Z-d Biochemii Rybonukleoprotein

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

dr hab. Anna Kurzyńska-Kokorniak, prof. ICHB PAN
Kierownik Zakładu

akurzyns@ibch.poznan.pl
tel. 1264

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

rola RNA/ DNA w regulacji aktywności i funkcji białek wiążących kwasy nukleinowe
mechanizmy regulacji ekspresji genów
warianty Dicer (gen, transkrypt, białko)
endogenne regulatory aktywności rybonukleaz typu Dicer
projektowanie i testowanie inhibitorów rybonukleaz typu Dicer w wybranych modelach badawczych
badanie aktywności rybonukleaz typu Dicer w kontekście infekcji wirusowych, wirusowe miRNA
poszukiwanie nowych obszarów aktywności rybonukleaz typu Dicer: aktywność wspierająca parowanie komplementarnych sekwencji kwasów nukleinowych, wiązanie kwasów nukleinowych przyjmujących struktury G-kwadrupleksu
choroby związane z nieprawidłowym działaniem Dicer
badania strukturalne kompleksów RNA•Dicer oraz DNA•Dicer
inhibicja procesu namnażania wirusa SARS-CoV-2

Słowa kluczowe

białka wiążące kwasy nukleinowe
rybonukleazy typu Dicer
kompleks polimerazowy wirusa SARS-CoV-2
regulatorowe RNA
oddziaływania RNA-białko, oddziaływania DNA-białko
regulacja aktywności rybonukleaz typu Dicer
inhibitory kompleksu polimerazowego SARS-CoV-2
regulacja ekspresji genów

Projekty badawcze

2024/55/B/NZ2/02771 Złożona natura białek wielodomenowych: na tropie aktywności ludzkiej rybonukleazy Dicer – spodziewaj się nieoczekiwanego. NCN – OPUS 28 (AKK)
2021/41/B/NZ2/03781 Bliskie spotkania trzeciego stopnia: co dzieje się kiedy rybonukleaza Dicer napotyka w komórce RNA i DNA przyjmujące struktury G-kwadrupleksów. NCN – OPUS 21 (AKK)
2016/22/E/NZ1/00422 Niepoznane obszary aktywności ludzkiej rybonukleazy Dicer. NCN – SONATA BIS 6 (AKK)
2021/41/N/NZ2/03849 Komórkowa sieć oddziaływań pomiędzy RNA i domeną helikazową rybonukleazy Dicer człowieka. NCN – PRELUDIUM 20 (KC)
2024/08/X/NZ1/00899 Otrzymanie dwóch wariantów rybonukleazy Dicer organizmu modelowego Xenopus laevis – przygotowanie do badań aktywności biochemicznych i analiz strukturalnych. NCN – MINIATURA 8 (ASz)
2021/05/X/NZ1/01778 Poznanie strukturalnych uwarunkowań oddziaływań pomiędzy kasetą PPC ludzkiej rybonukleazy Dicer a cząsteczkami RNA i DNA przyjmującymi struktury G-kwadrupleksu. NCN – MINIATURA 5 (KSz)
POIR.01.01.01-00-2450/20 Opracowanie wysokoprzepustowego systemu umożliwiającego szybką ocenę aktywności biologicznych związków nakierowanych na kompleks replikacyjny SARS-CoV-2, wytypowanie związków o najwyższym potencjale terapeutycznym i ocena ich cytotoksyczności wobec komórek ludzkich. NCBR – Szybka Ścieżka 5 (projekt realizowany w konsorcjum, lider projektu: ideas4biology Sp. z o. o.; kierownik zadań z ramienia ICHB PAN: AKK)

Wybrane publikacje

Szczepanska A, Wojcik K, Kurzynska-Kokorniak A*. RNase III Enzymes and Their Accessory Domains (in: Molecular Evolution of RNA Regulatory Enzymes and Their Systems, Nucleic Acids and Molecular Biology 38), 161–201, Springer Nature Switzerland AG, eds. A. Kanai, A. W. Nicholson, 2025. doi: 10.1007/978-3-032-03300-0_7.
Wojcik K, Krzeminska P, Kurzynska-Kokorniak A*. Possible role of human ribonuclease Dicer in the regulation of R loops. FEBS Open Bio. 2025 Sep;15(9):1406-1418. doi: 10.1002/2211-5463.70026.
Ciechanowska K, Szczepanska A, Szpotkowski K, Wojcik K, Urbanowicz A, Kurzynska-Kokorniak A*. The human Dicer helicase domain is capable of ATP hydrolysis and single-stranded nucleic acid binding. BMC Biol. 2024 Dec 18;22(1):287. doi: 10.1186/s12915-024-02082-x.
Koralewska N, Corradi E, Milewski MC, Masante L, Szczepanska A, Kierzek R, Figlerowicz M, Baudet ML, Kurzynska-Kokorniak A*. Short 2'-O-methyl/LNA oligomers as highly-selective inhibitors of miRNA production in vitro and in vivo. Nucleic Acids Res. 2024; 52(10):5804-5824. doi: 10.1093/nar/gkae284.
Szpotkowski K, Wójcik K, Kurzyńska-Kokorniak A*. Structural studies of protein-nucleic acid complexes: A brief overview of the selected techniques. Comput Struct Biotechnol J. 2023; 21:2858-2872. doi: 10.1016/j.csbj.2023.04.028.
Kazimierczyk M, Wojnicka M, Biała E, Żydowicz-Machtel P, Imiołczyk B, Ostrowski T, Kurzynska-Kokorniak A, Wrzesinski J. Characteristics of Transfer RNA-Derived Fragments Expressed during Human Renal Cell Development: The Role of Dicer in tRF Biogenesis. Int. J. Mol. Sci. 2022; 23(7):3644. doi: 10.3390/ijms23073644.
Koralewska N, Szczepanska A, Ciechanowska K, Wojnicka M, Pokornowska M, Milewski MC, Gudanis D, Baranowski D, Nithin C, Bujnicki JM, Gdaniec Z, Figlerowicz M, Kurzynska-Kokorniak A*. RNA and DNA G-quadruplexes bind to human dicer and inhibit its activity. Cell Mol Life Sci. 2021; 78(7):3709-3724. doi: 10.1007/s00018-021-03795-w.
Szczepanska A, Wojnicka M, Kurzynska-Kokorniak A*. The Significance of the DUF283 Domain for the Activity of Human Ribonuclease Dicer. Int J Mol Sci. 2021;22(16):8690. doi: 10.3390/ijms22168690.
Ciechanowska K, Pokornowska M, Kurzyńska-Kokorniak A*. Genetic Insight into the Domain Structure and Functions of Dicer-Type Ribonucleases. Int J Mol Sci. 2021; 22(2):616. doi: 10.3390/ijms22020616.
Pokornowska M, Milewski MC, Ciechanowska K, Szczepańska A, Wojnicka M, Radogostowicz Z, Figlerowicz M, Kurzynska-Kokorniak A*. The RNA-RNA base pairing potential of human Dicer and Ago2 proteins. Cell Mol Life Sci. 2020; 77(16):3231-3244. doi: 10.1007/s00018-019-03344-6. ·
Wojnicka M, Szczepanska A, Kurzynska-Kokorniak A*. Unknown Areas of Activity of Human Ribonuclease Dicer: A Putative Deoxyribonuclease Activity. Molecules. 2020; 25(6):1414. doi: 10.3390/molecules25061414.
Milewski MC, Kamel K, Kurzynska-Kokorniak A, Chmielewski MK, Figlerowicz M. EvOligo – a novel software to design and group libraries of oligonucleotides applicable for nucleic acid-based experiments. J Comput Biol. 2017; 24(10):1014-1028. doi: 10.1089/cmb.2016.0154.
Mickiewicz A, Sarzyńska J, Miłostan M, Kurzynska-Kokorniak A, Rybarczyk A, Łukasiak P, Kuliński T, Figlerowicz M, Błażewicz J. Modeling of the catalytic core of Arabidopsis thaliana Dicer-like 4 protein and its complex with double-stranded RNA. Comput Biol Chem. 2017; 66:44-56. doi: 10.1016/j.compbiolchem.2016.11.003.
Kurzynska-Kokorniak A*, Pokornowska M, Koralewska N, Hoffmann W, Bienkowska-Szewczyk K, Figlerowicz M*. Revealing a new activity of the human Dicer DUF283 domain in vitro. Sci Rep. 2016; 6:23989. doi: 10.1038/srep23989.
Kurzynska-Kokorniak A, Koralewska N, Pokornowska M, Urbanowicz A, Tworak A, Mickiewicz A, Figlerowicz M. The many faces of Dicer: the complexity of the mechanisms regulating Dicer gene expression and enzyme activities. Nucleic Acids Res. 2015; 43(9):4365-80. doi: 10.1093/nar/gkv328.

* corresponding author

IBCH logo

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Biochemii Rybonukleoprotein

Pracownicy naukowi

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Sample Title

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address