Zakład Badań Strukturalnych RNA

dr hab. Miłosz Ruszkowski

dr hab. Agnieszka Kiliszek, prof. ICHB PAN

Kierownik Zakładu

kiliszek@ibch.poznan.pl
wew. 1278

Pracownicy techniczni

mgr Martyna Mateja-Pluta
specjalista chemik

dr Katarzyna Biniek-Antosiak
chemik

Na zdjęciu znajdują się osoby pracujące w Zakładzie Badań Strukturalnych RNA

Na zdjęciu znajdują się osoby pracujące w Zakładzie Badań Strukturalnych RNA

Działalność badawcza

Tematyka badawcza
  • Badania strukturalne cząsteczek RNA związanych z fizjologią człowieka i medycyną przy użyciu metod krystalograficznych, microED oraz cryoEM
  • Analiza strukturalna cząsteczek RNA związanych z chorobami neurodegeneracyjnymi (np. AL/FTD) wywoływanymi nadmiernie zwielokrotnionymi sekwencjami powtarzającymi się oraz interaktomu toksycznych oddziaływań RNA-białko (współpraca z prof. Boris Rogelj, Jožef Stefan Institute in Ljubljana, Słowenia)
  • Racjonalne projektowanie niskocząsteczkowych ligandów na podstawie struktur przestrzennych kompleksów RNA z małymi cząsteczkami (współpraca z prof. Kazuhiko Nakatani, Uniwersytet Osaka, Japonia; współpraca z prof. Elżbietą Kierzek ICHB, PAN)
  • Analiza krystalograficzna kompleksów RNA z oligonukleotydami antysensowymi (np. PNA); współpraca z firmą OliPass, Republika Korei Południowej
  • Opracowanie metody stabilizacji struktur spinkowych RNA w warunkach krystalizacyjnych
  • Synteza nukleotydowych i nienukleotydowych łączników (linkerów) RNA
  • Określanie wpływu modyfikacji na strukturę trzeciorzędową RNA (współpraca z prof. Ryszardem Kierzkiem, ICHB, PAN)
  • Analiza termodynamiczna i strukturalna natywnych i modyfikowanych cząsteczek RNA, kompleksów RNA-ligand przy użyciu DSC (różnicowej kalorymetrii cieplnej), topnienia UV, CD (dichroizmu kołowego) w kontekście uzyskanych modeli krystalicznych
  • Analiza krystalograficzna białek
Słowa kluczowe
  • krystalografia RNA
  • choroby neurodegeneracyjne wywoływane ekspansją sekwencji powtarzających się
  • RNA cryoEM
  • RNA microED
  • kompleksy RNA-ligand
  • kompleksy RNA-białko
  • stabilność struktur spinkowych RNA
  • topnienie UV
  • różnicowa kalorymetria skaningowa (DSC)

Projekty badawcze

  • “Kompleksowa analiza strukturalna i funkcjonalna toksycznych interakcji RNA-białko w celu lepszego poznania i celowania terapeutycznego stwardnienia zanikowego bocznego i otępienia czołowo-skroniowego” grant NCN OPUS-28 (LAP): 2024/55/I/NZ5/02887, Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Kiliszek
  • „Analiza krystalograficzna kompleksów RNA-ligand. W kierunku racjonalnego projektowania cząsteczek wiodących w rozwoju terapii chorób neurodegeneracyjnych” grant NCN: 2022/45/B/NZ7/03543, Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Kiliszek
  • „Enzymy szlaku biosyntezy L-metioniny jako nowe cele molekularne dla chemoterapii przeciwgrzybowej”, grant NCN: 2020/39/B/NZ7/01519, Kierownik projektu: Prof. Wojciech Rypniewski
  • Opracowanie metodologii umożliwiającej stabilizację RNA w formie spinki do badań krystalograficznych”, grant NCN: 2017/26/E/NZ1/00950, Kierownik projektu: dr hab. Agnieszka Kiliszek
Przejdź do treści