journal of Molecular Sciences. 2020, 21:9218
  
  
• Handschuh L, Not Only Mutations Matter: Molecular Picture of Acute Myeloid Leukemia Emerging from Transcriptome Studies. Journal of Oncology, 2019, 7239206.
  
  
• Stolarek I, Handschuh L, Juras A, Nowaczewska W, Kóčka-Krenz H, Michalowski A, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. Goth migration induced changes in the matrilineal genetic structure of the central-east European population. Scientific Reports. 2019, 9:6737
  
  
• Stolarek I, Juras A, Handschuh L, Marcinkowska-Swojak M, Philips A, Zenczak M, Dębski A, Kóčka-Krenz H, Piontek J, Kozlowski P, Figlerowicz M. A mosaic genetic structure of the human population living in the South Baltic region during the Iron Age. Scientific Reports. 2018, 8:2455
  
  
• Rakoczy M, Femiak I, Alejska M, Figlerowicz M, Podkowinski J. Sorghum CCoAOMT and CCoAOMT-like gene evolution, structure, expression and the role of conserved amino acids in protein activity. Molecular Genetics and Genomics. 2018, 293:1077-1089
  
  
• Handschuh L, Wojciechowski P, Kazmierczak M, Marcinkowska-Swojak M, Luczak M, Lewandowski K, Komarnicki M, Blazewicz J, Figlerowicz M, Kozlowski P. NPM1 alternative transcripts are upregulated in acute myeloid and lymphoblastic leukemia and their expression level affects patient outcome. Journal of Translational Medicine, 2018, 16:232.