Pracownia Genomiki

dr Luiza Handshuh

Kierownik Pracowni

luizahan@ibch.poznan.pl
tel. 61 6653052

  • Handschuh L, Kaźmierczak M, Milewski MC, Góralski M, Łuczak M, Wojtaszewska M, Uszczyńska-Ratajczak B, Lewandowski K, Komarnicki M, Figlerowicz M.Gene expression profiling of acute myeloid leukemia samples from adult patients with AML-M1 and -M2 through boutique microarrays, real-time PCR and droplet digital PCRInt J Oncol. doi: 10.3892/ijo.2017.4233 (2017)

  • Samelak-Czajka A, Marszalek-Zenczak M, Marcinkowska-Swojak M, Kozlowski P, Figlerowicz M, Zmienko A.MLPA-Based Analysis of Copy Number Variation in Plant PopulationsFront Plant Sci. 8:222 (2017)

  • Marcinkowska-Swojak M, Handschuh L, Wojciechowski P, Goralski M, Tomaszewski K, Kazmierczak M, Lewandowski K, Komarnicki M, Blazewicz J, Figlerowicz M, Kozlowski P. Simultaneous detection of mutations and copy number variation of NPM1 in the acute myeloid leukemia using multiplex ligation-dependent probe amplificationMutation Research 786:14-26 (2016)

  • Klonowska K, Handschuh L, Swiercz A, Figlerowicz M, Kozlowski P.MTTE: an innovative strategy for the evaluation of targeted/exome enrichment efficiencyOncotarget. 7:67266-67276 (2016)

  • Zmienko A, Samelak-Czajka A, Kozlowski P, Szymanska M, Figlerowicz M.Arabidopsis thaliana population analysis reveals high plasticity of the genomic region spanning MSH2, AT3G18530 and AT3G18535 genes and provides evidence forNAHR-driven recurrent CNV events occurring in this locationBMC Genomics, 17(1):893 (2016)

  • Goralski M., Sobieszczanska P., Obrepalska-Steplowska A., Swiercz A., Zmienko A., Figlerowicz M.A gene expression microarray for Nicotiana benthamiana based on de novo transcriptome sequence assemblyPlant Methods 12:28 (2016)

  • Zmienko A, Goralski M, Samelak-Czajka A, Sobieszczuk-Nowicka E, Figlerowicz M.Time course transcriptional profiling of senescing barley leavesGenom Data, , 4:78-81 (2015)

  • Zmienko A, Samelak-Czajka A, Goralski M, Sobieszczuk-Nowicka E, Kozlowski P, Figlerowicz M.Selection of reference genes for qPCR- and ddPCR-based analyses of gene expression in Senescing Barley leavesPLoS One. 10(2):e0118226 (2015)

  • Zyprych-Walczak J, Szabelska A, Handschuh L, Górczak K, Klamecka K, Figlerowicz M, Siatkowski I.The Impact of Normalization Methods on RNA-Seq Data AnalysisBiomed Res Int. 2015:621690 (2015)

 

Wybrane publikacje

Zmienność liczby kopii genu MSH2 u Arabidopsis thaliana – struktura duplikacji, zakres polimorfizmu w naturalnych ekotypach oraz wpływ na ekspresję genów zaangażowanych w naprawę niesparowań DNA.NCN – Miniatura 1

Projekty badawcze

  • Aparat do ilościowego PCR w kroplach (droplet digital PCR QX200) firmy BioRad.
  • Aparat do ilościowego PCR Rotor-Gene Q firmy Qiagen.
  • Analizator kwasów nukleinowych Bioanalyzer 2100 firmy Agilent.
  • Drukarka do mikromacierzy NanoPrint LM60 firmy Telechem.
  • Drukarka do mikromacierzy SpotArray24 firmy PerkinElmer.
  • Automatyczna stacja hybrydyzacji mikromacierzy HS 4800 Pro firmy Tecan.
  • Skaner do mikromacierzy Axon 4200AL firmy Molecular Devices.
  • Skaner do mikromacierzy ScanArray Express firmy PerkinElmer.
  • Crosslinker DNA CL E508 G firmyUvitec.
  • Sonikator Bioruptor NextGen firmy Diagenode.
  • Spektrofotometr Nanodrop 2000 firmy Thermo Scientific.
  • Fluorymetr Qubit firmy Invitrogen.
  • Termocyklery firmy Techne i BioRad.
  • Zestaw do dokumentacji żeli Quantum St4 firmy Fisher Biotec.

Wyposażenie

Dysponując bogatym zapleczem aparaturowym i wieloletnim doświadczeniem oferujemy wsparcie w zakresie badań genomicznych, od mikromacierzy przez sekwencjonowanie nowej generacji (DNA i RNA-seq) po analizę wybranych genów/transkryptów z zastosowaniem ilościowego PCR.

Oferta

  • genomika,
  • sekwencjonowanie nowej generacji,
  • mikromacierze,
  • analiza ekspresji genów,
  • biologia obliczeniowa.

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

dr Paweł Wojciechowski

adiunkt

Pracownicy naukowi

mgr  inż. Anastasiia Satyr

doktorant

dr hab. Aleksandra Świercz

starszy specjalista biolog

dr Jan Podkowińśki

starszy specjalista biolog

dr Agnieszka Żmieńko

starszy specjalista biolog

dr Anna Samelak-Czajka

biolog

mgr Magdalena Rakoczy

 biolog

Pracownicy techniczni

mgr Marek Milewski

biolog

mgr inż. Aleksander Strugała

biolog

Doktoranci

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres