Pracownia Spektrometrii Mas

dr Łukasz Marczak

Kierownik Pracowni

lukasmar@ibch.poznan.pl
tel. 61 6653051

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

spektrometria mas,
chromatografia cieczowa,
chromatografia gazowa,
elektroforeza,
proteomika,
metabolomika,
lipidopmika,
analiza jakościowa,
miażdżyca,
choroby nowotworowe,
krew,
osocze,
hiperhomocysteinemia,
nhomocysteinylacja białek,
egzosomy,
biomarke.

Oferta

Identyfikacja białek metodami MS.
Analiza de novo sekwencji peptydów oraz białek (MALDI, ISD-MALDI).
Analiza modyfikacji potranslacyjnych białek metodami MS.
Analiza ilościowa białek metodami elektroforetycznymi oraz MS.
Oznaczanie mas monoizotopowych związków niskocząsteczkowych metodami HR-MS.
Analiza strukturalna związków niskocząsteczkowych metodami tandemowej spektrometrii mas.
Analiza ilościowa związków niskocząsteczkowych metodami MS.
Analiza związków lotnych metodami GC-MSn.

Wyposażenie

Instytut Chemii Bioorganicznej PAN:

■

Układ HPLC-MS (Q-TOF) – Bruker micrOTOF-q.
■

Układ GC-MS (TOF) – Waters GCT Premier.

Europejskie Centrum Bioinformatyki i Genomiki:

■

Układ nanoLC-MS (offline MALDI-TOF/TOF) – Proxeon nanoLC + Bruker UltrafleXtreme.
■

Układ nanoLC-MS (pułapka jonowa) – Waters nanoAcquity + Bruker Amazon SL.
■

Układ nano/mikro LC-MS (OrbiTrap) – Dionex RSLC nano 3000 + Thermo QExactive.
■

Układ GC x GC –MS (TOF) – Leco Pegasus 4D.
■

Układ GC-MS (TripleQuad) – Thermo TSQ8000.
■

Samodzielne źródło jonów z kolektorem frakcji – Advion NanoMate TriVersa.
■

Zestaw do przeprowadzania elektroforezy 2D – GE Healthcare IPGphor + EttanDalt six.

Projekty badawcze

Dlaczego komórki stają się mniejsze, aby przeżyć? Analiza komórek tytoniu BY2 zaadaptowanych do warunków stresu osmotycznego i solnego w poszukiwaniu kluczowych czynników regulujących gospodarkę energią, molekularną homeostazę i wielkość komórek (kierownik konsorcjant dr Łukasz Marczak , lider Instytut Dendrologii PAN) – OPUS LAP 20
Identyfikacja biocząsteczek uwalnianych przez komórki raka jelita grubego i wykrywanych w surowicy krwi lub/i egzosomach (kierownik dr Anna Wojakowska) – NCN SONATA 13
Egzosomy jako potencjalny biomarker dla monitorowania i prognozowania odrzucania nerki przeszczepionej (kierownik konsorcjant dr hab. Anna Wojakowska, lider Gdański Uniwersytet Medyczny, członek konsorcjum Narodowy Instytut Onkologii PIB, oddział w Gliwicach) - OPUS 22

Wybrane publikacje

M. Pietrowska, A. Zebrowska, M. Gawin, L. Marczak, P. Sharma, S. Mondal, J. Mika, J. Polanska, S. Ferrone, J. M. Kirkwood, P. Widlak, T. L. Whiteside, Proteomic profile of melanoma cell-derived small extracellular vesicles in patients’ plasma: a potential correlate of melanoma progression. J. Extracell. VESICLES. 10 (2021), doi:10.1002/jev2.12063.
L. Marczak, J. Idkowiak, J. Tracz, M. Stobiecki, B. Perek, K. Kostka-Jeziorny, A. Tykarski, M. Wanic-Kossowska, M. Borowski, M. Osuch, D. Formanowicz, M. Luczak, Mass spectrometry-based lipidomics reveals differential changes in the accumulated lipid classes in chronic kidney disease. Metabolites. 11 (2021), doi:10.3390/metabo11050275.
A. Liskiewicz, M. Przybyla, A. Wojakowska, L. Marczak, K. Bogus, M. Nowacka-Chmielewska, D. Liskiewicz, A. Malecki, J. Barski, J. Lewin-Kowalik, M. Toborek, Physical activity reduces anxiety and regulates brain fatty acid synthesis. Mol. Brain. 13 (2020), doi:10.1186/s13041-020-00592-7.
A. Szuba, L. Marczak, I. Ratajczak, Metabolome adjustments in ectomycorrhizal Populus x canescens associated with strong promotion of plant growth by Paxillus involutus despite a very low root colonization rate. TREE Physiol. 40, 1726–1743 (2020).
A. Wojakowska, A. Zebrowska, A. Skowronek, T. Rutkowski, K. Polanski, P. Widlak, L. Marczak, M. Pietrowska, Metabolic profiles of whole serum and serum-derived exosomes are different in head and neck cancer patients treated by radiotherapy. J. Pers. Med. 10, 1–14 (2020).
M. Sikora, Ł. Marczak, J. Perła-Kajan, H. Jakubowski, Sex affects N-homocysteinylation at lysine residue 212 of albumin in mice. Sci. Rep. 9 (2019), doi:10.1038/s41598-019-38784-4.
A. Zebrowska, A. Skowronek, A. Wojakowska, P. Widlak, M. Pietrowska, Metabolome of exosomes: Focus on vesicles released by cancer cells and present in human body fluids. Int. J. Mol. Sci. 20 (2019), doi:10.3390/ijms20143461.
K. Kimakova, A. Kimakova, J. Idkowiak, M. Stobiecki, P. Rodziewicz, L. Marczak, E. Cellarova, Phenotyping the genus Hypericum by secondary metabolite profiling: emodin vs. skyrin, two possible key intermediates in hypericin biosynthesis. Anal. Bioanal. Chem. 410, 7689–7699 (2018).
M. Pietrowska, S. Funk, M. Gawin, Ł. Marczak, A. Abramowicz, P. Widłak, T. Whiteside, Isolation of exosomes for the purpose of protein cargo analysis with the use of mass spectrometry (2017), vol. 1654.
P. Kachlicki, A. Piasecka, M. Stobiecki, Ł. Marczak, Structural characterization of flavonoid glycoconjugates and their derivatives with mass spectrometric techniques. Molecules. 21 (2016), doi:10.3390/molecules21111494.
S. J. Gadher, Ł. Marczak, M. Łuczak, M. Stobiecki, P. Widlak, H. Kovarova, Proteomic landscape in central and Eastern Europe: The 9th Central and Eastern European Proteomic conference, Poznan, Poland. Expert Rev. Proteomics. 13 (2016), doi:10.1586/14789450.2016.1116391.
Ł. Marczak, P. Znajdek-Awizeń, W. Bylka, The use of mass spectrometric techniques to differentiate isobaric and isomeric flavonoid conjugates from Axyris amaranthoides. Molecules. 21 (2016), doi:10.3390/molecules21091229.
A. Wojakowska, M. Chekan, Ł. Marczak, K. Polanski, D. Lange, M. Pietrowska, P. Widlak, Detection of metabolites discriminating subtypes of thyroid cancer: Molecular profiling of FFPE samples using the GC/MS approach. Mol. Cell. Endocrinol. 417, 149–157 (2015).
M. Sikora, Ł. Marczak, J. Kubalska, Ałł. Graban, H. Jakubowski, Identification of N-homocysteinylation sites in plasma proteins. Amino Acids. 46, 235–244 (2014).
Ł. Marczak, M. Sikora, M. Stobiecki, H. Jakubowski, Analysis of site-specific N-homocysteinylation of human serum albumin in vitro and in vivo using MALDI-ToF and LC-MS/MS mass spectrometry. J. Proteomics. 74 (2011), doi:10.1016/j.jprot.2011.01.021.

IBCH logo

Pracownia Spektrometrii Mas

Pracownicy naukowi

Pracownicy badawczo - techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Pracownia Spektrometrii Mas

Pracownicy naukowi

Pracownicy badawczo - techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Słowa kluczowe

Rys. 1

Rys. 2.

Rys. 3

Rys. 4

Oferta

Wyposażenie

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address