Z-d Genetyki Molekularnej

Zakład Genetyki Molekularnej

prof. dr hab. Piotr Kozłowski

Kierownik Zakładu

kozlowp@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1261

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

genetyka nowotworów,
polimorfizm i zmienność somatyczna genów miRNA,
metodyka analizy polimorfizmu CNV,
rola circRNA w dystrofii miotonicznej typu 1 (DM1)

Słowa kluczowe

genetyka nowotworów
polimorfizm zmienności liczby kopii (CNV)
zależna od ligacji multipleksowa amplifikacja sond (MLPA)
miRNA
lncRNA
circRNA

Projekty badawcze

Wpływ nowotworowych mutacji somatycznych w genach miRNA na funkcjonowanie tych cząsteczek i ich potencjalną rolę w nowotworach. NCN SONATA16, 2020/39/D/NZ2/03106, kierownik projektu: dr Paulina Gałka-Marciniak.
Identyfikacja mutacji aktywujących raka w niekodujących częściach genów kodujących białka i w genach długich niekodujących RNA. NCN OPUS20, 2020/39/B/NZ5/01970, kierownik projektu: prof. dr hab. Piotr Kozłowski
Cancer Genetics: Identification and Analysis of Oncogenic Somatic Mutations in microRNA. Fulbright U.S. Student Researcher 2020/2021
Geny oporności na antybiotyki i integrony jako wskaźniki zanieczyszczenia biotycznego i obciążenia opornością ekosystemów Arktyki. NCN SONATINA4, 2020/36/C/NZ9/00221, kierownik: dr Nicoletta Makowska-Zawierucha
Analiza somatycznych mutacji w genach miRNA i w genach biogenezy miRNA w celu identyfikacji nowych celów terapii i biomarkerów chorób nowotworowych. NCN MAESTRO 8, 2016/22/A/NZ2/00184 , kierownik projektu: prof. dr hab. Piotr Kozłowski
Analiza roli genu BARD1, jako czynnika warunkującego genetyczną predyspozycję do raka piersi – zastosowanie unikalnej strategii, analizy asocjacji mutacji założycielskich. NCN OPUS9, 2015/17/B/NZ2/01182, kierownik projektu: prof. dr hab. Piotr Kozłowski
Ekspresja kolistych RNA w dystrofii miotonicznej typu 1 - związek z patogenezą; NCN PRELUDIUM11, 2016/21/N/NZ5/00508, kierownik: dr Karol Czubak
Delecja genu APOBEC3B – analiza jej roli w rodzinnej predyspozycji do raka piersi oraz określenie jej funkcjonalności na poziomie mRNA. NCN PRELUDIUM10, 2015/19/N/NZ5/02247, kierownik projektu: dr Katarzyna Klonowska
Wyjaśnienie mechanizmu działania małocząsteczkowych inhibitorów kinaz w łagodzeniu patomechanizmu dystrofii miotonicznej typu pierwszego (DM1). NCN OPUS7, 2014/13/B/NZ5/03214, kierownik: dr hab. Marzena Wojciechowska

Wybrane publikacje

Suszynska M, Machowska M, Fraszczyk E, Michalczyk M, Philips A, Galka-Marciniak P, Kozlowski P. CMC: Cancer miRNA Census – a list of cancer-related miRNA genes. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 23:gkae017. doi: 10.1093/nar/gkae017
Szóstak N, Handschuh L, Samelak-Czajka A, Tomela K, Schmidt M, Pruss Ł, Milanowska-Zabel K, Kozlowski P, Philips A. Host factors associated with gut mycobiome structure. mSystems. 2023 Apr27;8(2):e0098622. doi: 10.1128/msystems.00986-22.
Lewandowski K, Kopydłowska A, Kanduła Z, Sankowski B, Machnicki M, Barańska M, Gwóźdź-Bąk K, Kubicki T, Plotka A, Przysiecka Ł, Dworacki G, Kozłowski P, Stokłosa T. HRAS mutation positive multiple myeloma in the type 2 CALR mutation positive essential thrombocythemia: A case report. J Cell Mol Med. 2023 Jan:27(2):299-303. doi: 10.1111/jcmm.17647. Suszynska M, Adamiak M, Thapa A, Cymer M, Ratajczak J, Kucia M, Ratajczak MZ. Purinergic Signaling and Its Role in Mobilization of Bone Marrow Stem Cells. Methods Mol Biol. 2023;2567:263-280. doi: 10.1007/978-1-0716-2679-5_17.
Machowska M, Galka-Marciniak P, Kozlowski P. Consequences of genetic variants in miRNA genes. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Nov 19;20:6443-6457. doi: 10.1016/j.csbj.2022.11.036.
Lewandowski K, Kanduła Z, Gniot M, Paczkowska E, Nawrocka PM, Wojtaszewska M, Janowski M, Mariak M, Handschuh L, Kozlowski P. Essential thrombocythaemia in progression to the fibrotic phase is associated with the decrease in JAK2 and PDL1 levels. Ann Hematol. 2022 Oct 21. Annals of Hematology 2022. doi: 10.1007/s00277-022-05001-8
Galka-Marciniak P, Kandula Z, Tire A, Wegorek W, Gwozdz-Bak K, Handschuh L, Giefing M, Lewandowski K, Kozlowski P. Mutations in the mir-142 gene are not common in myeloproliferative neoplasms. Sci. Rep. 2022, 12: 10924
Urbanek-Trzeciak MO, Kozlowski P, Galka-Marciniak P. miRMut: Annotation of mutations in miRNA genes from human whole-exome or whole-genome sequencing. STAR Protoc. 2022, 3(1):101023
Suszynska M, Ratajska M, Galka-Marciniak P, Ryszkowska A, Wydra D, Debniak J, Jasiak A, Wasag B, Cybulski C, Kozlowski P. Variant Identification in BARD1, PRDM9, RCC1, and RECQL in Patients with Ovarian Cancer by Targeted Next-generation Sequencing of DNA Pools. Cancer Prev Res (Phila). 2022. doi: 10.1158/1940-6207.CAPR-21-0295. Online ahead of print.
Nawrocka PM, Galka-Marciniak P, Urbanek-Trzeciak MO, M-Thirusenthilarasan I, Szostak N, Philips A, Susok L, Sand M, Kozlowski P. Profile of Basal Cell Carcinoma Mutations and Copy Number Alterations - Focus on Gene-Associated Noncoding Variants. Front Oncol. 2021, 11, 752579
Golden E, Rashwan R, Woodward EA, Sgro A, Wang E, Sorolla A, Waryah C, Tie WJ, Cuyas E, Ratajska M, Kardaś I, Kozlowski P, Johnstone EKM, See HB, Duffy C, Parry J, Lagerborg KA, Czapiewski P, Menendez JA, Gorczyński A, Wasag B, Pfleger KDG, Curtis C, Lee BK, Kim J, Cursons J, Pavlos NJ, Biernat W, Jain M, Woo AJ, Redfern A, Blancafort P. The oncogene AAMDC links PI3K-AKT-mTOR signaling with metabolic reprograming in estrogen receptor-positive breast cancer. Nat Commun. 2021, 12, 1920
Galka-Marciniak P, Urbanek-Trzeciak MO, Nawrocka PM, Kozlowski P. A pan-cancer atlas of somatic mutations in miRNA biogenesis genes. Nucleic Acids Res. 2021, 49, 601-620
Urbanek-Trzeciak MO, Galka-Marciniak P, Nawrocka PM, Kowal E, Szwec S, Giefing M, Kozlowski P. Pan-cancer analysis of somatic mutations in miRNA genes. EBioMedicine. 2020, 61:103051
Suszynska M, Kozlowski P. Summary of BARD1 Mutations and Precise Estimation of Breast and Ovarian Cancer Risks Associated with the Mutations. Genes (Basel). 2020, 11(7): 798
Suszynska M, Ratajska M, Kozlowski P. BRIP1, RAD51C, and RAD51D mutations are associated with high susceptibility to ovarian cancer: mutation prevalence and precise risk estimates based on a pooled analysis of ~30,000 cases. J Ovarian Res. 2020, 13(1): 50
Czubak K, Sedehizadeh S, Kozlowski P, Wojciechowska M. An Overview of Circular RNAs and Their Implications in Myotonic Dystrophy. Int J Mol Sci. 2019, 20, 4385
Czubak K, Taylor K, Piasecka A, Sobczak K, Kozlowska K, Philips A, Sedehizadeh S, Brook JD, Wojciechowska M, Kozlowski P. Global Increase in Circular RNA Levels in Myotonic Dystrophy. Front Genet. 2019, 18, 649
Galka-Marciniak P, Urbanek-Trzeciak MO, Nawrocka PM, Dutkiewicz A, Giefing M, Lewandowska MA, Kozlowski P. Somatic Mutations in miRNA Genes in Lung Cancer-Potential Functional Consequences of Non-Coding Sequence Variants. Cancers (Basel). 2019, 11, 793
Suszynska M, Kluzniak W, Wokolorczyk D, Jakubowska A, Huzarski T, Gronwald J, Debniak T, Szwiec M, Ratajska M, Klonowska K, Narod S, Bogdanova N, Dork T, Lubinski J, Cybulski C, Kozlowski P. BARD1 is A Low/Moderate Breast Cancer Risk Gene: Evidence Based on An Association Study of the Central European p.Q564X Recurrent Mutation. Cancers (Basel). 2019, 11, 740
Suszynska M, Klonowska K, Jasinska AJ, Kozlowski P. Large-scale meta-analysis of mutations identified in panels of breast/ovarian cancer-related genes - Providing evidence of cancer predisposition genes. Gynecol Oncol. 2019, 153, 452-462
Dabrowska M*, Czubak K*, Juzwa W, Krzyzosiak WJ, Olejniczak M, Kozlowski P. qEva-CRISPR: a method for quantitative evaluation of CRISPR/Cas-mediated genome editing in target and off-target sites. Nucleic Acids Res. 2018, 28;46(17):e101
Klonowska K, Kluzniak W, Rusak B, Jakubowska A, Ratajska M, Krawczynska N, Vasilevska D, Czubak K, Wojciechowska M, Cybulski C, Lubinski J, Kozlowski P. The 30 kb deletion in the APOBEC3 cluster decreases APOBEC3A and APOBEC3B expression and creates a transcriptionally active hybrid gene but does not associate with breast cancer in the European population. Oncotarget. 2017, 8(44):76357-76374

IBCH logo

Zakład Genetyki Molekularnej

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład ​​​​Genetyki Molekularnej

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Genetyki Molekularnej