Z-d Biochemii Rybonukleoprotein

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

dr hab. Anna Kurzyńska-Kokorniak, prof. ICHB PAN
Kierownik Zakładu

akurzyns@ibch.poznan.pl
tel. 1264

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

rola RNA/ DNA w regulacji aktywności i funkcji białek wiążących kwasy nukleinowe
mechanizmy regulacji ekspresji genów
warianty Dicer (gen, transkrypt, białko)
endogenne regulatory aktywności rybonukleaz typu Dicer
projektowanie i testowanie inhibitorów rybonukleaz typu Dicer w wybranych modelach badawczych
badanie aktywności rybonukleaz typu Dicer w kontekście infekcji wirusowych, wirusowe miRNA
poszukiwanie nowych obszarów aktywności rybonukleaz typu Dicer: aktywność wspierająca parowanie komplementarnych sekwencji kwasów nukleinowych, wiązanie kwasów nukleinowych przyjmujących struktury G-kwadrupleksu
choroby związane z nieprawidłowym działaniem Dicer
badania strukturalne kompleksów RNA•Dicer oraz DNA•Dicer
inhibicja procesu namnażania wirusa SARS-CoV-2

Słowa kluczowe

białka wiążące kwasy nukleinowe
rybonukleazy typu Dicer
kompleks polimerazowy wirusa SARS-CoV-2
regulatorowe RNA
oddziaływania RNA-białko, oddziaływania DNA-białko
regulacja aktywności rybonukleaz typu Dicer
inhibitory kompleksu polimerazowego SARS-CoV-2
regulacja ekspresji genów

Projekty badawcze

2021/41/B/NZ2/03781 Bliskie spotkania trzeciego stopnia: co dzieje się kiedy rybonukleaza Dicer napotyka w komórce RNA i DNA przyjmujące struktury G-kwadrupleksów. NCN - OPUS 21 (AKK)
2016/22/E/NZ1/00422 Niepoznane obszary aktywności ludzkiej rybonukleazy Dicer. NCN – SONATA BIS 6 (AKK)
2021/41/N/NZ2/03849 Komórkowa sieć oddziaływań pomiędzy RNA i domeną helikazową rybonukleazy Dicer człowieka. NCN - PRELUDIUM 20 (KC)
2021/05/X/NZ1/01778 Poznanie strukturalnych uwarunkowań oddziaływań pomiędzy kasetą PPC ludzkiej rybonukleazy Dicer a cząsteczkami RNA i DNA przyjmującymi struktury G-kwadrupleksu. NCN - MINIATURA 5 (KSz)
POIR.01.01.01-00-2450/20 Opracowanie wysokoprzepustowego systemu umożliwiającego szybką ocenę aktywności biologicznych związków nakierowanych na kompleks replikacyjny SARS-CoV-2, wytypowanie związków o najwyższym potencjale terapeutycznym i ocena ich cytotoksyczności wobec komórek ludzkich. NCBR - Szybka Ścieżka 5 (projekt realizowany w konsorcjum, lider projektu: ideas4biology Sp. z o. o.; kierownik zadań z ramienia ICHB PAN: AKK)

Wybrane publikacje

Kazimierczyk M, Wojnicka M, Biała E, Żydowicz-Machtel P, Imiołczyk B, Ostrowski T, Kurzynska-Kokorniak A, Wrzesinski J. Characteristics of Transfer RNA-Derived Fragments Expressed during Human Renal Cell Development: The Role of Dicer in tRF Biogenesis . Int. J. Mol. Sci. 2022; 23(7):3644. doi: 10.3390/ijms23073644.
Koralewska N, Szczepanska A, Ciechanowska K, Wojnicka M, Pokornowska M, Milewski MC, Gudanis D, Baranowski D, Nithin C, Bujnicki JM, Gdaniec Z, Figlerowicz M, Kurzynska-Kokorniak A*. RNA and DNA G-quadruplexes bind to human dicer and inhibit its activity. Cell Mol Life Sci. 2021; 78(7):3709-3724. doi: 10.1007/s00018-021-03795-w.
Szczepanska A, Wojnicka M, Kurzynska-Kokorniak A*. The Significance of the DUF283 Domain for the Activity of Human Ribonuclease Dicer. Int J Mol Sci. 2021;22(16):8690. doi: 10.3390/ijms22168690.
Ciechanowska K, Pokornowska M, Kurzyńska-Kokorniak A*. Genetic Insight into the Domain Structure and Functions of Dicer-Type Ribonucleases. Int J Mol Sci. 2021; 22(2):616. doi: 10.3390/ijms22020616.
Pokornowska M, Milewski MC, Ciechanowska K, Szczepańska A, Wojnicka M, Radogostowicz Z, Figlerowicz M, Kurzynska-Kokorniak A*. The RNA-RNA base pairing potential of human Dicer and Ago2 proteins. Cell Mol Life Sci. 2020; 77(16):3231-3244. doi: 10.1007/s00018-019-03344-6. ·
Wojnicka M, Szczepanska A, Kurzynska-Kokorniak A*. Unknown Areas of Activity of Human Ribonuclease Dicer: A Putative Deoxyribonuclease Activity . Molecules. 2020; 25(6):1414. doi: 10.3390/molecules25061414.
Koralewska N, Ciechanowska K, Pokornowska M, Figlerowicz M, Kurzyńska-Kokorniak A*. Human ribonuclease Dicer – structure and functions. Postepy Biochem. 2019; 65(3):173-182. doi: 10.18388/pb.2019_267.
Milewski MC, Kamel K, Kurzynska-Kokorniak A, Chmielewski MK, Figlerowicz M. EvOligo – a novel software to design and group libraries of oligonucleotides applicable for nucleic acid-based experiments. J Comput Biol. 2017; 24(10):1014-1028. doi: 10.1089/cmb.2016.0154. ·
Mickiewicz A, Sarzyńska J, Miłostan M, Kurzynska-Kokorniak A, Rybarczyk A, Łukasiak P, Kuliński T, Figlerowicz M, Błażewicz J. Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA. Comput Biol Chem. 2017; 66:44-56. doi: 10.1016/j.compbiolchem.2016.11.003.
Kurzynska-Kokorniak A*, Pokornowska M, Koralewska N, Hoffmann W, Bienkowska-Szewczyk K, Figlerowicz M*. Revealing a new activity of the human Dicer DUF283 domain in vitro. Sci Rep. 2016; 6:23989. doi: 10.1038/srep23989.
Koralewska N, Hoffmann W, Pokornowska M, Milewski M, Lipinska A, Bienkowska-Szewczyk K, Figlerowicz M, Kurzynska-Kokorniak A*. How short RNAs impact the human ribonuclease Dicer activity: putative regulatory feedback-loops and other RNA-mediated mechanisms controlling microRNA processing. Acta Biochim Pol. 2016; 63(4):773-783. doi: 10.18388/abp.2016_1339.
Tworak A, Urbanowicz A, Podkowinski J, Kurzynska-Kokorniak A, Koralewska N, Figlerowicz M. Six Medicago truncatula Dicer-like protein genes are expressed in plant cells and upregulated in nodules. Plant Cell Rep. 2016; 35(5):1043-52. doi: 10.1007/s00299-016-1936-8.
Kurzynska-Kokorniak A, Koralewska N, Pokornowska M, Urbanowicz A, Tworak A, Mickiewicz A, Figlerowicz M. The many faces of Dicer: the complexity of the mechanisms regulating Dicer gene expression and enzyme activities. Nucleic Acids Res. 2015; 43(9):4365-80. doi: 10.1093/nar/gkv328.

IBCH logo

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

Pracownicy naukowi

Pracownicy badawczo - techniczni

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

Pracownicy naukowi

Pracownicy badawczo - techniczni

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Sample Title

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address