Pracownia Inżynierii Białek

dr Anna Urbanowicz

Kierownik Pracowni

aniau@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1147, 1518

 

mgr Paulina Bierwagen
doktorant

Doktoranci

dr Jakub Barciszewski
specjalista biolog

mgr Alina Kasperska  
specjalista biolog

Pracownicy techniczni

dr hab. Michał Sikorski

profesor instytutu

dr Joanna Śliwiak

adiunkt

dr Marta Grzechowiak

adiunkt

Pracownicy naukowi

  • J. Smietanska, J. Sliwiak, M. Gilski, Z. Dauter, R. Strzalka, J. Wolny, M. Jaskolski, A new modulated crystal structure of the ANS complex of the St John's wort Hyp-1 protein with 36 protein molecules in the asymmetric unit of the supercell. Acta cryst. D. 2020, 76, 653-667 

  • M. Grzechowiak, J. Sliwiak, M. Jaskolski, M. Ruszkowski, Structural studies of glutamate dehydrogenase (Isoform 1) from Arabidopsis thaliana, an important enzyme at the branch-point between carbon and nitrogen metabolism. Front. Plant Sci. 2020, 11,  754 

  • M. Grzechowiak, M. Ruszkowski, J. Sliwiak, K. Szpotkowski, M. Sikorski, M. Jaskolski, Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity Biochemical Journal 2019, 476, 2297-2319

  • P. Bierwagen, K. Szpotkowski, M. Jaskolski, A. Urbanowicz, Borrelia outer surface protein C is capable of human fibrinogen binding FEBS Journal 2019, 286, 2415-2428

  • J. Czyrko, B. Imiolczyk, J. Sliwiak, K. Szpotkowski, J.F. Barciszewski, M. Jaskolski, K. Brzezinski, Biochemical and structural characterization of an unusual cyanobacterial S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Synechocystis sp. PCC 6803, 44th FEBS Congress 2019. FEBS OPEN BIO 2019, 9 (S.1), 267-267

  • B. Shashikadze, M. Grzechowiak, M. Jaskolski, B. Marciniak, M. Ignasiak Kciuk, Iodide prevents proteins from oxidative damage. From traditional biochemical methods to crystallographic tools, Annual Meeting of the Society-for-Free-Radical-Research- Europe (SFRRE) on Redox 2019 FREE RADICAL BIOLOGY AND MEDICINE  2019, 139 (S.1), 167

  • Belter, K. Szpotkowski, M. Popenda, J. F. Barciszewski, Pioneering structural and functional studies of miRNA, 44th FEBS Congress 2019 FEBS OPEN BIO 2019, 9 (S.1), 243-244

  • J. Sliwiak, M. Sikorski, M. Jaskolski, PR-10 proteins as potential mediators of melatonin-cytokinin cross-talk in plants: crystallographic studies of LlPR-10.2B isoform from yellow lupine FEBS Journal 2018, 285, 1907-1922

  • J. Czyrko, J. Sliwiak, B. Imiolczyk, Z. Gdaniec, M. Jaskolski, K. Brzezinski, Metal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homo¬cysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa Scientific Reports 2018, 8, 11334

  • A.A. Mieloch, M. Krecisz, J.D. Rybka, A. Strugala, M. Krupinski, A. Urbanowicz, M. Kozak, B. Skalski, M. Figlerowicz, M. Giersig, The influence of ligand charge and length on the assembly of Brome mosaic virus derived virus-like particles with magnetic core AIP Advances 2018, 8, 035005

  • A. Strugala, P. Bierwagen, J.D. Rybacka, M. Giersig, M. Figlerowicz, A. Urbanowicz; BMV propagation, extraction and purification using chromatographic methods Bio-Protocol 2018, 8

  • K. Brzezinski, J. Czyrko, J. Sliwiak, E. Nalewajko-Sieliwoniuk, M. Jaskolski, B. Nocek, Z. Dauter, S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from a hyperthermophile (Thermatoga maritima) is expressed in Escherichia coli in inactive form - biochemical and structural studies International Journal of Biological Macromolecules 2017, 104, 584-596 

  • A. Strugala, M. Krecisz, J.D. Rybka, A. Urbanowicz, K. Szpotkowski, P. Bierwagen, M. Figlerowicz, M. Kozak, C. Böttcher, M. Giersig, Biophysical analysis of BMV virions purified using a novel method Journal of Chromatography B-Analytical Technologies in the Biomedical and Life Sciences 2017, 1068-1069, 157-163

  • M. Jaskolski, J. Sliwiak, The phytohormone ligand repertoire of plant PR-10 proteins includes melatonin FEBS Journal 2017, 284, 34

Wybrane publikacje

  • Strukturalne i funkcjonalne badania białek kluczowych dla oddziaływań pomiędzy kleszczem, ssakiem i patogenem. 

  • Pozyskanie izoform białek PR-10 z dziurawca zwyczajnego, jako potencjalnych receptorów melatoniny i mediatorów przekazu sygnału hormonalnego, oraz wstępna charakterystyka krystalograficzna ich kompleksów z naturalnymi ligandami. NCN- MINIATURA 2

  • Charakterystyka cząstek wirusopodobnych utworzonych na bazie białka kapsydu wirusa. 

Projekty badawcze

  • zestaw wektorów ekspresyjnych oraz urządzeń niezbędnych do klonowania i produkcji białek w systemie bakteryjnym,

  • inkubator z wytrząsaniem i regulacją temperatury w zakresie od 5 do 50ºC,

  • sonikator dwustanowiskowy ze zmiennymi sondami (w zależności od objętości próbki),

  • wirówka preparatywna (rotory: 8 x 50 ml i 6 x 500 ml),

  • zestaw próżniowy do chromatografii powinowactwa,

  • zestaw do wysokosprawnej chromatografii cieczowej FPLC ACTA Prime plus GE oraz zestaw kolumn ze złożem do sączenia molekularnego (SEC),

  • analizator Zetasizer µV Malvern do pomiarów dynamicznego i statycznego rozpraszania światła (DLS i SLS) w celu oznaczania wielkości i masy cząsteczkowej białek i polimerów,

  • kalorymetry Microcal iTC200 Malvern i Microcal PEAQ-ITC Malvern do wyznaczania parametrów wiązania ligandu metodą izotermicznego miareczkowania kalorymetrycznego (ITC),

  • system Monolith NT.115 Nanotemper do pomiarów siły oddziaływań międzycząsteczkowych metodą termoforezy w skali mikro (MST),

  • system Octet K2 ForteBio do pomiarów siły oddziaływań międzycząsteczkowych metodą interferometrii warstwowej  (BLI), 

  • nanofotometr N60 Implen, 

  • spektrometr Agilent 8453 UV-visible do pomiarów stężenia i kinetyki,

  • robot do krystalizacji ARI Gryphon i komercyjne zestawy odczynników Hampton Research, MDL umożliwiające znalezienie wstępnych warunków krystalizacji oraz optymalizację warunków metodą dyfuzji par, 

  • dyfraktometr Rigaku XtaLAB Synergy-R pozwalający przeprowadzić testy jakości kryształów oraz w wielu przypadkach zarejestrować wysokiej jakości obrazy dyfrakcyjne umożliwiające rozwiązanie struktury biomolekuły,

  • chłodnia (8 ºC) i pokój krystalizacyjny (18 ºC).

Wyposażenie

Realizując misję naukową, udostępniamy nasze wyposażenie i służymy ekspertyzą w zakresie przygotowania wektorów ekspresyjnych, produkcji rekombinowanych białek oraz ich oczyszczania jak również oceny jakości preparatów białkowych przeznaczonych do badań funkcjonalnych i strukturalnych.
 

Posiadamy doświadczenie i sprzęt umożliwiający fizykochemiczną charakterystykę oddziaływań pomiędzy białkami i innymi makrocząsteczkami. Stosowane przez nas metody pomiarowe pozwalają nie tylko na ocenę powinowactwa i pomiar stałych szybkości asocjacji i dysocjacji, ale także na określenie ilości miejsc wiązania liganda czy parametrów termodynamicznych wiązania jak entalpia czy entropia.
 

Prowadzimy wysokoprzepustowe testy wstępnych warunków krystalizacji biomolekuł oraz optymalizację procesu krystalizacji w celu uzyskania kryształów do eksperymentów dyfrakcyjnych. Rejestrujemy dane dyfrakcyjne kryształów białek i kwasów nukleinowych za pomocą dyfraktometru wyposażonego w wirującą anodę miedziową. 

Oferta

  • klonowanie, mutageneza, plazmidy ekspresyjne

  • produkcja białek w układzie bakteryjnym

  • izotermiczne miareczkowanie kalorymetryczne (ITC)

  • dynamiczne i statyczne rozpraszanie światła (DLS, SLS)

  • termoforeza w skali mikro (MST)

  • interferometria warstwowa (BLI)

  • chromatografia białek (FPLC)

  • krystalizacja białek i kwasów nukleinowych

  • pomiary dyfrakcji promieniowania rentgenowskiego

  • rozwiązywanie struktur makrocząsteczek

  • białka kleszczy Ixodes i krętków Borrelia

  • kompleksy roślinnych białek związanych z patogenezą PR-10

  • fitomelatonina 

  • czynniki transkrypcyjne WRKY

  • pirofosfataza roślinna AtPPA1

  • składanie kapsydów wirusowych

  • roślinna dehydrogenaza glutaminianowa

Słowa kluczowe

Działalność badawcza

Współpraca

Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
ul. Z. Noskowskiego 12/14
61-704 Poznań
tel centrala: (+48) 61 852 85 03
fax: (+48) 61 852 05 32
e-mail: ibch@ibch.poznan.pl

Sekretariat Dyrektora, tel: 61 852 89 19

Adres