Dofinansowanie ze środków budżetu państwa
Deklaracja dostępności
Prof. dr hab. Elżbieta Kierzek Kierownik Zakładu elzbieta.kierzek@ibch.poznan.pl tel. wew. 1113, 1112
dr Marta Soszyńska-Jóźwiak adiunkt
dr Marta Szabat adiunkt
mgr Szcześniak Izabeladoktorant
mgr Maria Nalewaj doktorant
mgr Agnieszka Baliga-Gil doktorant
mgr. inż Kinga Maziec doktorant
Wyższy panel od lewej: hybrydyzacja spinek RNA: H4 i H6 na mikromacierzach izoenergetycznych, graficzne przedstawienie relatywnych intensywności wiązania do sond oraz struktury tych RNA z zaznaczonymi wynikami hybrydyzacji. Mikromacierze zbudownae są z chimerycznych 2'-O-metylo-LNA oligonukleotydowych sond komplementarnych krok-po-kroku do badanych RNA. Miejsce wiązania sondy oznaczono numerem nukleotydu w sekwencji RNA komplementarnego do środkowego nukleotydu sondy (zaczerniony kwadrat - silne wiązanie; niezaczerniony - średnie wiązanie). Niższy panel: mikromacierze, wykres relatywnych intensywności wiązania do sond oraz struktury Pk1 i Pk-H1. Każda sonda była naniesiona 6 razy, średnia intensywność wiązania jest przedstawiona na wykresie. Warunki: 1 M NaCl, 20 mM kakodylan sodu, 0.5 mM Na2EDTA, pH 7.0, 4°C.
A/ Struktura drugorzędowa R2 5'RNA z Bombyx mori ustalona na podstawie mapowania mikromacierzowego, chemicznego oraz porównania struktur/sekwencji R2 5'RNA. B/ Struktura drugorzędowa pseudowęzła Saturnia pyri z zaznaczonymi mutacjami występującymi w pozostałych czterech pseudowęzłach R2 (z Bombyx mori, Callosamia promethea, Coscinocera hercules and Samia cynthia). W ramce rysunek pseudowęzła z zaznaczonymi konserwatywnymi motywami strukturalnymi.
Struktura drugorzędowa segmentu 8 vRNA przewidziana w programie RNAstructure 5.3 z użyciem danych (wyznaczników): silnych modyfikacji DMS, konsensusowe pary zasad z analizy sekwencyjno-strukturalnej, reaktywności z metody SHAPE przeliczonych na psedo- energie swobodne. B/ Hybrydyzacja segmentu 8 vRNAszczepu A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) na mikromacierzach izoenergetycznych w różnych temperaturach. C/ Struktura drugorzędowa mini-vRNA8 przewidziana w programie RNAstructure 5.3 z użyciem danych (wyznaczników): silnych modyfikacji DMS, reaktywności z metody SHAPE przeliczonych na psedo- energie swobodne. Wydajne pakowanie segmentu 8 kodującego tylko GFP wymaga nukleotydów 1-177 oraz 198-376 (nomenklatura mini-vRNA8). D/ Przykład transfekcji antysensowego oligonukleotydu. Komórki MDCK transfekowane oligonukleotydem wyznakowanym FAM6 (lewe zdjęcie-zielone). Jądra wyznakowane DAPI (prawe zdjęcie - niebieskie). E/ Aktywność antywirusowa 230 nM oligonukleotydów antysensowych w linii komórkowej MDCK. Uśredniony logarytm z miana wirusa został zanalizowany za pomocą testu immunofluorescencji pośredniej: czerwone słupki - dla wirusa grypy A/California/04/2009 (IAV) po 36 h po infekcji; niebieskie słupki - dla wirusa grypy B/Brisbane/60/2008 (IBV) po 48 h po infekcji. V – kontrola, infekowane komórki; LPF – kontrola, infekowane komórki traktowane lipofektaminy 2000; 68-11L oraz 404-14L oligonukleotydy antysensowe. Statystyka została obliczona z zastosowaniem testu T- studenta (*** P<0.001). Nie wykazano statystycznej różnicy w mianie wirusa dla wirusa IBV.
A/ Aktywność przeciwwirusowa dwóch najbardziej skutecznych niemodyfikowanych siRNA w teście IFA. Wyniki uzyskane dla siRNA porównano z kontrolą negatywną K1 (stanowiącą 100%). Komórki traktowane lipofektaminą bez użycia siRNA są oznaczone jako LF, pozostałe znaczniki są nazwami siRNA. Słupki błędów przedstawiają odchylenie standardowe niezależnych eksperymentów. Analiza statystyczna została przeprowadzona z użyciem testu t-studenta (***p<0.001, **p<0.01, *p<0.05). B/ Przykładowe zdjęcia z mikroskopu fluorescencyjnego przedstawiające hodowlę komórek MDCK. zakażonych wirusem grypy w teście IFA. Zielona fluorescencja (FITC) pochodzi od przeciwciał przeciw wirusowi grypy nakierowanych na białko NP, niebieska to barwienie jądra przy użyciu DAPI. Ilość sygnałów pochodzących od przeciwciał skierowanych przeciwko białku NP grypy jest zmniejszona w próbce traktowanej siRNA 613, co świadczy o inhibicji namnażania wirusa.
Accessibility Tools
